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- PDB-4xs3: Crystal structure of a metabolic reductase with (E)-1-benzyl-5-((... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xs3
タイトルCrystal structure of a metabolic reductase with (E)-1-benzyl-5-((1-methyl-5-oxo-2-thioxoimidazolidin-4-ylidene)methyl)pyridin-2(1H)-one
要素Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
キーワードoxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / female gonad development / NADPH regeneration ...Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / female gonad development / NADPH regeneration / NADP+ metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / glyoxylate cycle / response to steroid hormone / peroxisomal matrix / tricarboxylic acid cycle / glutathione metabolic process / Peroxisomal protein import / NAD binding / peroxisome / tertiary granule lumen / NADP binding / response to oxidative stress / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / cadherin binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-42W / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.291 Å
データ登録者Zheng, B. / Wu, F. / Jiang, H. / Kogiso, M. / Yao, Y. / Zhou, C. / Li, X. / Song, Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP140469 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS080963 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Inhibition of Cancer-Associated Mutant Isocitrate Dehydrogenases by 2-Thiohydantoin Compounds.
著者: Wu, F. / Jiang, H. / Zheng, B. / Kogiso, M. / Yao, Y. / Zhou, C. / Li, X.N. / Song, Y.
履歴
登録2015年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年4月24日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5406
ポリマ－93,4022
非ポリマー2,1384
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area36150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.586, 82.586, 306.599
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.976111, 0.177647, -0.125094), (0.157107, -0.974795, -0.158408), (-0.150081, 0.13497, -0.979418)4.51936, -68.542923, 9.37655

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要素

#1: タンパク質 Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase


分子量: 46701.176 Da / 分子数: 2 / 変異: R132H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / プラスミド: pGEX-kg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-42W / (E)-1-benzyl-5-((1-methyl-5-oxo-2-thioxoimidazolidin-4-ylidene)methyl)pyridin-2(1H)-one / 1-benzyl-5-[(E)-(1-methyl-5-oxo-2-thioxoimidazolidin-4-ylidene)methyl]pyridin-2(1H)-one / 2-チオキソ-3-メチル-5-(1-ベンジル-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリジン-5-イルメチレン)イミダゾリジン-(以下略)


分子量: 325.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15N3O2S
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6
詳細: 10 mM NADPH and 10 mM CaCl2 in a solution of 1.75 M (NH4)2SO4 and 0.1 M NaAc (pH 5.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年10月10日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.291→40.9 Å / Num. obs: 16627 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 8.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
StructureStudioデータ収集
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.291→40.924 Å / FOM work R set: 0.8 / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2831 784 5.09 %RANDOM
Rwork0.2263 14620 --
obs0.2293 15404 90.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.34 Å2 / Biso mean: 55.4 Å2 / Biso min: 20.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.291→40.924 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6069 0 142 0 6211
Biso mean--75.19 --
残基数----764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046344
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9878563
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033925
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041078
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3082371
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2907-3.49680.3403870.24931532161959
3.4968-3.76660.30851480.2432566271497
3.7666-4.14540.30941400.233826372777100
4.1454-4.74440.26641470.20972593274098
4.7444-5.97450.28591490.2142669281899
5.9745-40.92670.2351130.2282623273690

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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