PDB-5jn8: Crystal Structure for the complex of human carbonic anhydrase IV ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jn8

タイトル

Crystal Structure for the complex of human carbonic anhydrase IV and acetazolamide

要素

Carbonic anhydrase 4

キーワード

lyase/lyase inhibitor / Carbonic anhydrase / Lyase / Inhibitor binding / lyase-lyase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

bicarbonate transport / transport vesicle membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / rough endoplasmic reticulum / secretory granule membrane / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / trans-Golgi network / brush border membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Chen, Z. / Waheed, A. / Di Cera, E. / Sly, W.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Eur. Biophys. J. / 年: 2018
タイトル: Intrinsic thermodynamics of high affinity inhibitor binding to recombinant human carbonic anhydrase IV.
著者: Mickeviciute, A. / Timm, D.D. / Gedgaudas, M. / Linkuviene, V. / Chen, Z. / Waheed, A. / Michailoviene, V. / Zubriene, A. / Smirnov, A. / Capkauskaite, E. / Baranauskiene, L. / Jachno, J. / ...

履歴

登録	2016年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.classification
改定 1.2	2019年2月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jn8.cif.gz	473.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jn8.ent.gz	390.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jn8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5jn8_validation.pdf.gz	507.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jn8_full_validation.pdf.gz	518.3 KB	表示
XML形式データ	5jn8_validation.xml.gz	50.4 KB	表示
CIF形式データ	5jn8_validation.cif.gz	72.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/5jn8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/5jn8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ipzC 5jn9C 5jnaC 5jncC 5ku6C 1zncS 5jnd PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ku6-1 6imp-1 3gjb-2 5ku6-2 2xbx-d 5jna-1 3fdk-d 5ipz-4 6imp-2 5y7f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 4

B: Carbonic anhydrase 4

C: Carbonic anhydrase 4

D: Carbonic anhydrase 4

ヘテロ分子

125 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Carbonic anhydrase 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Carbonic anhydrase 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Carbonic anhydrase 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Carbonic anhydrase 4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.933, 123.471, 151.237
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 4 / Carbonate dehydratase IV / Carbonic anhydrase IV / CA-IV 分子量: 30364.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA4 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P22748, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 6種, 992分子

#2: 化合物	ChemComp-AZM / 5-ACETAMIDO-1,3,4-THIADIAZOLE-2-SULFONAMIDE / アセタゾラミド分子量: 222.245 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆N₄O₃S₂ / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 962 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 100 mM Na acetate, 200 mM AmSO4 and 21% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年3月2日
放射	モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→95.64 Å / Num. obs: 102801 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): -0.5 / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 1ZNC

1znc

解像度: 1.85→95.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 7.497 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22805	5127	5 %	RANDOM
R_work	0.18473	-	-	-
obs	0.18688	97258	98.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.215 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→95.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8360	0	166	962	9488

