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万見
- PDB-5jys: Pry1 CAP domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jys
タイトルPry1 CAP domain
要素Protein PRY1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CAP protein
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol transport / sterol binding / fungal-type vacuole / cholesterol binding / fatty acid transport / Neutrophil degranulation / fatty acid binding / nuclear envelope / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum ...sterol transport / sterol binding / fungal-type vacuole / cholesterol binding / fatty acid transport / Neutrophil degranulation / fatty acid binding / nuclear envelope / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CRISP family signature 2. / Allergen V5/Tpx-1-related, conserved site / CRISP family signature 1. / Cysteine-rich secretory protein-related / Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily ...CRISP family signature 2. / Allergen V5/Tpx-1-related, conserved site / CRISP family signature 1. / Cysteine-rich secretory protein-related / Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Asojo, O.A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural and functional characterization of the CAP domain of pathogen-related yeast 1 (Pry1) protein.
著者: Darwiche, R. / Kelleher, A. / Hudspeth, E.M. / Schneiter, R. / Asojo, O.A.
履歴
登録2016年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein PRY1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5442
ポリマ－30,5201
非ポリマー241
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.105, 69.105, 97.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

HOH

21A-518-

HOH

詳細Dimer determined by Gel-filtration

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要素

#1: タンパク質 Protein PRY1 / Pathogenesis-related protein 1


分子量: 30519.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PRY1, YJL079C, J1022 / 発現宿主: Komagataella pastoris GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P47032
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100mM Tris pH 8.5, 0.2M Magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.514 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.514 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→34.553 Å / Num. obs: 18355 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.89→1.99 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2405)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ETE

5ete


解像度: 1.901→34.553 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.82
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2083 961 5.32 %RANDOM SELECTION
Rwork0.198 ---
obs0.1985 18061 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→34.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1071 0 1 196 1268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031105
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5331513
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.806626
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004201
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection Rwork
1.901-2.00080.191313150.17552432
2.0008-2.12610.1771010.17742499
2.1261-2.29030.20081240.19492422
2.2903-2.52070.23171740.20632396
2.5207-2.88530.22321490.20932429
2.8853-3.63450.20751560.19692452
3.6345-34.5530.19951260.19932470

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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