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万見
- PDB-5jrm: Crystal Structure of a Xylanase at 1.56 Angstroem resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jrm
タイトルCrystal Structure of a Xylanase at 1.56 Angstroem resolution
要素Endo-1,4-beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / Xylanase / GH11
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Fusarium oxysporum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Gomez, S. / Payne, A.M. / Savko, M. / Fox, G.C. / Shepard, W.E. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C.
資金援助 スペイン, 5件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessPET2008_0101 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2009-11184 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2010-22260-C02-02 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessCTQ2015-66206-C2-2-R スペイン
European UnionComplexINC No. 279039 スペイン
引用ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2016
タイトル: Structural and functional characterization of a highly stable endo-beta-1,4-xylanase from Fusarium oxysporum and its development as an efficient immobilized biocatalyst.
著者: Gomez, S. / Payne, A.M. / Savko, M. / Fox, G.C. / Shepard, W.E. / Fernandez, F.J. / Cristina Vega, M.
履歴
登録2016年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6255
ポリマ－21,2451
非ポリマー3804
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area580 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area8480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.233, 35.886, 48.343
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-431-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase


分子量: 21245.049 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 42-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium oxysporum (菌類) / 遺伝子: FOTG_15646 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: X0M5X0, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5 and various ammonium sulfate concentrations

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月9日
詳細: Cryogenically cooled channel cut Si[111] crystal monochromator, a convex prefocussing mirror and a Kirkpatrick-Baez pair of focussing mirrors
放射モノクロメーター: Cryogenically cooled channel cut Si[111] crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→35.08 Å / Num. obs: 26596 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 16.52 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 13.91
反射 シェル解像度: 1.56→1.616 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.901 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSMarch 1, 2015データ削減
Aimless0.5.15データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HKL

4hkl


解像度: 1.56→33.965 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.65
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1338 5.03 %0
Rwork0.1871 ---
obs0.1895 26594 99.02 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→33.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1468 0 21 166 1655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1322204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.581564
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004290
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.56-1.61580.33831150.33852444X-RAY DIFFRACTION97
1.6158-1.68050.37191330.29982448X-RAY DIFFRACTION99
1.6805-1.75690.28611170.2662496X-RAY DIFFRACTION99
1.7569-1.84960.27091470.24082457X-RAY DIFFRACTION99
1.8496-1.96540.27011460.22212504X-RAY DIFFRACTION99
1.9654-2.11720.24421420.18862495X-RAY DIFFRACTION99
2.1172-2.33020.21571260.18172543X-RAY DIFFRACTION100
2.3302-2.66720.24021280.18462558X-RAY DIFFRACTION100
2.6672-3.360.20181370.16042594X-RAY DIFFRACTION100
3.36-33.97340.2011470.14482717X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.38725.75935.595.6573.28764.24430.06121.5424-0.6984-1.0101-0.0093-0.71560.19730.4451-0.26340.2498-0.0257-0.01330.5314-0.13240.4885-5.6610.6135-25.6862
24.92470.42173.46592.533-0.14813.01220.02020.318-0.2315-0.1953-0.024-0.1342-0.09950.20090.03520.12560.01640.05930.22280.00680.1221-10.86145.6933-25.7705
38.44180.99626.57211.94941.53476.4567-0.1560.2420.1702-0.30740.0361-0.1077-0.25370.07550.13060.0757-0.00720.0290.12140.02240.093-13.55918.5309-22.0055
43.9529-1.79841.4034.2978-0.38071.4402-0.0254-0.0169-0.17130.2138-0.0289-0.2014-0.03840.01990.05370.0773-0.01980.01180.10230.02350.0947-13.79683.0817-12.5653
53.9005-1.95891.33727.35-0.67341.80940.1143-0.0239-0.42680.1023-0.02640.21730.05730.0209-0.02290.0814-0.0190.02140.1075-0.00480.1302-17.8444-3.0042-12.305
60.83370.62780.08172.15351.42931.60640.1922-0.06140.0490.7785-0.1060.44030.0349-0.06620.05090.2722-0.0240.07040.1750.01230.0888-26.4346-1.8541-7.3984
70.82521.01030.85274.07960.51262.49450.47030.0978-0.0199-0.816-0.069-0.5547-0.6184-0.1344-0.11630.24260.00410.1070.126-0.01020.1506-19.2406-10.0527-16.1429
82.11171.01920.48615.76281.36371.73280.0841-0.14420.07380.3718-0.15690.2967-0.1329-0.11510.07740.1235-0.00850.03280.1328-0.01910.0889-21.97440.6685-8.4155
93.94711.2417-0.47520.7418-0.84292.07240.3921-0.4943-0.3430.8451-0.3216-0.29510.0586-0.05760.00610.2787-0.0378-0.09260.16010.0510.1814-15.081-4.192-1.2732
101.88350.63250.88821.644-0.06851.39170.01730.0707-0.35050.00530.0246-0.2888-0.00430.0279-0.01920.09440.0071-0.0030.1156-0.01450.1793-15.256-1.3777-16.4081
113.24080.8240.42263.1833.01733.0108-0.5401-0.76190.32790.24070.0846-0.3462-0.4189-0.33290.50320.1914-0.0389-0.00460.18490.01230.1653-11.739212.2481-13.7138
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 12 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 13 through 29 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 30 through 51 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 52 through 80 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 81 through 93 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 94 through 112 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 113 through 133 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 134 through 147 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 148 through 162 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 163 through 181 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 182 through 190 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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