PDB-5jod: Structure of proplasmepsin IV from Plasmodium falciparum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jod

タイトル

Structure of proplasmepsin IV from Plasmodium falciparum

要素

Proplasmepsin IV

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

malaria (マラリア)

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartic-type endopeptidase activity /

タンパク質分解 /

生体膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.528 Å

データ登録者

Recacha, R. / Akopjana, I. / Tars, K. / Jaudzems, K.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of Plasmodium falciparum proplasmepsin IV: the plasticity of proplasmepsins.
著者: Recacha, R. / Jaudzems, K. / Akopjana, I. / Jirgensons, A. / Tars, K.

履歴

登録	2016年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
置き換え	2016年8月17日	ID: 4y7h
改定 1.0	2016年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月14日	Group: Database references
改定 1.2	2016年9月28日	Group: Database references
改定 1.3	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jod.cif.gz	321.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jod.ent.gz	261.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jod.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/5jod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/5jod	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5bwyC 1pfzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1miq-d 1g82-3 2rin-d 1pfz-5 3fjo-d 2vcp-d 2akc-d 5m3x-d 3sua-2 2a96-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Proplasmepsin IV

B: Proplasmepsin IV

ヘテロ分子

85.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Proplasmepsin IV

ヘテロ分子

A: Proplasmepsin IV

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
85.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Proplasmepsin IV

ヘテロ分子

B: Proplasmepsin IV

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.909, 62.780, 94.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Proplasmepsin IV 分子量: 42372.699 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 75-449 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: PFBG_05102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W7FF86
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 100 mM sodium citrate, 25% (w/v) PEG 3350 200 mM ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: -h,-k,h+l / Fraction: 0.04
反射	解像度: 1.53→48.41 Å / Num. obs: 129149 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/av σ(I): 7.5 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 1.53→1.55 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.609 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 95.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless	0.3.11	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
iMOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PFZ

1pfz

解像度: 1.528→36.679 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2087	6475	5.02 %
R_work	0.1787	-	-
obs	0.1802	129074	96.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.528→36.679 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5980	0	54	689	6723

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6200
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.07	8387
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.707	2244
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	910
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1068

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.528-1.5454	0.3957	216	0.3722	3960	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5454-1.5635	0.3538	219	0.3503	4065	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5635-1.5826	0.3378	221	0.3334	4050	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5826-1.6026	0.3432	206	0.3187	4102	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6026-1.6237	0.2965	196	0.3024	4155	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6237-1.646	0.3178	227	0.2812	4037	X-RAY DIFFRACTION	97
1.646-1.6695	0.3067	215	0.2786	4097	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6695-1.6944	0.2879	236	0.2644	4101	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6944-1.7209	0.2917	210	0.2506	4068	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7209-1.7491	0.2705	197	0.2393	4133	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7491-1.7793	0.2499	225	0.2326	4049	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7793-1.8116	0.247	230	0.2191	4127	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8116-1.8465	0.2359	224	0.2052	4117	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8465-1.8841	0.2286	218	0.1957	4092	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8841-1.9251	0.2437	213	0.1951	4076	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9251-1.9699	0.22	240	0.184	4064	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9699-2.0192	0.1816	231	0.171	4133	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0192-2.0737	0.2204	220	0.1821	4071	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0737-2.1348	0.1968	248	0.17	4092	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1348-2.2037	0.1972	219	0.1639	4107	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2037-2.2824	0.1781	218	0.1667	4095	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2824-2.3738	0.198	202	0.1625	4127	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3738-2.4818	0.2021	212	0.1668	4127	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4818-2.6126	0.2063	212	0.1731	4118	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6126-2.7762	0.1801	195	0.1707	4119	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7762-2.9905	0.201	198	0.1707	4111	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9905-3.2913	0.2197	197	0.163	4126	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2913-3.7671	0.1806	227	0.146	4093	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7671-4.7445	0.1503	204	0.1276	4041	X-RAY DIFFRACTION	94
4.7445-36.6892	0.1867	199	0.1602	3946	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7176	-0.0028	-0.4162	1.3471	-0.0654	0.8	-0.0286	0.1297	-0.0307	-0.1282	-0.0029	0.0476	0.0049	-0.0576	0.0274	0.1197	0.0031	-0.0412	0.1994	-0.0149	0.134	60.4164	-8.7172	11.6585
2	0.7059	0.3744	0.0972	0.5399	0.2446	0.6207	0.0456	0.0244	0.0692	-0.0438	-0.0315	0.0291	-0.0477	-0.0069	-0.0179	0.136	0.0241	-0.0203	0.1565	0.0152	0.207	88.2049	-16.2994	36.4994

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 1:328)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resseq 1:328)

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関連情報:EMDBヘッダ

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