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- PDB-5jcs: CRYO-EM STRUCTURE OF THE RIX1-REA1 PRE-60S PARTICLE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jcs
タイトルCRYO-EM STRUCTURE OF THE RIX1-REA1 PRE-60S PARTICLE
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 37
  • (Ribosome assembly ...) x 2
  • 25S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Eukaryotic translation initiation factor 6
  • Midasin
  • Nucleolar GTP-binding protein 1
  • Probable metalloprotease ARX1
  • Protein SDA1
  • Ribosome biogenesis protein RLP24
キーワードRIBOSOME / pre-60S ribosome rix1 rea1
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex remodeling / regulation of ribosomal subunit export from nucleus / 加水分解酵素 / traversing start control point of mitotic cell cycle / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / maturation of 5.8S rRNA / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane ...protein-RNA complex remodeling / regulation of ribosomal subunit export from nucleus / 加水分解酵素 / traversing start control point of mitotic cell cycle / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / maturation of 5.8S rRNA / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / ATPase activator activity / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / translation initiation factor activity / Neutrophil degranulation / assembly of large subunit precursor of preribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / metallopeptidase activity / rRNA processing / protein transport / ribosome biogenesis / ATPase binding / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SDA1 domain / Midasin / Uncharacterised domain NUC130/133, N-terminal / Sda1 / Midasin, AAA lid domain 7 / Midasin AAA lid domain 5 / : / : / SDA1, conserved domain / SDA1, HEAT repeat ...SDA1 domain / Midasin / Uncharacterised domain NUC130/133, N-terminal / Sda1 / Midasin, AAA lid domain 7 / Midasin AAA lid domain 5 / : / : / SDA1, conserved domain / SDA1, HEAT repeat / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA+ ATPase lid domain / SDA1, C-terminal / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / : / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / NLE / NLE (NUC135) domain / Ribosome assembly factor Mrt4 / : / NOG, C-terminal / Nucleolar GTP-binding protein 1 / NOGCT (NUC087) domain / Nucleolar GTP-binding protein 1, Rossman-fold domain / NOG1, N-terminal helical domain / Nucleolar GTP-binding protein 1 (NOG1) / NOG1 N-terminal helical domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / GTP binding domain / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / : / metallochaperone-like domain / TRASH domain / VWFA domain profile. / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / von Willebrand factor, type A / : / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / : / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L30e signature 1. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / : / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL1A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Large ribosomal subunit protein uL11A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Ribosome assembly protein 4 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Ribosome assembly factor MRT4 / Large ribosomal subunit protein eL14A / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Protein SDA1 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Nucleolar GTP-binding protein 1 / Probable metalloprotease ARX1 / Ribosome biogenesis protein RLP24 / Midasin / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Large ribosomal subunit protein eL13A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.5 Å
データ登録者Barrio-Garcia, C. / Thoms, M. / Flemming, D. / Kater, L. / Berninghausen, O. / Bassler, J. / Beckmann, R. / Hurt, E.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016
タイトル: Architecture of the Rix1-Rea1 checkpoint machinery during pre-60S-ribosome remodeling.
著者: Clara Barrio-Garcia / Matthias Thoms / Dirk Flemming / Lukas Kater / Otto Berninghausen / Jochen Baßler / Roland Beckmann / Ed Hurt /
要旨: Ribosome synthesis is catalyzed by ∼200 assembly factors, which facilitate efficient production of mature ribosomes. Here, we determined the cryo-EM structure of a Saccharomyces cerevisiae ...Ribosome synthesis is catalyzed by ∼200 assembly factors, which facilitate efficient production of mature ribosomes. Here, we determined the cryo-EM structure of a Saccharomyces cerevisiae nucleoplasmic pre-60S particle containing the dynein-related 550-kDa Rea1 AAA(+) ATPase and the Rix1 subcomplex. This particle differs from its preceding state, the early Arx1 particle, by two massive structural rearrangements: an ∼180° rotation of the 5S ribonucleoprotein complex and the central protuberance (CP) rRNA helices, and the removal of the 'foot' structure from the 3' end of the 5.8S rRNA. Progression from the Arx1 to the Rix1 particle was blocked by mutational perturbation of the Rix1-Rea1 interaction but not by a dominant-lethal Rea1 AAA(+) ATPase-ring mutant. After remodeling, the Rix1 subcomplex and Rea1 become suitably positioned to sense correct structural maturation of the CP, which allows unidirectional progression toward mature ribosomes.
履歴
登録2016年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2016年12月14日ID: 5FL8
改定 1.12016年12月14日Group: Other
改定 1.22017年5月3日Group: Database references
改定 1.32018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_image_scans / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...em_image_scans / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.42024年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

