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- PDB-5jwf: Crystal structure of Porphyromonas gingivalis DPP11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jwf
タイトルCrystal structure of Porphyromonas gingivalis DPP11
要素Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase
キーワードHYDROLASE / peptidase / bacterial enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


developmental cell growth / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ / serine-type aminopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / peptide catabolic process / peptide binding / cell surface / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidase S46 / Peptidase S46 / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
S-1,2-PROPANEDIOL / Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bezerra, G.A. / Fedosyuk, S. / Ohara-Nemoto, Y. / Nemoto, T.K. / Djinovic-Carugo, K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Bacterial protease uses distinct thermodynamic signatures for substrate recognition.
著者: Bezerra, G.A. / Ohara-Nemoto, Y. / Cornaciu, I. / Fedosyuk, S. / Hoffmann, G. / Round, A. / Marquez, J.A. / Nemoto, T.K. / Djinovic-Carugo, K.
履歴
登録2016年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase
B: Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,6856
ポリマ－161,3332
非ポリマー3524
水6,503361
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area58620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.181, 117.216, 148.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase / Dipeptidyl-peptidase 11 / DPP11


分子量: 80666.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
遺伝子: dpp11, PGN_0607 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B2RID1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 %
結晶化温度: 275 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.12M Alcohols, Buffer system 3 pH 8.5, 40% v/v Glycerol, 20% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.953 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→91.972 Å / Num. obs: 91479 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 50.4 Å2 / Rsym value: 0.091 / Net I/av σ(I): 7.355 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.2-2.325.41.2240.6199.4
2.32-2.465.81.3680.61100
2.46-2.635.80.6461.21100
2.63-2.845.80.312.4199.9
2.84-3.115.80.1634.7199.9
3.11-3.485.70.0888.5199.9
3.48-4.025.40.05812.2199.4
4.02-4.925.40.03817.5199.6
4.92-6.965.30.03517.9199.9
6.96-45.5634.90.02623.2196.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→45.563 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2595 3492 4.95 %
Rwork0.2077 --
obs0.2102 70571 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.5 Å2 / Biso mean: 55.8677 Å2 / Biso min: 25.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→45.563 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11129 0 23 361 11513
Biso mean--72.93 51.58 -
残基数----1398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6815414
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0271623
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032023
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8224259
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.43290.39941290.29726332762100
2.4329-2.46760.32151430.301226642807100
2.4676-2.50450.351470.292726422789100
2.5045-2.54360.33061620.286726312793100
2.5436-2.58530.34881600.279326382798100
2.5853-2.62990.30391610.281326502811100
2.6299-2.67770.31761300.254426532783100
2.6777-2.72920.29551420.269827082850100
2.7292-2.78490.33991420.264626572799100
2.7849-2.84540.33231530.256426232776100
2.8454-2.91160.30221170.25127172834100
2.9116-2.98440.29051260.25626732799100
2.9844-3.06510.34121470.241926742821100
3.0651-3.15530.27211210.240827022823100
3.1553-3.25710.29121400.243226952835100
3.2571-3.37340.27651420.22126682810100
3.3734-3.50850.27541320.220126752807100
3.5085-3.66810.30281290.22942658278798
3.6681-3.86140.32311400.22772671281199
3.8614-4.10320.21111380.1792712285099
4.1032-4.41970.1851190.16192715283499
4.4197-4.8640.19061360.155727252861100
4.864-5.56680.22321400.171527462886100
5.5668-7.00950.25211370.183827812918100
7.0095-45.57080.17951590.14852768292796
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.92410.37740.11994.95210.34623.29170.2909-0.2814-0.11850.0133-0.03930.20970.1992-0.2683-0.22750.2813-0.0464-0.02070.38550.01120.2603-0.278723.8193199.6459
22.75351.3335-0.03982.6799-0.26561.45250.443-0.7008-0.05850.4093-0.32850.04520.01080.0341-0.14550.3872-0.01480.03550.4476-0.01120.32267.367226.1483203.8737
30.8401-0.1456-0.17740.376-0.180.40910.07340.1025-0.0945-0.1467-0.0840.05180.06550.08010.01130.36060.01290.00010.345-0.05790.292120.418526.109180.9643
41.212-0.8214-0.18864.92760.02410.40310.0373-0.0992-0.13980.407-0.0897-0.48180.14360.22880.05730.47830.0453-0.06240.4768-0.02770.350837.463114.2388189.3857
52.35720.65730.27772.34050.02453.55570.20360.0623-0.1635-0.13930.03310.27770.4262-0.4431-0.21860.35270.0205-0.08130.29970.00980.377-3.419822.8573184.5274
61.97260.69770.8822.39560.57023.91120.02790.13250.0134-0.24130.167-0.1634-0.2926-0.0313-0.19390.3190.0585-0.00350.25380.03850.3681-1.029120.9824132.0631
73.2146-0.94170.18931.2926-0.11150.6738-0.04580.2203-0.1224-0.1770.08230.03570.07680.0713-0.04240.4-0.07440.01150.29480.00810.2257.6461-6.1778147.0154
81.51780.6879-0.53952.19730.35733.87970.1632-0.07210.1250.11790.0254-0.2631-0.48660.1589-0.18120.35360.0518-0.05180.2846-0.01620.45971.865128.0083149.8014
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 130 )A21 - 130
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 131 through 268 )A131 - 268
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 269 through 368 )A269 - 368
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 369 through 564 )A369 - 564
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 565 through 720 )A565 - 720
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 23 through 274 )B23 - 274
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 275 through 564 )B275 - 564
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 565 through 720 )B565 - 720

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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