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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jwj
タイトルNMR solution structure of a thermophilic lysine methyl transferase from Sulfolobus islandicus
要素Protein-lysine N-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / lysine methyl transferase / thermophilic (好熱菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-lysine N-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
類似検索 - 分子機能
N-lysine methyltransferase FAM173A/B / Methyltransferase domain / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein-lysine N-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus islandicus (好気性・好酸性)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者de Lichtenberg, C. / Stiefler-Jensen, D. / Schwarz-Linnet, T. / She, Q. / Teilum, K.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号
Danish Council for Independent Research11-106683 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR solution structure of a thermophilic lysine methyl transferase from Sulfolobus islandicus
著者: de Lichtenberg, C. / Stiefler-Jensen, D. / Schwarz-Linnet, T. / She, Q. / Teilum, K.
履歴
登録2016年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature_units / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-lysine N-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4201
ポリマ-19,4201
非ポリマー00
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10660 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein-lysine N-methyltransferase / Archaeal protein lysine methyltransferase / aKMT


分子量: 19420.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus (strain REY15A) (好気性・好酸性)
: REY15A / 遺伝子: SiRe_1449 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: F0NBH8, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HN(CO)CA
151isotropic13D HN(CA)CO
161isotropic13D CBCA(CO)NH
171isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D 1H-15N NOESY
191isotropic13D 1H-15N TOCSY
1122isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1112isotropic13D (H)CCH-TOCSY aromatic
1101isotropic22D IPAP HSQC
1133anisotropic22D IPAP HSQC
1142isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1152isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] aKMT_D34A, 20 mM Na-acetate, 0.5 mM DSS, 90% H2O/10% D2O13C_15N_H2O90% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] aKMT_D34A, 20 mM Na-acetate, 0.5 mM DSS, 90% H2O/10% D2O13C_15N_D2O90% H2O/10% D2O
solution31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] aKMT_D34A, 20 mM Na-acetate, 0.5 mM DSS, 0.123 M C12E5, 0.111 M hexanol, 90% H2O/10% D2O13C_15N_H2O_aligned90% H2O/10% D2Oaligned in C12E5/hexanol liquid crystal medium
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMaKMT_D34A[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMNa-acetatenatural abundance1
0.5 mMDSSnatural abundance1
1 mMaKMT_D34A[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMNa-acetatenatural abundance2
0.5 mMDSSnatural abundance2
1 mMaKMT_D34A[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMNa-acetatenatural abundance3
0.5 mMDSSnatural abundance3
0.123 MC12E5natural abundance3
0.111 Mhexanolnatural abundance3
試料状態イオン強度: 0.02 M / Label: std / pH: 5 / : 1 atm / 温度: 313.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Agilent DD2AgilentDD28001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
Xplor-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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