PDB-5jue: Crystal Structure of UIC2 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jue

タイトル

Crystal Structure of UIC2 Fab

要素

heavy chain of UIC2 Fab
light chain of UIC2 Fab

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Antibody Fab /

p-glycoprotein (P糖タンパク質) / transport inhibition

機能・相同性

抗体 /

Immunoglobulin-like /

サンドイッチ / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Xia, D. / Esser, L.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the antigen-binding fragment of a monoclonal antibody specific for the multidrug-resistance-linked ABC transporter human P-glycoprotein.
著者: Esser, L. / Shukla, S. / Zhou, F. / Ambudkar, S.V. / Xia, D.

履歴

登録	2016年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jue.cif.gz	269.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jue.ent.gz	219.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jue.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/5jue ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/5jue	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3hi5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1lo2-1 4nrz-1 6vor-1 4hkb-6 4ydv-2 4xxd-2 5my4-d 2iqa-1 4xc3-d 4xce-3 5myk-d 4evn-8 4hha-d 3ifp-1 2ipu-1 2hkh-d 1yee-d 4nuj-d 3eyu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: light chain of UIC2 Fab

H: heavy chain of UIC2 Fab

ヘテロ分子

49 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.673, 44.909, 58.094
Angle α, β, γ (deg.)	97.620, 99.100, 94.090
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	light chain of UIC2 Fab 分子量: 24278.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): hybridoma / 細胞株 (発現宿主): BALB/c / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	heavy chain of UIC2 Fab 分子量: 24381.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): Hybridoma / 細胞株 (発現宿主): BALB/c / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.16 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 25 % PEG2000MME, 100 mM Tris pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1.06882 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月11日

放射

モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.06882 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 46314 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 27.73 Å² / R_merge(I) obs: 0.042 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.048 / Χ²: 0.991 / Net I/av σ(I): 29.248 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 176673

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.65-1.68	2.9	0.663	1685	0.693	0.441	0.8	0.731	69
1.68-1.71	3	0.567	2139	0.743	0.379	0.686	0.726	87.7
1.71-1.74	3.4	0.495	2271	0.824	0.313	0.587	0.778	95
1.74-1.78	3.8	0.395	2358	0.907	0.233	0.458	0.781	95
1.78-1.82	3.9	0.322	2313	0.936	0.189	0.374	0.825	95.7
1.82-1.86	3.9	0.244	2331	0.962	0.143	0.283	0.828	95.6
1.86-1.9	3.9	0.202	2309	0.975	0.118	0.234	0.909	96.2
1.9-1.96	3.9	0.151	2413	0.983	0.088	0.175	1.001	96
1.96-2.01	3.9	0.121	2297	0.989	0.07	0.14	1.082	96.7
2.01-2.08	3.9	0.099	2320	0.993	0.058	0.115	1.179	96.5
2.08-2.15	3.9	0.081	2408	0.994	0.047	0.094	1.135	96.9
2.15-2.24	3.9	0.073	2367	0.994	0.042	0.084	1.106	97
2.24-2.34	3.9	0.066	2346	0.995	0.038	0.076	1.153	97.6
2.34-2.46	3.9	0.06	2364	0.996	0.035	0.069	1.122	97.4
2.46-2.62	3.9	0.053	2391	0.997	0.031	0.061	1.141	97.7
2.62-2.82	4	0.05	2402	0.996	0.029	0.058	1.029	98.2
2.82-3.11	4	0.045	2377	0.997	0.026	0.052	0.91	98.3
3.11-3.55	4	0.043	2389	0.997	0.025	0.049	1.059	98.8
3.55-4.48	3.9	0.034	2441	0.998	0.02	0.039	1.057	99.2
4.48-50	3.9	0.024	2393	0.999	0.014	0.028	0.956	98.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2363	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HI5

3hi5

解像度: 1.65→28.373 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.57 / 位相誤差: 23.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.203	2300	5 %
R_work	0.1645	43702	-
obs	0.1664	46002	95.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 180.55 Å² / B_iso mean: 45.3153 Å² / B_iso min: 18.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→28.373 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3424	0	56	316	3796
B_iso mean	-	-	57.17	41.93	-
残基数	-	-	-	-	445

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3550
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.876	4834
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	535
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	610
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.603	2110

