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- PDB-5k5z: Structure of pnob8 ParA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k5z
タイトルStructure of pnob8 ParA
要素ParA
キーワードHYDROLASE / partition / segregation / pnob8
機能・相同性: / AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / metal ion binding / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AAA domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus sp. NOB8H2 (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.369 Å
データ登録者Schumacher, M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structures of archaeal DNA segregation machinery reveal bacterial and eukaryotic linkages.
著者: Schumacher, M.A. / Tonthat, N.K. / Lee, J. / Rodriguez-Castaneda, F.A. / Chinnam, N.B. / Kalliomaa-Sanford, A.K. / Ng, I.W. / Barge, M.T. / Shaw, P.L. / Barilla, D.
履歴
登録2016年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年6月22日ID: 4RU8
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ParA
B: ParA
C: ParA
D: ParA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,2258
ポリマ－145,1644
非ポリマー1,0614
水4,756264
1
A: ParA
D: ParA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6436
ポリマ－72,5822
非ポリマー1,0614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area22900 Å2
手法PISA
2
B: ParA
C: ParA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5822
ポリマ－72,5822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area23920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.700, 305.600, 84.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
ParA


分子量: 36291.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus sp. NOB8H2 (好気性・好酸性)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O93708
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 8000, 20% PEG 400, 100 mM Magnesium chloride, 100 mM Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.369→76.4 Å / Num. obs: 45617 / % possible obs: 83.86 % / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 17

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.369→76.4 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2626 1999 4.38 %
Rwork0.2074 43618 -
obs0.2099 45617 83.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 102.03 Å2 / Biso mean: 43.3569 Å2 / Biso min: 13.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.0791 Å2-0 Å2-0 Å2
2---8.9057 Å20 Å2
3----9.012 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.369→76.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9887 0 64 264 10215
Biso mean--40.09 39.09 -
残基数----1217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410206
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0413798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0951541
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041739
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9043937
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3693-2.4540.3211920.25732023211539
2.454-2.55230.361250.25142710283553
2.5523-2.66840.33431600.24433495365568
2.6684-2.80910.2941960.24264280447683
2.8091-2.98510.30952280.23754969519796
2.9851-3.21560.30372360.242651395375100
3.2156-3.53920.28052370.223251885425100
3.5392-4.05130.25292380.19065194543299
4.0513-5.10410.21072400.164552215461100
5.1041-76.43970.23832470.2015399564699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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