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- PDB-6ori: Enterococcal surface protein, partial N-terminal region -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ori
タイトルEnterococcal surface protein, partial N-terminal region
要素EF0056
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Immunoglobin / biofilm / Enterococcus
機能・相同性
機能・相同性情報


Bacterial Ig domain / Bacterial Ig domain / Long Rib domain / Long Rib domain / Rib/alpha/Esp surface antigen / Rib domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...Bacterial Ig domain / Bacterial Ig domain / Long Rib domain / Long Rib domain / Rib/alpha/Esp surface antigen / Rib domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Spiegelman, L. / Zhang, L. / Tezcan, A. / Ghosh, P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1602537 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)5T32GM007240 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Enterococcal surface protein, partial N-terminal region (CASP target)
著者: Spiegelman, L. / Zhang, L. / Tezcan, A. / Ghosh, P.
履歴
登録2019年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EF0056
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4192
ポリマ－46,3791
非ポリマー401
水7,800433
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.85, 49.96, 51.2399
Angle α, β, γ (deg.)107.36, 111.42, 90.43
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 EF0056 / Surface protein


分子量: 46379.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: ef0056, esp
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Z4N7
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.26 % / 解説: large, triangular crystals
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Crystallization condition: protein: 7.5 mg/mL in 10 mM Tris and 10 mM NaCl Mother liquid: 0.2 M ammonium acetate, pH 7.0, 16% PEG3350, 1 uL mother liquid + 1 uL protein The crystal was soaked ...詳細: Crystallization condition: protein: 7.5 mg/mL in 10 mM Tris and 10 mM NaCl Mother liquid: 0.2 M ammonium acetate, pH 7.0, 16% PEG3350, 1 uL mother liquid + 1 uL protein The crystal was soaked in 8.625%(w/v) sodium acrylate, 2.5%(w/v) acrylamide and 0.2%(w/v) bis-acrylamide in mother liquid (0.2 M ammonium acetate, pH 7.0, 16% PEG 3350). after soaking for over 48 hours, the crystal was transferred to 1% APS and 1% TEMED in mother liquid (0.2 M ammonium acetate, pH 7.0, 16% PEG 3350). after 10 min, calcium chloride was added to the crystal with a final concentration of 100 mM.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→47.27 Å / Num. obs: 58580 / % possible obs: 85.4095 % / 冗長度: 3.17 % / Biso Wilson estimate: 8.90025571117 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Num. unique obs: 410 / % possible all: 78.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
ELVES1.9_1692data processing
MOSFLM1.9_1692データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIXモデル構築
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Crystals with selenomethionine previously determined by our lab but unpublished

解像度: 1.4→47.27 Å / SU ML: 0.122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 16.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1738 2932 5 %
Rwork0.152 55645 -
obs0.1531 58577 85.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 13.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→47.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3025 0 1 433 3459
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00928611633313256
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.240427779974434
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0763462994011473
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056447185071597
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.84614482091210
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.4230.218567863551510.1633129907212845X-RAY DIFFRACTION89.8620275945
1.423-1.44750.1956966476711330.1632539011282632X-RAY DIFFRACTION93.2231962239
1.4475-1.47380.1927771343851210.153782847412120X-RAY DIFFRACTION92.2601893783
1.4738-1.50220.1754549374711100.1573198427821932X-RAY DIFFRACTION63.258983891
1.5022-1.53280.1626218332071110.15177199022159X-RAY DIFFRACTION92.8045789043
1.5328-1.56620.1990979130181560.1496334070062801X-RAY DIFFRACTION94.624
1.5662-1.60260.1917748587021530.1510175964562928X-RAY DIFFRACTION93.3353529234
1.6026-1.64270.1938925333041530.1519245258942887X-RAY DIFFRACTION93.972179289
1.6427-1.68710.1962371950731310.1468922132532962X-RAY DIFFRACTION94.3275388838
1.6871-1.73670.1839650425171500.1463752317652917X-RAY DIFFRACTION93.8781756964
1.7367-1.79280.1791249911951630.1502365033432905X-RAY DIFFRACTION94.6621413144
1.7928-1.85690.171234560121730.1515170401432926X-RAY DIFFRACTION94.8867115738
1.8569-1.93120.1934097017721030.1641766355141761X-RAY DIFFRACTION70.847586469
1.9312-2.01910.1962257662931110.1532465607052298X-RAY DIFFRACTION77.3354735152
2.0191-2.12560.1564730938681400.1510212704832492X-RAY DIFFRACTION80.170575693
2.1256-2.25870.1580337920391350.1566918451992752X-RAY DIFFRACTION95.7863304579
2.2587-2.43310.201569957731270.1557054714962776X-RAY DIFFRACTION96.7666666667
2.4331-2.6780.2059717446081700.1608498971682909X-RAY DIFFRACTION97.0375039395
2.678-3.06540.1655164506411600.1615042630292905X-RAY DIFFRACTION97.3324865037
3.0654-3.86180.1506401362071440.1401796181052748X-RAY DIFFRACTION89.5356037152
3.8618-47.29980.1418483753431370.1444556937582990X-RAY DIFFRACTION95.2772699573

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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