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.6859	0.3097	112	0.2883	2124	2236	74
1.6859-1.7251	0.3128	142	0.2664	2690	2832	94
1.7251-1.7682	0.284	144	0.2441	2734	2878	95
1.7682-1.816	0.2638	143	0.214	2733	2876	96
1.816-1.8695	0.2971	144	0.2087	2737	2881	96
1.8695-1.9298	0.2206	144	0.2024	2735	2879	96
1.9298-1.9988	0.2563	144	0.1928	2759	2903	97
1.9988-2.0788	0.2279	146	0.1871	2764	2910	96
2.0788-2.1733	0.2326	145	0.1816	2757	2902	97
2.1733-2.2879	0.2291	147	0.1709	2778	2925	97
2.2879-2.4311	0.226	148	0.1763	2817	2965	98
2.4311-2.6187	0.2295	146	0.1779	2770	2916	98
2.6187-2.882	0.2363	148	0.1704	2811	2959	98
2.882-3.2985	0.1778	148	0.1663	2830	2978	99
3.2985-4.1537	0.1783	150	0.1393	2838	2988	99
4.1537-28.3776	0.1595	149	0.1369	2825	2974	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6392	0.2309	1.5899	3.1329	1.7486	5.3876	0.0819	-0.0272	-0.2301	0.752	0.0138	-0.1642	1.244	0.3022	-0.1379	0.625	0.1591	0.0291	0.3568	0.0478	0.289	6.922	-3.742	19.182
2	6.6821	1.1791	-1.9173	6.0043	-0.346	5.52	-0.203	-0.033	0.0506	-0.0462	0.0821	0.4925	0.436	-0.2599	0.1204	0.2777	0.0633	0.0156	0.1715	-0.0272	0.248	-1.548	5.226	17.811
3	4.9875	-4.6039	6.1181	6.8526	-4.3617	8.6985	-0.0252	-0.222	-0.5198	0.426	0.0849	0.3496	0.3827	0.0536	-0.0532	0.4604	0.0978	0.0108	0.2284	0.0287	0.2395	2.538	-4.278	23.158
4	1.4834	0.5328	0.4021	1.6244	0.9529	1.9545	-0.2975	-0.2732	0.055	0.449	-0.0448	0.3268	0.6339	-0.2041	-0.1107	0.3263	-0.0001	0.1013	0.2869	-0.0025	0.2799	0.263	-2.702	11.774
5	2.2832	-0.239	-1.0977	3.0097	1.6606	7.2875	0.1626	0.0448	-0.0845	0.0313	-0.0692	-0.0016	-0.002	-0.0615	-0.0617	0.1442	-0.0496	0.01	0.1415	-0.0127	0.2191	0.091	-15.998	-17.31
6	3.1795	0.3524	-2.1767	2.9593	1.0738	7.3499	0.227	-0.0524	0.1416	0.0736	-0.0168	-0.0146	-0.1974	0.1183	-0.1831	0.1414	-0.0133	0.0004	0.1766	0.009	0.268	1.403	-12.195	-14.674
7	4.688	1.3337	-2.1198	3.4619	-0.7102	4.5767	-0.0276	0.2592	-0.3363	0.1307	-0.1192	0.0962	0.8295	-0.076	0.1665	0.3299	-0.0159	0.0063	0.1685	-0.0411	0.3202	-1.332	-24.281	-18.196
8	7.2523	-0.5577	-4.7051	3.3259	0.518	4.9469	-0.0073	0.4099	0.5588	-0.3354	0.2101	0.066	-0.5178	-0.3679	-0.2315	0.3151	-0.048	-0.0448	0.2671	0.044	0.2134	5.863	16.924	-1.974
9	4.7833	-0.2269	-1.6158	5.8624	1.9085	5.101	-0.0609	-0.2613	0.4736	0.0133	0.138	0.1766	-0.5858	0.1583	-0.0822	0.2374	-0.0151	-0.0308	0.1938	-0.0145	0.2199	7.257	19.76	9.44
10	8.9765	4.2179	2.0077	6.7809	3.0072	5.3395	-0.2236	0.0892	-0.4629	-0.5288	0.5067	-0.4023	0.1451	0.594	-0.3323	0.2261	0.0518	-0.0012	0.3246	0.032	0.1761	13.14	8.771	7.245
11	1.6935	1.8241	1.4126	4.6011	1.3325	3.2845	-0.1627	-0.2086	0.2146	0.0179	0.5605	-1.0312	0.0081	1.4214	-0.3096	0.2137	-0.0781	-0.0255	0.6305	-0.0949	0.4288	19.78	17.69	9.672
12	2.2973	0.6883	-0.3161	2.3718	0.8281	4.854	-0.2084	-0.1023	0.2996	-0.1365	0.2058	-0.0581	-0.3508	0.5498	-0.04	0.2222	-0.0027	-0.0352	0.2421	0.0057	0.2609	9.981	16.566	8.056
13	1.5337	-0.7284	0.8628	0.6184	0.8247	6.1035	0.0205	0.1296	0.0268	-0.837	0.2135	-0.0903	-0.1217	0.476	0.1196	0.5982	-0.1499	0.0015	0.2553	0.0591	0.2647	9.157	9.215	-14.893
14	9.0881	0.8715	-0.7688	3.6596	0.7095	4.2292	0.1712	0.0718	-1.1307	0.0858	-0.264	0.1692	-0.0592	-0.5438	0.1089	0.3697	0.0394	-0.0815	0.3609	-0.0202	0.3627	-9.802	-14.084	-24.821
15	3.2614	1.2554	0.1676	3.3999	0.2481	3.2376	-0.2035	0.0935	0.2992	-0.3764	-0.0461	0.5998	-0.5473	-0.3724	0.1144	0.2752	0.0422	-0.0447	0.2189	-0.0261	0.2909	-7.027	-2.533	-18.523
16	3.0969	1.2064	0.7084	8.1793	2.5256	1.0299	-0.1428	0.44	0.3064	-1.1186	-0.2937	0.2478	-0.8632	-0.095	0.3908	0.5801	0.0286	-0.1771	0.4321	0.0611	0.3553	-8.859	-4.694	-29.305

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN L AND RESID 1:32 )	L	1 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN L AND RESID 33:61 )	L	33 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN L AND RESID 62:75 )	L	62 - 75
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN L AND RESID 76:113 )	L	76 - 113
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN L AND RESID 114:155 )	L	114 - 155
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN L AND RESID 156:188 )	L	156 - 188
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN L AND RESID 189:214 )	L	189 - 214
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN H AND RESID 1:17 )	H	1 - 17
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN H AND RESID 18:39 )	H	18 - 39
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN H AND RESID 40:52 )	H	40 - 52
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN H AND RESID 53:66 )	H	53 - 66
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN H AND RESID 67:106 )	H	67 - 106
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN H AND RESID 107:119 )	H	107 - 119
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN H AND RESID 120:134 )	H	120 - 134
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN H AND RESID 135:202 )	H	135 - 202
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN H AND RESID 203:216 )	H	203 - 216

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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