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- PDB-5jzd: A re-refinement of the isochorismate synthase EntC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jzd
タイトルA re-refinement of the isochorismate synthase EntC
要素Isochorismate synthase EntC
キーワードISOMERASE / isochorismate synthase / chorismate / isochorismate
機能・相同性
機能・相同性情報


isochorismate synthase / isochorismate synthase activity / enterobactin biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Isochorismate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ISC / Isochorismate synthase EntC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.303 Å
データ登録者Meneely, K.M. / Lamb, A.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI77725 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K02 AI093675 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli enterobactin-specific isochorismate synthase (EntC) bound to its reaction product isochorismate: implications for the enzyme mechanism and ...タイトル: Crystal structure of Escherichia coli enterobactin-specific isochorismate synthase (EntC) bound to its reaction product isochorismate: implications for the enzyme mechanism and differential activity of chorismate-utilizing enzymes.
著者: Sridharan, S. / Howard, N. / Kerbarh, O. / Baszczyk, M. / Abell, C. / Blundell, T.L.
履歴
登録2016年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22017年3月15日Group: Other
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
Remark 0THIS ENTRY 5JZD REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN 3HWO. ORIGINAL DATA ...THIS ENTRY 5JZD REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN 3HWO. ORIGINAL DATA DETERMINED BY AUTHORS S.SRIDHARAN, T.L. BLUNDELL

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isochorismate synthase EntC
B: Isochorismate synthase EntC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4546
ポリマ－85,9532
非ポリマー5014
水1,40578
1
A: Isochorismate synthase EntC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2273
ポリマ－42,9761
非ポリマー2502
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Isochorismate synthase EntC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2273
ポリマ－42,9761
非ポリマー2502
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.469, 104.795, 140.014
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Isochorismate synthase EntC / Isochorismate mutase


分子量: 42976.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: re-refined entry, data collected by original depositors None entered here
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: entC, b0593, JW0585 / 参照: UniProt: P0AEJ2, isochorismate synthase
#2: 化合物 ChemComp-ISC / (5S,6S)-5-[(1-carboxyethenyl)oxy]-6-hydroxycyclohexa-1,3-diene-1-carboxylic acid / ISOCHORISMIC ACID / イソコリスミン酸


分子量: 226.183 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O6
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.86 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 3HWO

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.10_2155) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.303→41.949 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 26.97
詳細: Refinement was done with simulated annealing in Phenix Refine
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2556 2088 5.05 %Random selection
Rwork0.1953 ---
obs0.1984 41374 99.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.303→41.949 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5843 0 34 78 5955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2878173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5283653
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062913
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011089
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3026-2.35610.33211550.28842462X-RAY DIFFRACTION97
2.3561-2.4150.29321400.2622611X-RAY DIFFRACTION100
2.415-2.48030.33691410.26222565X-RAY DIFFRACTION100
2.4803-2.55330.34061440.25582603X-RAY DIFFRACTION100
2.5533-2.63570.28881320.242585X-RAY DIFFRACTION100
2.6357-2.72990.27831320.2362621X-RAY DIFFRACTION100
2.7299-2.83920.32591480.23542601X-RAY DIFFRACTION100
2.8392-2.96830.31151320.23152601X-RAY DIFFRACTION100
2.9683-3.12480.31141230.23162646X-RAY DIFFRACTION100
3.1248-3.32050.27371440.2072580X-RAY DIFFRACTION100
3.3205-3.57670.22821240.20162639X-RAY DIFFRACTION100
3.5767-3.93640.25061300.17782663X-RAY DIFFRACTION100
3.9364-4.50550.20071560.15472640X-RAY DIFFRACTION100
4.5055-5.67420.20931470.15792676X-RAY DIFFRACTION100
5.6742-41.95590.24141400.16482793X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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