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- PDB-5jg6: APC11-Ubv shows role of noncovalent RING-Ubiquitin interactions i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jg6
タイトルAPC11-Ubv shows role of noncovalent RING-Ubiquitin interactions in processive multiubiquitination and Ubiquitin chain elongation by APC/C
要素
  • Anaphase-promoting complex subunit 11
  • Polyubiquitin-B
キーワードCELL CYCLE / RING Ubiquitin Cell Cycle Anaphase-promoting complex-Cyclosome
機能・相同性
機能・相同性情報


Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / protein branched polyubiquitination / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Phosphorylation of the APC/C / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition ...Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / protein branched polyubiquitination / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Phosphorylation of the APC/C / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / protein K11-linked ubiquitination / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / cullin family protein binding / Transcriptional Regulation by VENTX / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / protein K48-linked ubiquitination / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / regulation of mitotic cell cycle / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / G protein-coupled receptor binding / Separation of Sister Chromatids / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin protein ligase activity / mitotic cell cycle / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / cell division / nucleolus / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / : / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Zinc finger RING-type profile. ...Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / : / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin family / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail fiber / Anaphase-promoting complex subunit 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.0013 Å
データ登録者Brown, N.G. / Zhang, W. / Yu, S. / Miller, D.J. / Sidhu, S.S. / Schulman, B.A.
資金援助 米国, カナダ, 8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R37GM065930 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA021765 米国
St. Jude Children's Research Hospital (ALSAC) 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP#111149 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)136956 カナダ
Leukemia & Lymphoma Society 米国
Jane Coffin Childs Memorial Fund 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Dual RING E3 Architectures Regulate Multiubiquitination and Ubiquitin Chain Elongation by APC/C.
著者: Nicholas G Brown / Ryan VanderLinden / Edmond R Watson / Florian Weissmann / Alban Ordureau / Kuen-Phon Wu / Wei Zhang / Shanshan Yu / Peter Y Mercredi / Joseph S Harrison / Iain F Davidson / ...著者: Nicholas G Brown / Ryan VanderLinden / Edmond R Watson / Florian Weissmann / Alban Ordureau / Kuen-Phon Wu / Wei Zhang / Shanshan Yu / Peter Y Mercredi / Joseph S Harrison / Iain F Davidson / Renping Qiao / Ying Lu / Prakash Dube / Michael R Brunner / Christy R R Grace / Darcie J Miller / David Haselbach / Marc A Jarvis / Masaya Yamaguchi / David Yanishevski / Georg Petzold / Sachdev S Sidhu / Brian Kuhlman / Marc W Kirschner / J Wade Harper / Jan-Michael Peters / Holger Stark / Brenda A Schulman /
要旨: Protein ubiquitination involves E1, E2, and E3 trienzyme cascades. E2 and RING E3 enzymes often collaborate to first prime a substrate with a single ubiquitin (UB) and then achieve different forms of ...Protein ubiquitination involves E1, E2, and E3 trienzyme cascades. E2 and RING E3 enzymes often collaborate to first prime a substrate with a single ubiquitin (UB) and then achieve different forms of polyubiquitination: multiubiquitination of several sites and elongation of linkage-specific UB chains. Here, cryo-EM and biochemistry show that the human E3 anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) and its two partner E2s, UBE2C (aka UBCH10) and UBE2S, adopt specialized catalytic architectures for these two distinct forms of polyubiquitination. The APC/C RING constrains UBE2C proximal to a substrate and simultaneously binds a substrate-linked UB to drive processive multiubiquitination. Alternatively, during UB chain elongation, the RING does not bind UBE2S but rather lures an evolving substrate-linked UB to UBE2S positioned through a cullin interaction to generate a Lys11-linked chain. Our findings define mechanisms of APC/C regulation, and establish principles by which specialized E3-E2-substrate-UB architectures control different forms of polyubiquitination.
履歴
登録2016年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anaphase-promoting complex subunit 11
B: Polyubiquitin-B
C: Polyubiquitin-B
D: Anaphase-promoting complex subunit 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,00510
ポリマ－34,6124
非ポリマー3926
水2,090116
1
A: Anaphase-promoting complex subunit 11
B: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5025
ポリマ－17,3062
非ポリマー1963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7400 Å2
手法PISA
2
C: Polyubiquitin-B
D: Anaphase-promoting complex subunit 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5025
ポリマ－17,3062
非ポリマー1963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.066, 35.193, 72.768
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 11 / APC11 / Cyclosome subunit 11 / Hepatocellular carcinoma-associated RING finger protein


分子量: 8050.358 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC11, HSPC214 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NYG5
#2: タンパク質 Polyubiquitin-B


分子量: 9255.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 33% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→36.326 Å / Num. obs: 19650 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 10.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R2Y and 1UBQ

4r2y

1ubq


解像度: 2.0013→36.326 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2195 1005 5.18 %
Rwork0.1852 --
obs0.187 19400 98.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.0013→36.326 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2144 0 6 116 2266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072230
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9472989
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.591819
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005391
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0013-2.10680.27971490.22432402X-RAY DIFFRACTION91
2.1068-2.23880.24721300.20392610X-RAY DIFFRACTION99
2.2388-2.41170.25121400.19912636X-RAY DIFFRACTION100
2.4117-2.65430.23261340.19742653X-RAY DIFFRACTION100
2.6543-3.03820.20151440.1932673X-RAY DIFFRACTION100
3.0382-3.82710.2281410.17372690X-RAY DIFFRACTION100
3.8271-36.33190.19221670.17082731X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.0588 Å / Origin y: -0.9797 Å / Origin z: -3.0986 Å
111213212223313233
T0.1214 Å2-0.0272 Å2-0.0336 Å2-0.161 Å20.0084 Å2--0.1655 Å2
L0.6636 °2-0.7571 °2-0.8993 °2-1.1702 °21.0423 °2--1.2695 °2
S0.0191 Å °-0.0223 Å °-0.0154 Å °-0.0091 Å °-0.0151 Å °0.0374 Å °-0.0238 Å °0.012 Å °-0.0066 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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