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- PDB-5jy9: An iron-bound structure of the salicylate synthase Irp9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jy9
タイトルAn iron-bound structure of the salicylate synthase Irp9
要素Putative salicylate synthetase
キーワードISOMERASE / chorismate / isochorismate
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular biosynthetic process / : / isochorismate synthase activity / oxo-acid-lyase activity
類似検索 - 分子機能
Salicylate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase component I-like / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Putative salicylate synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica serotype O:8 / biotype 1B
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.162 Å
データ登録者Meneely, K.M. / Lamb, A.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI77725 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K02 AI093675 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: An Open and Shut Case: The Interaction of Magnesium with MST Enzymes.
著者: Meneely, K.M. / Sundlov, J.A. / Gulick, A.M. / Moran, G.R. / Lamb, A.L.
履歴
登録2016年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative salicylate synthetase
B: Putative salicylate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5008
ポリマ－96,1152
非ポリマー3856
水2,756153
1
A: Putative salicylate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2324
ポリマ－48,0581
非ポリマー1743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative salicylate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2694
ポリマ－48,0581
非ポリマー2113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.392, 145.351, 58.437
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative salicylate synthetase


分子量: 48057.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica serotype O:8 / biotype 1B (strain NCTC 13174 / 8081) (腸炎エルシニア)
株: NCTC 13174 / 8081 / 遺伝子: ybtS, YE2612 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) pLysS / 参照: UniProt: A1JTF3
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 14% PEG 8 000, 0.25 M magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.739 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月16日 / 詳細: Mirror: Rh coated flat mirror
放射モノクロメーター: Si(111) side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.739 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→39.12 Å / Num. obs: 47172 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.16→2.23 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.729 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 88.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FN1

2fn1


解像度: 2.162→36.519 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 23.24
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2348 2359 5 %Random selection
Rwork0.172 ---
obs0.1751 47138 98.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.162→36.519 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6421 0 19 153 6593
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136559
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2148885
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5513959
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06992
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081164
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.162-2.20610.29151120.22472205X-RAY DIFFRACTION84
2.2061-2.2540.29881460.21442626X-RAY DIFFRACTION97
2.254-2.30650.2751260.19442597X-RAY DIFFRACTION100
2.3065-2.36410.2841610.19432651X-RAY DIFFRACTION100
2.3641-2.4280.26511810.19152618X-RAY DIFFRACTION100
2.428-2.49950.26041310.18462658X-RAY DIFFRACTION100
2.4995-2.58010.25671070.18232687X-RAY DIFFRACTION100
2.5801-2.67230.25231200.18892689X-RAY DIFFRACTION100
2.6723-2.77930.27581540.18922645X-RAY DIFFRACTION100
2.7793-2.90570.26121780.19142627X-RAY DIFFRACTION100
2.9057-3.05880.23371180.18642685X-RAY DIFFRACTION100
3.0588-3.25040.29471330.18262685X-RAY DIFFRACTION100
3.2504-3.50120.261200.18252662X-RAY DIFFRACTION100
3.5012-3.85310.2121310.15882678X-RAY DIFFRACTION100
3.8531-4.40990.20671570.14452672X-RAY DIFFRACTION100
4.4099-5.55290.14091140.12942717X-RAY DIFFRACTION100
5.5529-36.52450.21041700.17062677X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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