+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jod | |||||||||
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Title | Structure of proplasmepsin IV from Plasmodium falciparum | |||||||||
Components | Proplasmepsin IV | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / malaria | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.528 Å | |||||||||
Authors | Recacha, R. / Akopjana, I. / Tars, K. / Jaudzems, K. | |||||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2016 Title: Crystal structure of Plasmodium falciparum proplasmepsin IV: the plasticity of proplasmepsins. Authors: Recacha, R. / Jaudzems, K. / Akopjana, I. / Jirgensons, A. / Tars, K. #1: Journal: Nat. Struct. Biol. / Year: 1999 Title: Crystal structure of the novel aspartic proteinase zymogen proplasmepsin II from plasmodium falciparum. Authors: Bernstein, N.K. / Cherney, M.M. / Loetscher, H. / Ridley, R.G. / James, M.N. #2: Journal: J. Mol. Biol. / Year: 2003 Title: Structural insights into the activation of P. vivax plasmepsin. Authors: Bernstein, N.K. / Cherney, M.M. / Yowell, C.A. / Dame, J.B. / James, M.N. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5jod.cif.gz | 321.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5jod.ent.gz | 261.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5jod.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5jod_validation.pdf.gz | 451.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5jod_full_validation.pdf.gz | 458.4 KB | Display | |
Data in XML | 5jod_validation.xml.gz | 35.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5jod_validation.cif.gz | 53.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/5jod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/5jod | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5bwyC 1pfzS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42372.699 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 75-449 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Gene: PFBG_05102 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: W7FF86 #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.7 Details: 100 mM sodium citrate, 25% (w/v) PEG 3350 200 mM ammonium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I911-3 / Wavelength: 0.97 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: May 24, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: -h,-k,h+l / Fraction: 0.04 |
Reflection | Resolution: 1.53→48.41 Å / Num. obs: 129149 / % possible obs: 96.3 % / Redundancy: 2.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/av σ(I): 7.5 / Net I/σ(I): 7.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.53→1.55 Å / Redundancy: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.609 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 95.1 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1PFZ Resolution: 1.528→36.679 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.91 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.528→36.679 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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