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万見
- PDB-4k10: Crystal Structure of Leshmaniasis major Farnesyl diphosphate synt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k10
タイトルCrystal Structure of Leshmaniasis major Farnesyl diphosphate synthase in complex with 3-FLUORO-1-(2-HYDROXY-2,2-DIPHOSPHONOETHYL)PYRIDINIUM and Mg2+
要素Farnesyl pyrophosphate synthase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Geranyl Transferase / FPPS / farnesyl pyrophosphate synthase / farnesyl diphosphate synthase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-NI9 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Farnesyl pyrophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Aripirala, S. / Gabelli, S. / Amzel, L.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural and thermodynamic basis of the inhibition of Leishmania major farnesyl diphosphate synthase by nitrogen-containing bisphosphonates.
著者: Aripirala, S. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Oldfield, E. / Kaiser, M. / Amzel, L.M. / Gabelli, S.B.
履歴
登録2013年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Farnesyl pyrophosphate synthase
B: Farnesyl pyrophosphate synthase
D: Farnesyl pyrophosphate synthase
C: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,02926
ポリマ－164,0694
非ポリマー1,96022
水4,720262
1
A: Farnesyl pyrophosphate synthase
B: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,99314
ポリマ－82,0342
非ポリマー95912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8570 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area29310 Å2
手法PISA
2
D: Farnesyl pyrophosphate synthase
C: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,03612
ポリマ－82,0342
非ポリマー1,00210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8410 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area29750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.168, 143.743, 194.333
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質
Farnesyl pyrophosphate synthase


分子量: 41017.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: FPPS, LMJF_22_1360 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q4QBL1, dimethylallyltranstransferase, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase

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非ポリマー , 7種, 284分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-NI9 / 3-FLUORO-1-(2-HYDROXY-2,2-DIPHOSPHONOETHYL)PYRIDINIUM


分子量: 302.111 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11FNO7P2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3350 15-25%, 100 mM MES pH 6.5, 100-200 mM CaAcetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月27日 / 詳細: KB Rh, Pt, ULE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→115.47 Å / Num. obs: 69237 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.3-2.384.90.675196.5
2.38-2.485.30.416199.2
2.48-2.595.40.342199.4
2.59-2.735.40.268199.3
2.73-2.95.40.206199.9
2.9-3.125.50.1641100
3.12-3.445.40.143199.5
3.44-3.933.70.125128.9
3.93-4.956.40.099191.7
4.95-506.70.053197.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化解像度: 2.3→115.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / WRfactor Rfree: 0.2646 / WRfactor Rwork: 0.2233 / FOM work R set: 0.7742 / SU B: 8.784 / SU ML: 0.212 / SU R Cruickshank DPI: 0.4651 / SU Rfree: 0.2862 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.465 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 3410 5 %RANDOM
Rwork0.2331 64517 --
obs0.2352 67927 89.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 135.65 Å2 / Biso mean: 48.821 Å2 / Biso min: 20.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.35 Å20 Å20 Å2
2--5.06 Å20 Å2
3----2.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→115.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11389 0 113 262 11764
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02211741
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2581.95515929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.08451432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.35224.411526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.815152019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6091551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21789
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028742
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.25982
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.28222
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1890.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5151.57168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.957211525
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.32434762
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0744.54404
LS精密化 シェル解像度: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 216 -
Rwork0.32 4211 -
all-4427 -
obs--80.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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