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	8738
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.354	1.972	11810
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.252	5	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.574	24.889	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.238	15	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.962	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	6519
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.376	1.5	5214
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.724	2	8419
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.408	3	3524
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.368	4.5	3387
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	373	-
R_work	0.302	6892	-
obs	-	-	95.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.943	-0.8516	-0.5275	4.1525	1.267	5.4223	0.0151	-0.0248	-0.4639	0.2114	0.1335	-0.2008	0.4257	0.2417	-0.1487	0.1431	0.005	-0.0132	0.1573	0.0181	0.1879	38.7682	-6.8981	16.8039
2	4.6846	-1.3837	-0.6189	2.6141	0.6244	2.3302	-0.067	-0.6212	-0.1321	0.3522	0.0969	0.2686	-0.0117	-0.0785	-0.03	0.1849	-0.0437	0.0371	0.1201	0.0272	0.1017	22.7725	6.4967	26.9206
3	2.5062	-1.9955	-1.1792	3.4198	1.6477	1.4541	0.004	-0.0282	0.4136	-0.1188	0.0859	-0.2067	-0.2837	0.1279	-0.0898	0.1485	-0.0398	-0.0442	0.1831	0.0077	0.1344	32.7995	21.4055	12.333
4	1.6596	-0.6736	-0.1046	5.2231	2.9272	3.3832	-0.0506	-0.0703	0.1773	0.039	0.1345	-0.2668	-0.105	0.2337	-0.0839	0.0832	-0.0269	-0.0188	0.0831	0.0366	0.0597	32.2996	17.155	15.6415
5	6.9395	3.2483	-4.4219	2.5306	-0.3488	6.1078	-0.299	0.6356	0.119	-0.1299	0.2503	0.1911	0.5471	-0.4262	0.0487	0.3211	0.04	-0.0909	0.0785	-0.0031	0.1279	19.5618	3.8023	13.6809
6	3.2344	2.2303	1.4675	6.1543	4.0625	5.1602	0.067	-0.2066	0.0423	0.3545	-0.0052	-0.1352	0.055	0.0711	-0.0618	0.0795	0.0068	0.0171	0.0656	0.0312	0.0696	30.0275	15.9503	20.8814
7	5.1537	0.3037	0.9088	1.7773	0.3175	1.5299	0.0722	0.1667	0.353	-0.1684	-0.0806	-0.0481	-0.1696	0.1557	0.0084	0.1864	-0.0194	0.0219	0.1522	0.0037	0.0688	34.489	13.3086	-0.3586
8	5.2691	1.3505	-4.9616	1.6265	-1.9746	8.6251	0.0989	0.6974	0.3663	-0.258	0.1058	0.3737	-0.491	-0.828	-0.2048	0.2183	0.0222	-0.0336	0.1395	-0.0116	0.1985	21.2956	22.2259	12.052
9	1.1641	-0.7441	-0.9531	1.5582	0.9257	3.5773	0.0231	0.0408	-0.0352	-0.0141	-0.0254	0.0042	0.0566	0.1139	0.0023	0.0426	-0.0394	-0.0099	0.0587	0.0113	0.0872	31.3325	6.317	10.4901
10	2.2611	-3.9041	-1.7856	8.1285	1.7804	5.339	-0.2856	-0.2617	-0.404	0.5289	0.1611	0.8673	0.3146	-0.0582	0.1245	0.0657	-0.0157	0.0336	0.1999	0.026	0.1304	20.9917	6.3392	25.9297
11	0.9558	-0.2257	3.5716	6.3034	2.9693	15.798	-0.2442	0.2049	0.1367	0.0941	0.3624	-0.9412	-0.9877	1.1245	-0.1182	0.1454	-0.0944	0.0082	0.2437	-0.054	0.2396	35.6553	5.6478	-21.2567
12	2.7016	1.5637	-0.7839	3.8192	-0.9001	2.6485	-0.1246	0.459	0.0181	-0.2719	0.1298	0.1244	0.1259	-0.0999	-0.0053	0.1153	0.0207	-0.0484	0.0958	-0.0209	0.0817	23.6902	-5.2979	-30.73
13	6.5181	-2.0354	2.2551	5.4114	-0.7726	3.1563	0.1004	0.1907	-0.6785	-0.1277	0.0194	0.3536	0.3205	0.0853	-0.1197	0.2123	-0.0193	0.0619	0.1213	-0.0101	0.1659	21.0312	-25.924	-20.7255
14	1.441	1.6817	0.9873	4.0156	2.1509	1.1779	-0.0619	0.1501	-0.3606	0.0459	0.2372	-0.3279	0.0545	0.1751	-0.1753	0.2373	0.0625	0.025	0.1652	0.0281	0.2027	35.8721	-19.7668	-18.2746
15	1.3527	0.9107	1.2299	1.9276	0.1066	1.5373	0.016	-0.0746	-0.0016	0.123	0.0193	0.0729	0.0112	-0.088	-0.0354	0.1429	0.0322	0.0089	0.0652	0.0166	0.0678	25.8729	-11.4397	-17.4456
16	2.3742	-0.1619	0.2484	3.4039	2.0372	5.1228	0.0398	0.0198	-0.0687	-0.0862	-0.022	0.0879	0.1047	-0.0632	-0.0179	0.0917	-0.0054	-0.0367	0.0012	0.0009	0.2226	26.6663	-17.7674	-18.2056
17	3.0753	0.8468	2.4342	1.8047	-0.0485	4.0219	0.1776	-0.3015	-0.2755	0.2248	-0.1104	-0.0087	0.345	-0.0575	-0.0672	0.1482	0.0553	0.0157	0.1	-0.0075	0.1507	30.4074	-16.4071	-13.5845
18	2.0106	2.0761	2.5311	2.7613	0.9394	7.8386	0.1286	-0.429	0.0808	0.0881	-0.3394	0.0692	0.4507	-0.8489	0.2108	0.1458	0.0042	0.0109	0.1366	-0.0377	0.158	22.7406	-13.9251	-14.5777
19	4.6947	1.2698	0.0804	1.9544	-0.7303	3.6055	-0.0296	-0.056	-0.003	-0.0165	-0.0201	-0.1171	0.0621	0.1594	0.0496	0.0915	0.026	-0.0269	0.0522	-0.0187	0.0499	36.0531	-2.9918	-7.2779
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39	2.404	-0.787	1.3799	1.2605	-0.486	5.5418	0.0262	0.136	-0.0833	-0.0344	-0.0821	0.0617	-0.2201	-0.0678	0.0559	0.0483	-0.0302	-0.0117	0.068	0.024	0.0894	3.1012	-9.6038	19.6406
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	16 - 41
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	42 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	70 - 101
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	102 - 112
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	113 - 149
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	150 - 178
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	179 - 193
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	194 - 244
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	245 - 259
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	4 - 15
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	16 - 35
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	36 - 55
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	56 - 86
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	87 - 125
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	126 - 156
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	157 - 204
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	205 - 222
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	223 - 233
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	236 - 259
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	4 - 15
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	16 - 46
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	47 - 102
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	103 - 130
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	131 - 140
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	141 - 161
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	162 - 188
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	189 - 192
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	193 - 233
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	236 - 259
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	4 - 15
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	16 - 41
33	X-RAY DIFFRACTION	33	D	42 - 68
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	D	155 - 178
38	X-RAY DIFFRACTION	38	D	179 - 192
39	X-RAY DIFFRACTION	39	D	193 - 220
40	X-RAY DIFFRACTION	40	D	221 - 259

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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