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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jod | |||||||||
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タイトル | Structure of proplasmepsin IV from Plasmodium falciparum | |||||||||
要素 | Proplasmepsin IV | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / malaria | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.528 Å | |||||||||
データ登録者 | Recacha, R. / Akopjana, I. / Tars, K. / Jaudzems, K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016 タイトル: Crystal structure of Plasmodium falciparum proplasmepsin IV: the plasticity of proplasmepsins. 著者: Recacha, R. / Jaudzems, K. / Akopjana, I. / Jirgensons, A. / Tars, K. #1: ジャーナル: Nat. Struct. Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of the novel aspartic proteinase zymogen proplasmepsin II from plasmodium falciparum. 著者: Bernstein, N.K. / Cherney, M.M. / Loetscher, H. / Ridley, R.G. / James, M.N. #2: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2003 タイトル: Structural insights into the activation of P. vivax plasmepsin. 著者: Bernstein, N.K. / Cherney, M.M. / Yowell, C.A. / Dame, J.B. / James, M.N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jod.cif.gz | 321.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jod.ent.gz | 261.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jod.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5jod_validation.pdf.gz | 451.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5jod_full_validation.pdf.gz | 458.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5jod_validation.xml.gz | 35.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5jod_validation.cif.gz | 53.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/5jod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/5jod | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42372.699 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 75-449 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: PFBG_05102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W7FF86 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 100 mM sodium citrate, 25% (w/v) PEG 3350 200 mM ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: -h,-k,h+l / Fraction: 0.04 |
反射 | 解像度: 1.53→48.41 Å / Num. obs: 129149 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/av σ(I): 7.5 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.53→1.55 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.609 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 95.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1PFZ 解像度: 1.528→36.679 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.91 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.528→36.679 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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