PDB-5js3: Thermolysin in complex with JC114.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5js3

タイトル

Thermolysin in complex with JC114.

要素

Thermolysin

キーワード

HYDROLASE / METALLOPROTEASE / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.16 Å

データ登録者

Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016
タイトル: Rational Design of Thermodynamic and Kinetic Binding Profiles by Optimizing Surface Water Networks Coating Protein-Bound Ligands.
著者: Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Betz, M. / Fridh, V. / Karlsson, R. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5js3.cif.gz	207.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5js3.ent.gz	166.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5js3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5js3_validation.pdf.gz	904.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5js3_full_validation.pdf.gz	904.8 KB	表示
XML形式データ	5js3_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	5js3_validation.cif.gz	28.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/5js3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/5js3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jssC 5jt9C 5jviC 5jxnC 5l3uC 5l41C 5l8pC 8tlnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5onr-d 5m9w-d 3t8d-d 5n34-d 5mnr-d 6sbk-d 5dpf-d 5jss-d 3qh1-d 5ma7-d 4n66-d 4mxj-d 6d5t-d 5fxn-d 1kei-d 5taj-d 5m5f-d 5wr2-d 5tae-d 1fjw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: Thermolysin

ヘテロ分子

35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.616, 92.616, 131.463
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-794- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質	Thermolysin / Thermostable neutral proteinase 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, thermolysin

-
非ポリマー , 6種, 439分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-6MG / N~2~-[(R)-({[(benzyloxy)carbonyl]amino}methyl)(hydroxy)phosphoryl]-N-[(2S)-2,3,3-trimethylbutyl]-L-leucinamide 分子量: 455.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₈N₃O₅P
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.81 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 50 MM TRIS/HCL, 1.9 M CSCL, 50% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月7日
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.16→50 Å / Num. obs: 114612 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 16.08 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 26.54
反射シェル	解像度: 1.16→1.23 Å / 冗長度: 15.38 % / R_merge(I) obs: 0.447 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8TLN

8tln

解像度: 1.16→40.104 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 8.69

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1236	5731	5 %
R_work	0.1032	-	-
obs	0.1042	114611	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.16→40.104 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2419	0	60	428	2907

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2618
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.19	3579
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.505	917
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.238	378
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	470

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1586-1.1717	0.1493	180	0.116	3430	X-RAY DIFFRACTION	96
1.1717-1.1855	0.1168	187	0.1101	3547	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1855-1.2	0.1453	187	0.1051	3553	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2-1.2152	0.13	187	0.1072	3542	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2152-1.2312	0.1303	187	0.1038	3570	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2312-1.248	0.1351	189	0.1024	3581	X-RAY DIFFRACTION	99
1.248-1.2659	0.1207	188	0.0999	3567	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2659-1.2848	0.133	188	0.0969	3576	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2848-1.3048	0.1242	189	0.0931	3591	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3048-1.3262	0.1149	188	0.0921	3568	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3262-1.3491	0.1093	189	0.0908	3593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3491-1.3736	0.1155	189	0.0876	3594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3736-1.4001	0.1143	190	0.0884	3605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4001-1.4286	0.112	190	0.0852	3613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4286-1.4597	0.1012	189	0.0829	3600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4597-1.4937	0.1144	191	0.0822	3626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4937-1.531	0.1146	190	0.084	3601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.531-1.5724	0.1131	191	0.0822	3629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5724-1.6187	0.122	190	0.0844	3612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6187-1.6709	0.1102	192	0.0871	3652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6709-1.7307	0.1127	192	0.0905	3643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7307-1.7999	0.1181	191	0.0934	3637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7999-1.8819	0.1078	193	0.0951	3666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8819-1.9811	0.1134	193	0.0971	3668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9811-2.1052	0.1072	194	0.1003	3684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1052-2.2677	0.1073	194	0.1001	3686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2677-2.4959	0.121	196	0.1041	3721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4959-2.857	0.1249	196	0.1083	3722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.857-3.5991	0.1388	200	0.1158	3797	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5991-40.1279	0.1496	211	0.1339	4006	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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