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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jy9 | |||||||||
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タイトル | An iron-bound structure of the salicylate synthase Irp9 | |||||||||
![]() | Putative salicylate synthetase | |||||||||
![]() | ISOMERASE / chorismate / isochorismate | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cellular biosynthetic process / : / isochorismate synthase activity / oxo-acid-lyase activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Yersinia enterocolitica serotype O:8 / biotype 1B | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Meneely, K.M. / Lamb, A.L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: An Open and Shut Case: The Interaction of Magnesium with MST Enzymes. 著者: Meneely, K.M. / Sundlov, J.A. / Gulick, A.M. / Moran, G.R. / Lamb, A.L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 309.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 255.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48057.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: NCTC 13174 / 8081 / 遺伝子: ybtS, YE2612 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.09 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 14% PEG 8 000, 0.25 M magnesium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月16日 / 詳細: Mirror: Rh coated flat mirror |
放射 | モノクロメーター: Si(111) side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.739 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.16→39.12 Å / Num. obs: 47172 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.16→2.23 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.729 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 88.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2FN1 解像度: 2.162→36.519 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 23.24
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.162→36.519 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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