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- PDB-5k25: Crystal structure of human phosphatase PRL-2 in complex with the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k25
タイトルCrystal structure of human phosphatase PRL-2 in complex with the ADP-bound Bateman domain of human magnesium transporter CNNM3
要素
  • Metal transporter CNNM3
  • Protein tyrosine phosphatase type IVA 2
キーワードHYDROLASE/TRANSPORTER PROTEIN/PROTEIN BINDING / Complex / phosphatase / magnesium transporter / protein binding / HYDROLASE / HYDROLASE-TRANSPORTER PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / magnesium ion homeostasis / RAB geranylgeranylation / transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / early endosome / membrane / nucleus ...: / magnesium ion homeostasis / RAB geranylgeranylation / transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / early endosome / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ancient conserved domain protein family / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / : / Ion transporter-like, CBS domain / CBS-domain / CBS-domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / CBS domain superfamily ...Ancient conserved domain protein family / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / : / Ion transporter-like, CBS domain / CBS-domain / CBS-domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Protein tyrosine phosphatase type IVA 2 / Metal transporter CNNM3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Gulerez, I. / Kozlov, G. / Gehring, K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: PRL3 phosphatase active site is required for binding the putative magnesium transporter CNNM3.
著者: Zhang, H. / Kozlov, G. / Li, X. / Wu, H. / Gulerez, I. / Gehring, K.
履歴
登録2016年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein tyrosine phosphatase type IVA 2
C: Metal transporter CNNM3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1173
ポリマ－39,6892
非ポリマー4271
水543
1
A: Protein tyrosine phosphatase type IVA 2
C: Metal transporter CNNM3
ヘテロ分子

A: Protein tyrosine phosphatase type IVA 2
C: Metal transporter CNNM3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2336
ポリマ－79,3794
非ポリマー8542
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area28060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.152, 124.401, 164.305
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-602-

HOH

21C-603-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Protein tyrosine phosphatase type IVA 2 / HU-PP-1 / OV-1 / PTP(CAAXII) / Protein-tyrosine phosphatase 4a2 / Protein-tyrosine phosphatase of ...HU-PP-1 / OV-1 / PTP(CAAXII) / Protein-tyrosine phosphatase 4a2 / Protein-tyrosine phosphatase of regenerating liver 2 / PRL-2


分子量: 21927.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTP4A2, PRL2, PTPCAAX2, BM-008 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q12974, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質 Metal transporter CNNM3 / Ancient conserved domain-containing protein 3 / Cyclin-M3


分子量: 17762.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNNM3, ACDP3 / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8NE01
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.54 M sodium citrate, 0.1 M sodium acetate, 10 mM ATP, 2.5 mM AMP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月9日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 10010 / % possible obs: 99.65 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 3.05→3.1 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.05→49.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 22.085 / SU ML: 0.359 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.418 / ESU R Free: 0.435
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28299 503 4.8 %RANDOM
Rwork0.23211 ---
obs0.2345 10010 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 92.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3---0.8 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.05→49.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2418 0 27 3 2448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0192500
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8391.9863408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1269.1441226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.74613.711529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1049.291273
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.70391.2853071
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.055→3.134 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 36 -
Rwork0.392 716 -
obs--98.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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