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- PDB-5k48: VIM-2 Metallo Beta Lactamase in complex with 3-(mercaptomethyl)-[... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k48
タイトルVIM-2 Metallo Beta Lactamase in complex with 3-(mercaptomethyl)-[1,1'-biphenyl]-4-carboxylic acid
要素Beta-lactamase VIM-2
キーワードHYDROLASE / metallo beta-lactamase / antibiotic resistance / carbapenamase. inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / 4-phenyl-2-(sulfanylmethyl)benzoic acid / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.744 Å
データ登録者Zollman, D. / McDonough, M. / Brem, J. / Schofield, C.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: In Silico Fragment-Based Design Identifies Subfamily B1 Metallo-beta-lactamase Inhibitors.
著者: Cain, R. / Brem, J. / Zollman, D. / McDonough, M.A. / Johnson, R.M. / Spencer, J. / Makena, A. / Abboud, M.I. / Cahill, S. / Lee, S.Y. / McHugh, P.J. / Schofield, C.J. / Fishwick, C.W.G.
履歴
登録2016年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase VIM-2
B: Beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,49815
ポリマ－51,3872
非ポリマー1,11113
水6,900383
1
A: Beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2728
ポリマ－25,6931
非ポリマー5797
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2267
ポリマ－25,6931
非ポリマー5336
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.888, 79.542, 67.892
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 130.600, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase VIM-2 / Class B beta-lactamase / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta- ...Class B beta-lactamase / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Metallo-beta-lactamase vim-2 / Mettalo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 metallo-beta-lactamase / VIM-2 protein


分子量: 25693.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255
プラスミド: OPINF / 詳細 (発現宿主): VECTOR BASED ON PTRIEX VECTOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K2N0
#2: 化合物 ChemComp-S5Z / 4-phenyl-2-(sulfanylmethyl)benzoic acid


分子量: 244.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H12O2S
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: CH2O2
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M MAGNESIUM FORMATE, 20 % W/V PEG3350, 1 MM TCEP, 213 uM protein, 12.5 uM inhibitor.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月29日 / 詳細: Osmic HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.744→50 Å / Num. obs: 40087 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/av σ(I): 12.239 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.75-1.8120.3891.875185.1
1.81-1.892.20.329189.8
1.89-1.972.60.264193.1
1.97-2.072.90.213194.9
2.07-2.23.40.2196.1
2.2-2.383.60.161197
2.38-2.613.60.117197.7
2.61-2.993.60.085198.1
2.99-3.773.60.063199.1
3.77-503.50.038199.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C1D

4c1d


解像度: 1.744→25.819 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1936 2015 5.03 %
Rwork0.1658 --
obs0.1673 40076 94.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.64 Å2 / Biso mean: 27.6485 Å2 / Biso min: 9.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.744→25.819 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3474 0 55 383 3912
Biso mean--30.37 34.6 -
残基数----463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033672
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65029
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047568
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6932145
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7439-1.78750.30561210.25142269239080
1.7875-1.83580.26451350.21622529266488
1.8358-1.88980.25871480.20662567271591
1.8898-1.95080.23891360.20262656279293
1.9508-2.02050.21231440.17732701284594
2.0205-2.10130.19431490.16592757290695
2.1013-2.19690.18851480.16322727287596
2.1969-2.31270.19321440.16752783292797
2.3127-2.45750.20351410.16162791293297
2.4575-2.6470.18871490.16082806295597
2.647-2.91310.19961510.16872806295798
2.9131-3.33380.20081490.16422846299599
3.3338-4.19740.17241560.14442884304099
4.1974-25.82140.16281440.15932939308399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.54870.1686-0.68143.98220.36784.06810.0872-0.8202-0.44710.33990.0301-0.08020.27430.0729-0.03270.186-0.002-0.05070.27620.05540.2087-13.9347.782663.2223
22.41680.43480.3892.81990.58521.8636-0.0522-0.0450.0781-0.19420.0715-0.151-0.20550.16190.00510.1347-0.03550.01760.1313-0.00230.1169-17.133818.270753.1683
34.4079-3.6643.24524.3365-3.17642.5566-0.1449-0.5298-0.23190.03590.29330.24210.0589-0.5053-0.14720.18710.0027-0.01850.20030.00890.2361-27.89762.171253.1324
47.62411.1156-2.09973.4058-0.40453.7859-0.16950.8856-0.4114-0.69460.1906-0.16870.1564-0.0140.01540.2805-0.04480.01790.2027-0.06520.1469-23.54864.660239.9933
52.46471.08-0.52512.30950.18752.1764-0.00270.0745-0.3715-0.26350.1213-0.24730.04020.1694-0.0810.16780.01050.00260.1219-0.0230.1951-20.6537-0.599248.0979
63.183-0.23580.21443.11660.02632.32130.0583-0.22970.31420.1336-0.1819-0.5141-0.24170.86870.07840.1624-0.0384-0.03390.38350.03340.2583-28.6638-9.195181.2101
72.3188-0.17851.25833.4357-0.06421.503-0.0203-0.2642-0.0321-0.1434-0.0315-0.30920.24340.39320.05470.11440.06160.0150.2250.02670.1548-35.1379-16.625978.2195
82.7814-0.32050.6462.8036-1.51322.76480.03820.2261-0.3033-0.5491-0.10390.08270.61910.274-0.02060.29990.07170.01650.14980.00010.1661-37.7393-23.124772.7627
92.1573-0.59750.65383.1963-1.36822.59720.16230.062-0.3871-0.4315-0.04350.29060.2938-0.0463-0.16740.2264-0.0105-0.0470.16230.00240.1772-45.2679-21.280974.1164
102.1570.0470.60962.8638-1.27142.46380.1008-0.2103-0.01180.09570.04660.34210.003-0.1386-0.07060.13650.00520.02060.1620.01380.1689-45.92-10.819980.2647
112.39672.75722.6144.81651.99833.47930.02240.59090.0247-0.13180.1221-0.10580.00630.4712-0.14070.17190.0034-0.0210.2430.00860.2136-40.4904-0.173467.5373
124.15240.8491-2.24573.8578-2.68774.2595-0.00470.0210.20260.19280.26280.699-0.6559-0.7839-0.17260.17580.0406-0.01230.18560.03920.2524-53.4269-3.451573.0531
135.7434-0.8351-2.99742.84490.9724.2168-0.0753-0.59490.12740.42740.01580.1232-0.34140.26690.04730.23740.00570.00410.148-0.01630.1559-42.3653-1.122682.7546
143.6706-0.68760.12462.86371.77869.5462-0.10720.08130.0202-0.08560.00670.01090.1766-0.2179-0.01470.1341-0.0148-0.01660.08910.00150.1489-46.83314.819469.0847
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 76 )A32 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 77 through 199 )A77 - 199
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 200 through 215 )A200 - 215
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 216 through 229 )A216 - 229
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 230 through 262 )A230 - 262
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 32 through 102 )B32 - 102
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 103 through 122 )B103 - 122
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 123 through 146 )B123 - 146
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 147 through 163 )B147 - 163
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 164 through 199 )B164 - 199
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 200 through 215 )B200 - 215
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 216 through 229 )B216 - 229
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 230 through 245 )B230 - 245
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 246 through 263 )B246 - 263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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