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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jsp | ||||||
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タイトル | New Mechanistic Insight from Substrate and Product Bound Structures of the Metal-dependent Dimethylsulfoniopropionate Lyase DddQ | ||||||
要素 | Dimethlysulfonioproprionate lyase DddQ | ||||||
キーワード | LYASE / dimethylsulfoniopropionate / cupin / metalloenzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dimethylpropiothetin dethiomethylase / dimethylpropiothetin dethiomethylase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ruegeria lacuscaerulensis | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Brummett, A.E. / Dey, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016 タイトル: New Mechanistic Insight from Substrate- and Product-Bound Structures of the Metal-Dependent Dimethylsulfoniopropionate Lyase DddQ. 著者: Brummett, A.E. / Dey, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jsp.cif.gz | 95.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jsp.ent.gz | 70.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jsp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5jsp_validation.pdf.gz | 453.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5jsp_full_validation.pdf.gz | 454.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5jsp_validation.xml.gz | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5jsp_validation.cif.gz | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/5jsp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/5jsp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 22395.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ruegeria lacuscaerulensis (strain DSM 11314 / KCTC 2953 / ITI-1157) (バクテリア) 株: DSM 11314 / KCTC 2953 / ITI-1157 / 遺伝子: dddQ, SL1157_0332 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: D0CY60, dimethylpropiothetin dethiomethylase |
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-非ポリマー , 6種, 307分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.82 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 0.2 M NaBr, 21% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979332 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月20日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979332 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→38.769 Å / Num. all: 20992 / Num. obs: 20992 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 16.94 Å2 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.096 / Rsym value: 0.082 / Net I/av σ(I): 8.47 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 150584 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4LA2 解像度: 2.2→38.769 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.53 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 52.27 Å2 / Biso mean: 16.1374 Å2 / Biso min: 4.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→38.769 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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