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万見
- PDB-5jda: Bacillus cereus CotH kinase plus Mg2+/AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jda
タイトルBacillus cereus CotH kinase plus Mg2+/AMP
要素Spore coat protein H
キーワードTRANSFERASE / atypical kinase fold
機能・相同性Spore coat protein CotH/Invasin CotH2/3/7 / CotH kinase protein / nucleotide binding / metal ion binding / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / SUCCINIC ACID / Spore coat protein H
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.401 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Tagliabracci, V.S. / Sreelatha, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Phosphorylation of spore coat proteins by a family of atypical protein kinases.
著者: Nguyen, K.B. / Sreelatha, A. / Durrant, E.S. / Lopez-Garrido, J. / Muszewska, A. / Dudkiewicz, M. / Grynberg, M. / Yee, S. / Pogliano, K. / Tomchick, D.R. / Pawowski, K. / Dixon, J.E. / Tagliabracci, V.S.
履歴
登録2016年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22016年7月6日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spore coat protein H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,89819
ポリマ－42,6671
非ポリマー1,23118
水4,648258
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.757, 63.516, 118.284
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Spore coat protein H


分子量: 42667.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 10987 / NRS 248) (バクテリア)
株: ATCC 10987 / NRS 248 / 遺伝子: cotH, BCE_2115 / プラスミド: ppSumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q739M5, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 6種, 276分子

#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 % / Mosaicity: 0.307 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.75
詳細: 0.1 M cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, 5 mM ADP, 15% PEG 3350, 30% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月17日 / 詳細: monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 74634 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 1.495 / Net I/av σ(I): 26.093 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 344375
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.4-1.423.10.81171.2
1.42-1.453.20.725176.8
1.45-1.483.50.693181.4
1.48-1.513.70.631189.1
1.51-1.5440.591194.5
1.54-1.584.30.565197.6
1.58-1.624.60.505198.6
1.62-1.664.80.432198.7
1.66-1.714.90.36198.7
1.71-1.764.90.289198.9
1.76-1.8350.223199.4
1.83-1.950.171199.5
1.9-1.995.10.128199.2
1.99-2.095.10.104199.7
2.09-2.225.10.09199.6
2.22-2.3950.079199.7
2.39-2.6350.068199.6
2.63-3.024.90.051198.9
3.02-3.850.038198
3.8-5050.033194

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5JD9

5jd9


解像度: 1.401→28.279 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.19
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 2000 2.68 %random
Rwork0.1702 ---
obs0.1706 74575 94.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.98 Å2 / Biso mean: 25.0858 Å2 / Biso min: 10.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.401→28.279 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3016 0 153 258 3427
Biso mean--37.67 27.29 -
残基数----359
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0213232
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7754316
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004558
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1091214
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4008-1.43580.39391030.34673732383570
1.4358-1.47460.38261210.31654376449780
1.4746-1.5180.34121330.29764815494889
1.518-1.5670.29461430.27495214535796
1.567-1.6230.27991480.2445353550198
1.623-1.6880.24171470.21585365551299
1.688-1.76480.18981490.19255406555599
1.7648-1.85780.1971490.174253895538100
1.8578-1.97420.17551500.16155439558999
1.9742-2.12660.15991500.14995453560399
2.1266-2.34050.15781510.146854635614100
2.3405-2.67890.15321520.152255215673100
2.6789-3.37430.15641510.16075500565199
3.3743-28.28520.17321530.14955549570296
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.31870.05330.06390.32720.21430.29810.04410.03440.039-0.0260.046-0.02810.03130.11190.00730.10060.00690.00860.1739-0.02440.152239.218567.410951.8028
20.44120.18190.13560.6170.78780.68260.06310.01740.00480.17990.0167-0.06510.21250.0280.05860.17140.0132-0.00730.1107-0.00150.122226.900349.931241.3131
30.66910.24050.16490.25260.55780.58190.0468-0.01970.1130.1564-0.18340.13540.1913-0.2089-0.02820.1675-0.05720.04650.1767-0.02480.157910.7956.800845.4241
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 76 )A0 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 77 through 254 )A77 - 254
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 255 through 358 )A255 - 358

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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