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- PDB-5jt2: BRAFV600E Kinase Domain In Complex with Chemically Linked Vemuraf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jt2
タイトルBRAFV600E Kinase Domain In Complex with Chemically Linked Vemurafenib Inhibitor VEM-BISAMIDE
要素Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / kinase / dimer / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / myeloid progenitor cell differentiation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function ...CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / myeloid progenitor cell differentiation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / negative regulation of fibroblast migration / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of axonogenesis / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / mitogen-activated protein kinase kinase binding / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / face development / MAP kinase kinase activity / synaptic vesicle exocytosis / thyroid gland development / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / MAP kinase kinase kinase activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / response to cAMP / positive regulation of stress fiber assembly / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to calcium ion / thymus development / animal organ morphogenesis / RAF activation / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / cellular response to nerve growth factor stimulus / ribosomal protein S6 kinase activity / Spry regulation of FGF signaling / histone H2AT120 kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H3S10 kinase activity / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / AMP-activated protein kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / MAP2K and MAPK activation / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / visual learning / response to peptide hormone / centriolar satellite / long-term synaptic potentiation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cellular response to xenobiotic stimulus / MAPK cascade / T cell differentiation in thymus / presynapse / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / cell body / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynapse / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / neuron projection / protein phosphorylation / ciliary basal body / cilium / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / mitochondrion / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6NC / BENZAMIDINE / Serine/threonine-protein kinase B-raf
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.702 Å
データ登録者Grasso, M.J. / Marmorstein, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA114046 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Chemically Linked Vemurafenib Inhibitors Promote an Inactive BRAF(V600E) Conformation.
著者: Grasso, M. / Estrada, M.A. / Ventocilla, C. / Samanta, M. / Maksimoska, J. / Villanueva, J. / Winkler, J.D. / Marmorstein, R.
履歴
登録2016年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22016年11月2日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02022年11月2日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
C: Serine/threonine-protein kinase B-raf
D: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8928
ポリマ－127,5184
非ポリマー2,3744
水3,135174
1
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0665
ポリマ－63,7592
非ポリマー1,3073
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Serine/threonine-protein kinase B-raf
D: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8263
ポリマ－63,7592
非ポリマー1,0671
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.102, 68.442, 275.603
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid
21chain B and segid
31chain C and segid
41chain D and segid

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segidA0
211chain B and segidB0
311chain C and segidC0
411chain D and segidD0

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要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 31879.490 Da / 分子数: 4 / 断片: Kinase domain (UNP residues 448-723)
変異: I543A, I544S, I551K, Q562R, L588N, K630S, F667E, Y673S, A688R, L706S, Q709R, S713E, L716E, S720E, P722S, K723G, V600E
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#3: 化合物 ChemComp-6NC / 2,2'-oxybis(N-{[4-(3-{2,6-difluoro-3-[(propane-1-sulfonyl)amino]benzoyl}-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl)phenyl]methyl}acetamide)


分子量: 1067.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C52H46F4N8O9S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100mM Tris pH 8.5 5% Ethanol 2% Benzamidine HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 34678 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 57.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 1.375 / Net I/av σ(I): 22.174 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 192419
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.755.80.5416900.8620.240.5920.50799.9
2.75-2.85.90.46316940.8940.2030.5070.507100
2.8-2.855.90.41317320.9250.1810.4520.563100
2.85-2.915.90.33516720.9360.1470.3670.558100
2.91-2.975.80.26917420.9540.1190.2950.646100
2.97-3.045.90.25116990.9620.110.2750.684100
3.04-3.125.70.20617240.9720.0920.2260.755100
3.12-3.25.80.17516930.9750.0780.1920.866100
3.2-3.35.70.15617280.9850.0710.1721.01999.9
3.3-3.45.70.15117300.9850.0680.1661.138100
3.4-3.525.60.14517160.9860.0660.161.26799.8
3.52-3.665.40.12117170.990.0560.1341.46499.2
3.66-3.835.50.10417520.9910.0470.1141.67799.9
3.83-4.035.50.10217190.990.0470.1132.01399.7
4.03-4.295.40.08517570.9920.0390.0942.38799.9
4.29-4.625.30.07817300.9920.0360.0862.41799.9
4.62-5.085.20.07417510.9940.0350.0822.4899.7
5.08-5.815.10.07317880.9940.0360.0822.0799.6
5.81-7.3250.06717970.9960.0330.0752.05499.4
7.32-504.80.05518470.9960.0280.0623.18695.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JSM

5jsm


解像度: 2.702→29.585 Å / FOM work R set: 0.7835 / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2729 1999 5.77 %
Rwork0.2122 32619 -
obs0.2158 34618 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.75 Å2 / Biso mean: 41.07 Å2 / Biso min: 11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.702→29.585 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7605 0 272 174 8051
Biso mean--32.9 36.11 -
残基数----993
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27810753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071359
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0472822
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4481X-RAY DIFFRACTION11.452TORSIONAL
12B4481X-RAY DIFFRACTION11.452TORSIONAL
13C4481X-RAY DIFFRACTION11.452TORSIONAL
14D4481X-RAY DIFFRACTION11.452TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7017-2.76920.30811410.24132248238999
2.7692-2.84410.34791380.25223172455100
2.8441-2.92770.34921420.249322752417100
2.9277-3.02210.32861300.225423182448100
3.0221-3.130.30591620.216323092471100
3.13-3.25520.27271350.215823282463100
3.2552-3.40310.31891380.224322872425100
3.4031-3.58220.28051380.23372306244499
3.5822-3.80620.27371430.209123362479100
3.8062-4.09940.25511440.203623262470100
4.0994-4.51070.23811500.176323292479100
4.5107-5.16040.2381410.18223502491100
5.1604-6.49020.28851450.218624132558100
6.4902-29.58650.25431520.22822477262998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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