PDB-5k5a: Structure of the pNOB8-like ParB N-domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k5a

タイトル

Structure of the pNOB8-like ParB N-domain

要素

ParB domain protein nuclease

キーワード

HYDROLASE / ParB / pNOB8 / partition / DNA segregation / archaea

機能・相同性

ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily / ParB domain protein nuclease

機能・相同性情報

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 2.825 Å

データ登録者

Schumacher, M.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structures of archaeal DNA segregation machinery reveal bacterial and eukaryotic linkages.
著者: Schumacher, M.A. / Tonthat, N.K. / Lee, J. / Rodriguez-Castaneda, F.A. / Chinnam, N.B. / Kalliomaa-Sanford, A.K. / Ng, I.W. / Barge, M.T. / Shaw, P.L. / Barilla, D.

履歴

登録	2016年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2016年6月15日	ID: 4RSF
改定 1.0	2016年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k5a.cif.gz	65.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k5a.ent.gz	50.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k5a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/5k5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/5k5a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rs7C 4rs8C 5k5dC 5k5oC 5k5qC 5k5rC 5k5zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4u3s-d 2fpw-d 5cb6-4 5k5d-1 2nqd-d 3von-8 4dtd-d 4zhv-d 5cb6-2 3itb-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: ParB domain protein nuclease

35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.400, 62.000, 62.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.700, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	ParB domain protein nuclease 分子量: 35248.953 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-287 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: 98/2 / 遺伝子: Ssol_1539 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0KSP7
配列の詳細	protein had degraded within its C-terminal domain during crystallization.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.825→58.371 Å / Num. obs: 17036 / % possible obs: 99.09 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	最高解像度: 2.825 Å / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.825→58.371 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.65

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2762	883	9.95 %
R_work	0.2319	-	-
obs	0.2363	17036	99.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / B_sol: 71.694 Å² / k_sol: 0.319 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 194.03 Å² / B_iso mean: 106.99 Å² / B_iso min: 42.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0727 Å²	-0 Å²	-4.4401 Å²
2-	-	-8.551 Å²	-0 Å²
3-	-	-	8.6237 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.825→58.371 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2210	0	0	0	2210
残基数	-	-	-	-	268

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2265
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.532	3036
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	346
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	386
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.361	903

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.8254-2.9264	0.3998	163	0.3733	1493	1656	97
2.9264-3.0435	0.3897	167	0.3487	1527	1694	100
3.0435-3.182	0.4069	174	0.3298	1549	1723	100
3.182-3.3498	0.33	169	0.2797	1554	1723	100
3.3498-3.5596	0.3635	170	0.2786	1548	1718	100
3.5596-3.8344	0.2928	174	0.2466	1550	1724	100
3.8344-4.2202	0.3263	171	0.2198	1546	1717	100
4.2202-4.8306	0.2412	172	0.188	1530	1702	100
4.8306-6.085	0.3099	164	0.2426	1511	1675	97
6.085-58.3836	0.1875	171	0.1941	1533	1704	99

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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