PDB-5jv2: Crystal structure of human FPPS in complex with an allosteric inh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jv2

タイトル

Crystal structure of human FPPS in complex with an allosteric inhibitor MIT-01-055

要素

Farnesyl pyrophosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Park, J. / Magder, A. / Tsakos, M. / Tsantrizos, Y.S. / Berghuis, A.M.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Pharmacophore Mapping of Thienopyrimidine-Based Monophosphonate (ThP-MP) Inhibitors of the Human Farnesyl Pyrophosphate Synthase.
著者: Park, J. / Leung, C.Y. / Matralis, A.N. / Lacbay, C.M. / Tsakos, M. / Fernandez De Troconiz, G. / Berghuis, A.M. / Tsantrizos, Y.S.

履歴

登録	2016年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jv2.cif.gz	154.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jv2.ent.gz	120.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jv2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jv2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5juzC 5jv0C 5jv1C 5ksxC 4qxsS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4k10-1 6ezr-1 6ezs-2 5qpy-1 1dap-d 6pk1-2 2f7m-1 4p0x-1 4k10-2 6mgg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.410, 110.410, 76.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Farnesyl pyrophosphate synthase / FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl ...FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl diphosphate synthase / Geranyltranstransferase 分子量: 43144.980 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 67-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDPS, FPS, KIAA1293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P14324, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase, dimethylallyltranstransferase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-6O3 / {[6-(4-methylphenyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-5-yl]methyl}phosphonic acid 分子量: 320.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₃N₂O₃PS
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.34 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.6 M ammonium phosphate, 20% glycerol, 0.08 M TrisHCl, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→55.21 Å / Num. obs: 21337 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 17 % / B_iso Wilson estimate: 37.923 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 44.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.972 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0123	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0123	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4QXS

4qxs

解像度: 2.3→55.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 14.225 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.207 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23658	1106	5.2 %	RANDOM
R_work	0.18623	-	-	-
obs	0.18894	20190	98.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.844 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→55.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2602	0	49	137	2788

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.02	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.157	1.984	3682
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.179	3.003	5735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.133	5	327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.446	24.597	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.267	15	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.709	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	408
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3061
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	631
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.818	3.107	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.805	3.105	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.759	4.645	1643
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.759	4.647	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.809	3.549	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.808	3.552	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.399	5.248	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.196	28.275	3399
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.195	28.289	3400
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.386	70	-
R_work	0.284	1470	-
obs	-	-	98.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.6288	4.9931	-7.366	9.7429	-4.8785	10.9164	-0.2866	1.203	-0.2374	-0.6312	0.338	0.844	0.6236	-1.5396	-0.0513	0.2513	-0.1463	-0.1237	0.4416	-0.0853	0.207	1.6035	80.0522	10.0118
2	7.3578	0.2698	-4.784	2.195	0.6473	5.0486	0.0451	0.6395	-0.1992	-0.3539	0.0213	0.4448	0.0853	-0.6639	-0.0663	0.1339	-0.0798	-0.1142	0.1498	0.0177	0.1881	6.142	82.4649	13.4467
3	6.552	-2.3088	-0.5164	4.1076	-0.5048	1.8872	-0.1241	0.2275	-0.3879	-0.2735	0.0711	0.2704	0.2222	-0.2898	0.053	0.0682	-0.0524	0.0011	0.056	-0.0157	0.0301	13.0487	82.5056	15.6824
4	10.6167	-5.0629	4.3381	6.5958	-4.0596	5.6526	-0.0481	-0.3564	-0.0517	0.165	0.1457	0.3337	-0.2129	-0.0482	-0.0976	0.0396	-0.027	0.0253	0.0345	-0.0125	0.0354	11.9684	92.2034	25.3621
5	6.2578	-1.1435	1.054	4.1633	-2.0555	3.8724	0.0024	-0.6149	-0.7591	0.4388	-0.2058	-0.2513	0.3359	0.6334	0.2034	0.2112	0.0327	0.0378	0.3526	0.1309	0.198	13.8129	77.4267	37.8437
6	6.031	-3.0017	1.8537	5.576	-2.7744	2.7109	0.0776	-0.418	-0.8618	0.3776	-0.177	0.2014	0.4741	0.1972	0.0994	0.3654	0.0237	0.1243	0.2985	0.159	0.326	3.7419	73.3565	40.6957

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	F	10 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	F	36 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	F	77 - 147
4	X-RAY DIFFRACTION	4	F	148 - 178
5	X-RAY DIFFRACTION	5	F	179 - 293
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	294 - 350

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