ソフトウェア 名称 バージョン 分類 HKL-3000データスケーリング PHENIX精密化 PDB_EXTRACT3.2 データ抽出 HKL-3000データ削減 PHENIX位相決定
精密化 構造決定の手法 : フーリエ合成開始モデル : 5JD9解像度 : 1.401→28.279 Å / SU ML : 0.2 / 交差検証法 : FREE R-VALUE / σ(F) : 1.34 / 位相誤差 : 23.19 Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.184 2000 2.68 % random Rwork 0.1702 - - - obs 0.1706 74575 94.56 % -
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å原子変位パラメータ Biso max : 103.98 Å2 / Biso mean : 25.0858 Å2 / Biso min : 10.5 Å2 精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.401→28.279 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 3016 0 153 258 3427 Biso mean - - 37.67 27.29 - 残基数 - - - - 359
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.021 3232 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d0.775 4316 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.07 439 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.004 558 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d15.109 1214
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used : 14
解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Num. reflection all % reflection obs (%)1.4008-1.4358 0.3939 103 0.3467 3732 3835 70 1.4358-1.4746 0.3826 121 0.3165 4376 4497 80 1.4746-1.518 0.3412 133 0.2976 4815 4948 89 1.518-1.567 0.2946 143 0.2749 5214 5357 96 1.567-1.623 0.2799 148 0.244 5353 5501 98 1.623-1.688 0.2417 147 0.2158 5365 5512 99 1.688-1.7648 0.1898 149 0.1925 5406 5555 99 1.7648-1.8578 0.197 149 0.1742 5389 5538 100 1.8578-1.9742 0.1755 150 0.1615 5439 5589 99 1.9742-2.1266 0.1599 150 0.1499 5453 5603 99 2.1266-2.3405 0.1578 151 0.1468 5463 5614 100 2.3405-2.6789 0.1532 152 0.1522 5521 5673 100 2.6789-3.3743 0.1564 151 0.1607 5500 5651 99 3.3743-28.2852 0.1732 153 0.1495 5549 5702 96
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 3) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.3187 0.0533 0.0639 0.3272 0.2143 0.2981 0.0441 0.0344 0.039 -0.026 0.046 -0.0281 0.0313 0.1119 0.0073 0.1006 0.0069 0.0086 0.1739 -0.0244 0.1522 39.2185 67.4109 51.8028 2 0.4412 0.1819 0.1356 0.617 0.7878 0.6826 0.0631 0.0174 0.0048 0.1799 0.0167 -0.0651 0.2125 0.028 0.0586 0.1714 0.0132 -0.0073 0.1107 -0.0015 0.1222 26.9003 49.9312 41.3131 3 0.6691 0.2405 0.1649 0.2526 0.5578 0.5819 0.0468 -0.0197 0.113 0.1564 -0.1834 0.1354 0.1913 -0.2089 -0.0282 0.1675 -0.0572 0.0465 0.1767 -0.0248 0.1579 10.79 56.8008 45.4241
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 chain 'A' and (resid 0 through 76 )A0 - 76 2 X-RAY DIFFRACTION 2 chain 'A' and (resid 77 through 254 )A77 - 254 3 X-RAY DIFFRACTION 3 chain 'A' and (resid 255 through 358 )A255 - 358