PDB-5k4h: Wolinella succinogenes L-asparaginase S121 + L-Glutamic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k4h

タイトル

Wolinella succinogenes L-asparaginase S121 + L-Glutamic acid

要素

L-asparaginase

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase / S121 / L-glutamic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

asparagine metabolic process / asparaginase / asparaginase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Wolinella succinogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Nguyen, H.A. / Lave, A.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: The differential ability of asparagine and glutamine in promoting the closed/active enzyme conformation rationalizes the Wolinella succinogenes L-asparaginase substrate specificity.
著者: Nguyen, H.A. / Durden, D.L. / Lavie, A.

履歴

登録	2016年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k4h.cif.gz	509.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k4h.ent.gz	416.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k4h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/5k4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/5k4h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5k3oC 5k45C 5k4gC 1wsaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6nxa-1 6rud-d 1wsa-1 6rue-d 6nx9-1 6paa-2 6ruf-d 6wyw-d 5k4g-2 1jja-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-asparaginase

B: L-asparaginase

C: L-asparaginase

D: L-asparaginase

E: L-asparaginase

F: L-asparaginase

G: L-asparaginase

H: L-asparaginase

ヘテロ分子

280 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-asparaginase

B: L-asparaginase

C: L-asparaginase

D: L-asparaginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
140 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: L-asparaginase

F: L-asparaginase

G: L-asparaginase

H: L-asparaginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
140 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.538, 84.181, 120.547
Angle α, β, γ (deg.)	87.220, 77.760, 70.840
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 330 / Label seq-ID: 3 - 330

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	L-asparaginase / L-ASNase / L-asparagine amidohydrolase 分子量: 34893.703 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Wolinella succinogenes (strain ATCC 29543 / DSM 1740 / LMG 7466 / NCTC 11488 / FDC 602W) (バクテリア) 株: ATCC 29543 / DSM 1740 / LMG 7466 / NCTC 11488 / FDC 602W 遺伝子: ansA, ansB, WS0660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50286, asparaginase
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.63 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG2000 + HEPES 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月30日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.99→30 Å / Num. obs: 148378 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.98 % / B_iso Wilson estimate: 35.75 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 11.85

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.99-2.11	0.494	1.69	1	92.6
2.11-2.26	0.316	2.67	1	95.9
2.26-2.44	0.195	4.34	1	95.9
2.44-2.67	0.125	6.53	1	96.1
2.67-2.98	0.075	10.55	1	95.3
2.98-3.44	0.042	17.66	1	93.6
3.44-4.2	0.023	29.51	1	91.7
4.2-5.87	0.017	37.03	1	92.1
5.87-29.353	0.014	42.11	1	93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
REFMAC	精密化
XDS	データ削減
Coot	モデル構築
MOLREP	位相決定
XDS	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WSA

1wsa

解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 6.651 / SU ML: 0.163 / SU R Cruickshank DPI: 0.2283 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.176
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2202	7436	5.1 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.183	139793	94.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.38 Å² / B_iso mean: 36.885 Å² / B_iso min: 15.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.52 Å²	-0.12 Å²	-0.76 Å²
2-	-	-1.17 Å²	-0.04 Å²
3-	-	-	1.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19163	0	90	1567	20820
B_iso mean	-	-	47.72	38.02	-
残基数	-	-	-	-	2580

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	19528
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	19312
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.583	1.968	26467
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.449	3	44479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.028	5	2573
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.962	25.712	723
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.869	15	3433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.481	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	3228
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	22115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	3965
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.801	3.459	10358
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.8	3.459	10357
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.987	5.179	12909

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	40230	0.06
1	2	B	40230	0.06
2	1	A	39714	0.05
2	2	C	39714	0.05
3	1	A	40154	0.04
3	2	D	40154	0.04
4	1	A	40272	0.05
4	2	E	40272	0.05
5	1	A	40478	0.05
5	2	F	40478	0.05
6	1	A	40654	0.06
6	2	G	40654	0.06
7	1	A	40810	0.05
7	2	H	40810	0.05
8	1	B	39900	0.06
8	2	C	39900	0.06
9	1	B	40212	0.05
9	2	D	40212	0.05
10	1	B	40370	0.06
10	2	E	40370	0.06
11	1	B	40372	0.06
11	2	F	40372	0.06
12	1	B	40368	0.05
12	2	G	40368	0.05
13	1	B	40282	0.06
13	2	H	40282	0.06
14	1	C	40194	0.05
14	2	D	40194	0.05
15	1	C	40228	0.05
15	2	E	40228	0.05
16	1	C	40162	0.05
16	2	F	40162	0.05
17	1	C	40118	0.05
17	2	G	40118	0.05
18	1	C	40212	0.04
18	2	H	40212	0.04
19	1	D	40360	0.05
19	2	E	40360	0.05
20	1	D	40304	0.05
20	2	F	40304	0.05
21	1	D	40214	0.05
21	2	G	40214	0.05
22	1	D	40234	0.05
22	2	H	40234	0.05
23	1	E	40540	0.04
23	2	F	40540	0.04
24	1	E	40488	0.04
24	2	G	40488	0.04
25	1	E	40262	0.06
25	2	H	40262	0.06
26	1	F	40434	0.05
26	2	G	40434	0.05
27	1	F	40432	0.06
27	2	H	40432	0.06
28	1	G	40386	0.05
28	2	H	40386	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	519	-
R_work	0.345	10085	-
all	-	10604	-
obs	-	-	91.18 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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