+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5k10 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of isocitrate dehydrogenase (IDH1) | ||||||
要素 | Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / isocitrate dehydrogenase / small metabolic complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process ...Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process / glyoxylate cycle / response to steroid hormone / female gonad development / peroxisomal matrix / tricarboxylic acid cycle / glutathione metabolic process / Peroxisomal protein import / NAD binding / tertiary granule lumen / peroxisome / NADP binding / secretory granule lumen / response to oxidative stress / ficolin-1-rich granule lumen / cadherin binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Merk, A. / Bartesaghi, A. / Banerjee, S. / Falconieri, V. / Rao, P. / Earl, L. / Milne, J. / Subramaniam, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2016 タイトル: Breaking Cryo-EM Resolution Barriers to Facilitate Drug Discovery. 著者: Alan Merk / Alberto Bartesaghi / Soojay Banerjee / Veronica Falconieri / Prashant Rao / Mindy I Davis / Rajan Pragani / Matthew B Boxer / Lesley A Earl / Jacqueline L S Milne / Sriram Subramaniam / 要旨: Recent advances in single-particle cryoelecton microscopy (cryo-EM) are enabling generation of numerous near-atomic resolution structures for well-ordered protein complexes with sizes ≥ ∼200 kDa. ...Recent advances in single-particle cryoelecton microscopy (cryo-EM) are enabling generation of numerous near-atomic resolution structures for well-ordered protein complexes with sizes ≥ ∼200 kDa. Whether cryo-EM methods are equally useful for high-resolution structural analysis of smaller, dynamic protein complexes such as those involved in cellular metabolism remains an important question. Here, we present 3.8 Å resolution cryo-EM structures of the cancer target isocitrate dehydrogenase (93 kDa) and identify the nature of conformational changes induced by binding of the allosteric small-molecule inhibitor ML309. We also report 2.8-Å- and 1.8-Å-resolution structures of lactate dehydrogenase (145 kDa) and glutamate dehydrogenase (334 kDa), respectively. With these results, two perceived barriers in single-particle cryo-EM are overcome: (1) crossing 2 Å resolution and (2) obtaining structures of proteins with sizes < 100 kDa, demonstrating that cryo-EM can be used to investigate a broad spectrum of drug-target interactions and dynamic conformational states. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5k10.cif.gz | 301.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5k10.ent.gz | 248.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5k10.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5k10_validation.pdf.gz | 1007 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5k10_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5k10_validation.xml.gz | 33.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5k10_validation.cif.gz | 46.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/5k10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/5k10 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46334.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+) #2: 化合物 | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: isocitrate dehydrogenase R132C mutant / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.093 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) / プラスミド: unknown | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 詳細: Plunged into liquid ethane (LEICA EM GP) |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 270000 X / 倍率(補正後): 101000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 79.8 K / 最低温度: 79.6 K |
撮影 | 平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 実像数: 1506 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 60 / 利用したフレーム数/画像: 0-29 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10_2155: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 499184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49936 / アルゴリズム: FOURIER SPACE 詳細: The primary map for this entry corresponds to the uncorrected reconstruction. A version sharpened using a B-factor of -180 is provided as additional volume data. The reconstruction, obtained ...詳細: The primary map for this entry corresponds to the uncorrected reconstruction. A version sharpened using a B-factor of -180 is provided as additional volume data. The reconstruction, obtained without imposing symmetry, is also provided with this entry as additional volume data. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3MAP Accession code: 3MAP / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|