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- PDB-2y2g: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B (PBP-1B) IN COMPLEX WITH AN ALKYL B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y2g
タイトルPENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B (PBP-1B) IN COMPLEX WITH AN ALKYL BORONATE (A01)
要素PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B
キーワードTRANSFERASE / INFECTION / CELL WALL / PEPTIDOGLYCAN / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space ...peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #12800 / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) - #40 / Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / : / Transglycosylase / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase ...Rossmann fold - #12800 / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) - #40 / Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / : / Transglycosylase / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Lysozyme-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A01 / Penicillin-binding protein 1b
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Contreras-Martel, C. / Amoroso, A. / Woon, E.C. / Zervosen, A. / Inglis, S. / Martins, A. / Verlaine, O. / Rydzik, A. / Job, V. / Luxen, A. ...Contreras-Martel, C. / Amoroso, A. / Woon, E.C. / Zervosen, A. / Inglis, S. / Martins, A. / Verlaine, O. / Rydzik, A. / Job, V. / Luxen, A. / Joris, B. / Schofield, C.J. / Dessen, A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure-Guided Design of Cell Wall Biosynthesis Inhibitors that Overcome Beta-Lactam Resistance in Staphylococcus Aureus (Mrsa).
著者: Contreras-Martel, C. / Amoroso, A. / Woon, E.C. / Zervosen, A. / Inglis, S. / Martins, A. / Verlaine, O. / Rydzik, A. / Job, V. / Luxen, A. / Joris, B. / Schofield, C.J. / Dessen, A.
履歴
登録2010年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月28日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B
B: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,25642
ポリマ－108,1942
非ポリマー2,06240
水11,259625
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6380 Å2
ΔGint-333.1 kcal/mol
Surface area37530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.526, 97.526, 149.356
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A104 - 119
2115B104 - 119
1215A337 - 789
2215B337 - 789
1316A1000
2316B1000
1416A1100
2416B1100
1516A1200 - 1215
2516B1200 - 1215
1616A1300
2616B1300
1716A1400
2716B1400

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, -0.000429, 0.000124), (0.000429, -1, 8.3E-5), (0.000124, 8.3E-5, 1)
ベクター: 0.06553, 195.06218, -0.00612)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B / PBP1B


分子量: 54096.906 Da / 分子数: 2 / 断片: TRANSPEPTIDASE DOMAIN, RESIDUES 101-125,323-791 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ALKYL BORONATE (A01) COVALENTLY BOND TO S460
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
株: R6 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PLYS
参照: UniProt: Q7CRA4, peptidoglycan glycosyltransferase, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの

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非ポリマー , 6種, 665分子

#2: 化合物 ChemComp-A01 / [(2,6-DIMETHOXYPHENYL)CARBONYLAMINO]METHYL-TRIHYDROXY-BORON


分子量: 256.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15BNO6
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 656 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 686 TO GLN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 656 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 686 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 687 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASN 656 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 686 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 687 TO GLN
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細((2,6-DIMETHOXYBENZAMIDO)METHYL)BORONIC ACID (A01): COVALENTLY BOND TO SER 460

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.06 %
解説: MOLECULAR REPLACEMENT MODEL 2BG1 WITHOUT RESIDUES 654 TO 660
結晶化pH: 7.2
詳細: 50 MM HEPES PH 7.2, 3M NACL, 0.6-0.9 M AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98088
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98088 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→48.74 Å / Num. obs: 88626 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 42.902 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.17 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.57 / % possible all: 68.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0095精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BG1

2bg1


解像度: 2.05→48.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 8.069 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2597 4088 5 %RANDOM
Rwork0.22221 ---
obs0.22412 77212 90.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.512 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å20 Å20 Å2
2---0.97 Å20 Å2
3---1.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→48.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7185 0 92 625 7902
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0227418
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9461.93110031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9275934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21095
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1867medium positional0.10.5
2B1867medium positional0.10.5
1A1767loose positional0.865
2B1767loose positional0.865
1A1867medium thermal2.542
2B1867medium thermal2.542
1A1767loose thermal3.510
2B1767loose thermal3.510
LS精密化 シェル解像度: 2.049→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 284 -
Rwork0.418 5334 -
obs--89.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5287-4.210.05444.1011-0.04110.1207-0.2401-0.3199-0.01990.41680.2160.02890.0005-0.00460.02410.2277-0.0280.01040.21580.00130.20860.012897.54731.1315
21.5-0.72170.00210.9010.00670.49340.01150.10680.0034-0.03790.020.0001-0.0003-0.001-0.03150.0406-0.0271-0.00040.03140.00080.0020.003697.5309-18.9499
35.0905-0.98570.0310.31720.04721.19120.18561.40270.0106-0.3621-0.2223-0.0016-0.02230.01240.03670.8594-0.0776-0.00730.44250.00160.23510.045897.5362-44.9895
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A104 - 125
2X-RAY DIFFRACTION1B104 - 125
3X-RAY DIFFRACTION1A337 - 393
4X-RAY DIFFRACTION1B337 - 393
5X-RAY DIFFRACTION1A585 - 601
6X-RAY DIFFRACTION1B585 - 601
7X-RAY DIFFRACTION2A394 - 584
8X-RAY DIFFRACTION2B394 - 584
9X-RAY DIFFRACTION2A602 - 722
10X-RAY DIFFRACTION2B602 - 722
11X-RAY DIFFRACTION3A723 - 790
12X-RAY DIFFRACTION3B723 - 790

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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