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- PDB-5k5r: AspA-32mer DNA,crystal form 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k5r
タイトルAspA-32mer DNA,crystal form 2
要素
  • (DNA (32-MER)) x 2
  • AspA
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / AspA / centromere / DNA / partition / archaea / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Winged helix DNA-binding domain / Transcription regulator TrmB, N-terminal / Sugar-specific transcriptional regulator TrmB / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Winged helix DNA-binding domain / Transcription regulator TrmB, N-terminal / Sugar-specific transcriptional regulator TrmB / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / HTH arsR-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus sp. NOB8H2 (好気性・好酸性)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Schumacher, M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structures of archaeal DNA segregation machinery reveal bacterial and eukaryotic linkages.
著者: Schumacher, M.A. / Tonthat, N.K. / Lee, J. / Rodriguez-Castaneda, F.A. / Chinnam, N.B. / Kalliomaa-Sanford, A.K. / Ng, I.W. / Barge, M.T. / Shaw, P.L. / Barilla, D.
履歴
登録2016年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Other
置き換え2023年9月27日ID: 4RU7
改定 1.22023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_PDB_obs_spr / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: AspA
D: AspA
A: AspA
B: AspA
P: DNA (32-MER)
N: DNA (32-MER)
E: AspA
F: AspA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,08317
ポリマ－88,2288
非ポリマー8559
水00
1
C: AspA
D: AspA
A: AspA
B: AspA
P: DNA (32-MER)
N: DNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6639
ポリマ－65,3786
非ポリマー2853
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: AspA
F: AspA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4208
ポリマ－22,8502
非ポリマー5706
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.240, 55.880, 101.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Protein binds to DNA in dimer-of-dimer form, and extends to superhelix.

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要素

#1: タンパク質
AspA


分子量: 11425.244 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus sp. NOB8H2 (好気性・好酸性)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O93706
#2: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 9845.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 9831.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 200, phosphate/citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→48.974 Å / Num. obs: 14275 / % possible obs: 96.69 % / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 3.09→3.2 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.384

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RS8

4rs8


解像度: 3.09→48.974 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2749 1428 10 %
Rwork0.2015 --
obs0.2089 14275 96.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / Bsol: 55.568 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 176.89 Å2 / Biso mean: 88.83 Å2 / Biso min: 29.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7818 Å2-0 Å2-4.5574 Å2
2---20.4401 Å2-0 Å2
3---23.2219 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.09→48.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4433 1306 45 0 5784
Biso mean--126.3 --
残基数----609
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025999
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7148375
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045966
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002804
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.3252367
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0901-3.20050.42921230.31751106122984
3.2005-3.32860.38861410.26981270141197
3.3286-3.48010.3171450.24411306145199
3.4801-3.66350.35051440.23341287143199
3.6635-3.89290.32351440.22551304144899
3.8929-4.19340.25151470.19571315146299
4.1934-4.61510.24511450.18041306145199
4.6151-5.28220.27511460.17711315146198
5.2822-6.65240.26151450.20281314145997
6.6524-48.98010.21721480.16881324147295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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