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万見
- PDB-5jst: MBP fused MDV1 coiled coil -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jst
タイトルMBP fused MDV1 coiled coil
要素Maltose-binding periplasmic protein,Mitochondrial division protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / MBP / Coiled-coil / SER
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / mitochondrial outer membrane / periplasmic space / DNA damage response / membrane
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial division protein 1 / Mitochondrial division protein 1 / : / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site ...Mitochondrial division protein 1 / Mitochondrial division protein 1 / : / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / ACETATE ION / Mitochondrial division protein 1 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Kim, B.-W. / Song, H.K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: ACCORD: an assessment tool to determine the orientation of homodimeric coiled-coils.
著者: Kim, B.W. / Jung, Y.O. / Kim, M.K. / Kwon, D.H. / Park, S.H. / Kim, J.H. / Kuk, Y.B. / Oh, S.J. / Kim, L. / Kim, B.H. / Yang, W.S. / Song, H.K.
履歴
登録2016年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein,Mitochondrial division protein 1
B: Maltose-binding periplasmic protein,Mitochondrial division protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,61010
ポリマ－97,5382
非ポリマー1,0728
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.515, 102.942, 79.267
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.510, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A
211chain B

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要素

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein,Mitochondrial division protein 1 / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Mitochondria fission 2 protein


分子量: 48769.055 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 27-392,UNP RESIDUES 230-300 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of MBP and MDV1 (Mitochondrial division protein 1)
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: K12, YJM789
遺伝子: malE, b4034, JW3994, MDV1, FIS2, GAG3, NET2, SCY_3176
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: A6ZQL5
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.3~1.7 M Sodium formate, 25% PEG 3350, 0.1 M CaCl2, 0.1 M Sodium acetate/Acetic acid, pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.2553 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2553 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.199→50 Å / Num. obs: 50774 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 2.277 / Net I/av σ(I): 35.927 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 205521
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.244.10.69725360.6960.3930.8011.438100
2.24-2.284.10.61925320.7580.3480.7111.449100
2.28-2.324.10.51725740.830.290.5941.495100
2.32-2.374.10.42925540.8650.2420.4941.517100
2.37-2.424.10.35925700.90.2010.4121.578100
2.42-2.484.10.31725360.920.1780.3641.575100
2.48-2.544.20.26225200.9380.1460.3011.663100
2.54-2.614.10.21725500.9610.1220.251.706100
2.61-2.694.10.17625490.9720.0980.2021.801100
2.69-2.774.10.13825660.9830.0770.1581.835100
2.77-2.874.10.12225390.9850.0690.1411.997100
2.87-2.994.10.125640.9890.0560.1152.235100
2.99-3.124.10.08825540.9920.0490.1012.49100
3.12-3.294.10.07525690.9930.0420.0863.007100
3.29-3.493.90.06825470.9920.0390.0783.382100
3.49-3.763.80.05825700.9950.0340.0683.80199.8
3.76-4.143.80.05425750.9950.0320.0623.97299.7
4.14-4.743.80.04525190.9960.0270.0533.51398.2
4.74-5.9740.0425590.9970.0220.0462.95699.3
5.97-503.80.03622910.9970.0210.0412.74687.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DM0, 2XU6

3dm0

2xu6


解像度: 2.199→36.846 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2736 2011 3.96 %
Rwork0.2249 48755 -
obs0.2268 50766 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126.05 Å2 / Biso mean: 60.8294 Å2 / Biso min: 31.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.199→36.846 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6529 0 86 221 6836
Biso mean--66.67 55.26 -
残基数----860
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076737
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8799169
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551041
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4874011
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3484X-RAY DIFFRACTION7.342TORSIONAL
12B3484X-RAY DIFFRACTION7.342TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1989-2.25390.39611430.333440358399
2.2539-2.31480.33841500.302234943644100
2.3148-2.38290.36341440.291435053649100
2.3829-2.45980.35821370.288134913628100
2.4598-2.54770.34781440.286235183662100
2.5477-2.64970.33161400.282535213661100
2.6497-2.77020.29291390.275834933632100
2.7702-2.91620.31921440.280635053649100
2.9162-3.09880.34671460.284435073653100
3.0988-3.3380.31691540.262135093663100
3.338-3.67360.28631420.230935063648100
3.6736-4.20450.24651460.197235083654100
4.2045-5.29470.22791460.17063480362698
5.2947-36.85070.21171360.18043278341491

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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