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- PDB-5jqb: Crystal structure of Ebola glycoprotein in complex with ibuprofen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jqb
タイトルCrystal structure of Ebola glycoprotein in complex with ibuprofen
要素(Envelope glycoprotein ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / Ebola virus / Filoviridae / envelope glycoprotein / protein inhibitor complex / ibuprofen / toremifene
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...symbiont-mediated killing of host cell / host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2
類似検索 - ドメイン・相同性
IBUPROFEN / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Ebola virus - Mayinga (エボラウイルス)
Zaire (エボラウイルス)
1976
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Zhao, Y. / Ren, J. / Stuart, D.I.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Toremifene interacts with and destabilizes the Ebola virus glycoprotein.
著者: Zhao, Y. / Ren, J. / Harlos, K. / Jones, D.M. / Zeltina, A. / Bowden, T.A. / Padilla-Parra, S. / Fry, E.E. / Stuart, D.I.
履歴
登録2016年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月13日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein 1,Envelope glycoprotein 1,Envelope glycoprotein 1
B: Envelope glycoprotein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,43013
ポリマ－55,2922
非ポリマー2,13811
水1,31573
1
A: Envelope glycoprotein 1,Envelope glycoprotein 1,Envelope glycoprotein 1
B: Envelope glycoprotein 2
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein 1,Envelope glycoprotein 1,Envelope glycoprotein 1
B: Envelope glycoprotein 2
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein 1,Envelope glycoprotein 1,Envelope glycoprotein 1
B: Envelope glycoprotein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,29139
ポリマ－165,8766
非ポリマー6,41433
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area41170 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area52230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.760, 113.760, 306.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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Envelope glycoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein 1,Envelope glycoprotein 1,Envelope glycoprotein 1 / GP1 / 2 / GP


分子量: 36302.719 Da / 分子数: 1 / 変異: T42A,T42A,T42A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05320
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein 2 / GP1 / 2 / GP


分子量: 18989.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
遺伝子: GP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05320

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糖 , 2種, 5分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 79分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-IBP / IBUPROFEN / 2-(4-ISOBUTYLPHENYL)PROPIONIC ACID / (S)-イブプロフェン


分子量: 206.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18O2 / コメント: 抗炎症剤, 薬剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 9% (w/v) PEG 6000 and 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→82.84 Å / Num. obs: 21842 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.68→2.75 Å / 冗長度: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JQ3

5jq3


解像度: 2.68→82.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 20.159 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.35 / ESU R Free: 0.253 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1107 5.1 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.201 20734 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 73.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20.37 Å20 Å2
2--0.73 Å20 Å2
3----2.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→82.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3025 0 140 73 3238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193243
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022985
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2411.9864413
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87136864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4685382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.62824.167144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.75815479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8941517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2507
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02742
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5225.4241546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5225.421545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7798.11922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7788.1061923
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7095.8151697
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7095.8171698
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0148.6772492
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.97243.6193405
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.97143.6313406
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.75 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 92 -
Rwork0.322 1494 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5753-0.0986-0.29831.16930.23251.4473-0.0165-0.0291-0.06350.0022-0.0632-0.02770.17380.02120.07980.2114-0.0190.0260.1390.00920.0689-55.166613.0864-19.4579
20.7346-0.208-1.21712.55751.18343.1213-0.17620.0727-0.2017-0.3142-0.0153-0.10470.66570.15780.19140.53040.06710.08390.1698-0.06570.132-46.9915-4.9999-38.6791
30.10210.09510.23930.84250.3740.71120.0111-0.01860.0090.1573-0.0862-0.03060.1723-0.09190.07510.21550.00760.03130.17260.03140.0794-51.938218.08-8.2731
40.2541-0.08770.00141.0813-0.35620.1210.1474-0.03770.0843-0.0151-0.12780.02350.00520.0481-0.01960.55410.0680.00740.30560.03430.0495-50.153631.050536.5147
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A32 - 194
2X-RAY DIFFRACTION2A211 - 477
3X-RAY DIFFRACTION3B502 - 610
4X-RAY DIFFRACTION4B611 - 632

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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