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- PDB-5jh0: Crystal structure of the mitochondrial DNA packaging protein Abf2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jh0
タイトルCrystal structure of the mitochondrial DNA packaging protein Abf2p in complex with DNA at 2.18 Angstrom resolution
要素
  • ARS-binding factor 2, mitochondrial
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*T)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA packaging
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial chromosome packaging / mitochondrial chromosome / mitochondrion inheritance / mitochondrial genome maintenance / DNA binding, bending / mitochondrial nucleoid / mitochondrion / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / ARS-binding factor 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Chakraborty, A. / Lyonnais, S. / Sola, M.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2015-70645-R スペイン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: DNA structure directs positioning of the mitochondrial genome packaging protein Abf2p.
著者: Chakraborty, A. / Lyonnais, S. / Battistini, F. / Hospital, A. / Medici, G. / Prohens, R. / Orozco, M. / Vilardell, J. / Sola, M.
履歴
登録2016年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARS-binding factor 2, mitochondrial
B: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*AP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*T)-3')
D: ARS-binding factor 2, mitochondrial
E: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*AP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9586
ポリマ－65,9586
非ポリマー00
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14830 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area29910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.490, 113.410, 67.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ARS-binding factor 2, mitochondrial


分子量: 19486.270 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-183 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Yeast mitochondrial DNA packaging protein
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: ABF2, HIM1, YMR072W, YM9916.11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLys / 参照: UniProt: Q02486
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*AP*A)-3')


分子量: 6773.481 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*T)-3')


分子量: 6719.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 21% PEG 4000, 0.1 M Trisodium Citrate, 0.2 M Ammonium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月5日
放射モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→43.483 Å / Num. obs: 35516 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06649 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.12→2.18 Å / 冗長度: 1.9 % / % possible all: 68.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PARTIAL MODEL OBTAINED WITH SINGLE ANOMALOUS DIFFRACTION

解像度: 2.18→43.483 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2364 1881 5.65 %
Rwork0.209 --
obs0.2106 33291 98.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→43.483 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2622 1792 0 75 4489
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084725
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9486738
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.581966
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057712
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007561
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1801-2.23910.33011210.30762193X-RAY DIFFRACTION90
2.2391-2.3050.3241540.29112405X-RAY DIFFRACTION99
2.305-2.37940.33491400.29472398X-RAY DIFFRACTION99
2.3794-2.46440.34231420.28962436X-RAY DIFFRACTION99
2.4644-2.5630.3011480.26682418X-RAY DIFFRACTION99
2.563-2.67970.28761450.2572400X-RAY DIFFRACTION99
2.6797-2.82090.23851460.25652416X-RAY DIFFRACTION99
2.8209-2.99760.28561460.25612443X-RAY DIFFRACTION99
2.9976-3.2290.28721450.23252427X-RAY DIFFRACTION100
3.229-3.55380.25131450.20522438X-RAY DIFFRACTION100
3.5538-4.06780.21491540.19222462X-RAY DIFFRACTION100
4.0678-5.12360.20011480.17882479X-RAY DIFFRACTION100
5.1236-43.49120.18011470.16472495X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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