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- PDB-5jxr: Crystal structure of MtISWI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jxr
タイトルCrystal structure of MtISWI
要素Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
キーワードTRANSCRIPTION / chromatin remodeler / ISWI
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleosome organization / ATP-dependent chromatin remodeler activity / nucleosome binding / histone binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Isw1/2, N-terminal / ISWI, HAND domain / SLIDE domain / ISWI, HAND domain superfamily / HAND / SLIDE / SANT domain profile. / SANT domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily ...Isw1/2, N-terminal / ISWI, HAND domain / SLIDE domain / ISWI, HAND domain superfamily / HAND / SLIDE / SANT domain profile. / SANT domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Helicase conserved C-terminal domain / Homeobox-like domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Myceliophthora thermophila (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.404 Å
データ登録者Chen, Z. / Yan, L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure and regulation of the chromatin remodeller ISWI
著者: Yan, L. / Wang, L. / Tian, Y. / Xia, X. / Chen, Z.
履歴
登録2016年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
B: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,8424
ポリマ－166,7712
非ポリマー712
水6,377354
1
A: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,4212
ポリマ－83,3861
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area32430 Å2
手法PISA
2
B: Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,4212
ポリマ－83,3861
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area32470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.767, 127.767, 106.666
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Chromatin-remodeling complex ATPase-like protein


分子量: 83385.672 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 81-803 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Myceliophthora thermophila (strain ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799) (菌類)
株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: MYCTH_2307364 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2QFM3
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: PEG3350,200 mM NaAc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 75016 / % possible obs: 99.05 % / 冗長度: 5.2 % / Net I/σ(I): 27

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
HKL-2000v705aデータ削減
HKL-2000v705aデータスケーリング
PHASERv7.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.404→32.91 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 3770 5.03 %
Rwork0.1947 --
obs0.1963 75016 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.404→32.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10098 0 2 354 10454
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410268
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79613828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.53940
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031808
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4043-2.43480.31141410.28062517X-RAY DIFFRACTION94
2.4348-2.46680.33391210.28132611X-RAY DIFFRACTION99
2.4668-2.50060.31341450.27362688X-RAY DIFFRACTION100
2.5006-2.53630.32871360.25872650X-RAY DIFFRACTION100
2.5363-2.57410.28271480.26012646X-RAY DIFFRACTION100
2.5741-2.61430.31511640.2392711X-RAY DIFFRACTION100
2.6143-2.65720.28011460.23292597X-RAY DIFFRACTION100
2.6572-2.7030.31791270.23772703X-RAY DIFFRACTION100
2.703-2.75210.30641500.23452601X-RAY DIFFRACTION100
2.7521-2.8050.31881310.23272737X-RAY DIFFRACTION100
2.805-2.86220.28421260.22332653X-RAY DIFFRACTION100
2.8622-2.92440.28921260.23242714X-RAY DIFFRACTION100
2.9244-2.99240.28211280.22582664X-RAY DIFFRACTION100
2.9924-3.06720.26331360.22512653X-RAY DIFFRACTION100
3.0672-3.15010.25961300.21712693X-RAY DIFFRACTION100
3.1501-3.24270.23851260.22592641X-RAY DIFFRACTION100
3.2427-3.34730.24171640.21112661X-RAY DIFFRACTION100
3.3473-3.46680.24361750.20712638X-RAY DIFFRACTION100
3.4668-3.60540.26691360.19162650X-RAY DIFFRACTION100
3.6054-3.76930.22311460.19012682X-RAY DIFFRACTION100
3.7693-3.96770.19991320.1782683X-RAY DIFFRACTION100
3.9677-4.21580.18881500.17562636X-RAY DIFFRACTION100
4.2158-4.54050.1921410.1632661X-RAY DIFFRACTION100
4.5405-4.9960.18511440.15672653X-RAY DIFFRACTION100
4.996-5.71570.20131510.18232658X-RAY DIFFRACTION100
5.7157-7.18880.21261300.19582677X-RAY DIFFRACTION100
7.1888-32.9130.17171200.16492168X-RAY DIFFRACTION82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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