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  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3199
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 60S ribosomal protein L2-A
c: 60S ribosomal protein L30
B: 60S ribosomal protein L3
d: 60S ribosomal protein L31-A
C: 60S ribosomal protein L4-A
e: 60S ribosomal protein L32
D: 60S ribosomal protein L5
f: 60S ribosomal protein L33-A
E: 60S ribosomal protein L6-A
g: 60S ribosomal protein L34-A
F: 60S ribosomal protein L7-A
h: 60S ribosomal protein L35-A
G: 60S ribosomal protein L8-A
i: 60S ribosomal protein L36-A
H: 60S ribosomal protein L9-A
j: 60S ribosomal protein L37-A
I: 60S ribosomal protein L1-A
k: 60S ribosomal protein L38
J: 60S ribosomal protein L11-A
l: 60S ribosomal protein L39
K: 60S ribosomal protein L12-A
m: Eukaryotic translation initiation factor 6
L: 60S ribosomal protein L13-A
n: Ribosome assembly factor MRT4
M: 60S ribosomal protein L14-A
o: Nucleolar GTP-binding protein 1
N: 60S ribosomal protein L15-A
p: 60S ribosomal protein L43-A
O: 60S ribosomal protein L16-A
q: Ribosome assembly protein 4
P: 60S ribosomal protein L17-A
r: Protein SDA1
Q: 60S ribosomal protein L18-A
s: Midasin
R: 60S ribosomal protein L19-A
t: Ribosome biogenesis protein RLP24
S: 60S ribosomal protein L20-A
u: Probable metalloprotease ARX1
T: 60S ribosomal protein L21-A
x: 25S ribosomal RNA
U: 60S ribosomal protein L22-A
y: 5.8S ribosomal RNA
V: 60S ribosomal protein L23-A
z: 5S ribosomal RNA
X: 60S ribosomal protein L25
Y: 60S ribosomal protein L26-A
Z: 60S ribosomal protein L27-A
a: 60S ribosomal protein L28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,814,39848
ポリマ－2,814,39848
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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60S ribosomal protein ... , 37種, 37分子 AcBdCeDfEgFhGiHjIkJlKLMNpOPQRS...

#1: タンパク質 60S ribosomal protein L2-A / L5 / RP8 / YL6


分子量: 27463.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL2A, RPL5B, YFR031C-A, YFR031BC / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX45
#2: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / L32 / RP73 / YL38


分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL30, RPL32, YGL030W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14120
#3: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1


分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL3, MAK8, TCM1, YOR063W, YOR29-14 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14126
#4: タンパク質 60S ribosomal protein L31-A / L34 / YL28


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL31A, RPL34, RPL34A, YDL075W, D2478 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H8
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L4-A / L2 / RP2 / YL2


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL4A, RPL2, RPL2A, YBR031W, YBR0315 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P10664
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL32, YBL092W, YBL0838 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38061
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / L1 / L1a / Ribosomal 5S RNA-binding protein / YL3


分子量: 33764.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL5, RPL1, RPL1A, YPL131W, LPI14W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26321
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A / L37 / RP47 / YL37


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL33A, RPL37A, YPL143W, LPI4W, P2625 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05744
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L6-A / L17 / RP18 / YL16


分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL6A, RPL17A, YL16A, YML073C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02326
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L34-A


分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL34A, YER056C-A, YER056BC / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P87262
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A / L6 / RP11 / YL8


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL7A, RPL6A, RPL8A, YL8A, YGL076C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05737
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L35-A


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL35A, SOS1, YDL191W, D1249 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX84
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / L4 / L4-2 / L7a-1 / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL8A, MAK7, RPL4A, YHL033C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P17076
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L36-A / L39 / YL39


分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL36A, RPL39A, YMR194W, YM9646.06 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05745
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L9-A / L8 / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL9A, RPL8A, RPL9, YGL147C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05738
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A / L43 / YL35 / YP55


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL37A, RPL35A, YLR185W, L9470.6 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49166
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L1-A / L10a


分子量: 24524.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL1A, SSM1, SSM1A, YPL220W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX43
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL38, YLR325C, L8543.2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49167
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L11-A / L16 / RP39 / YL22


分子量: 19755.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL11A, RP39A, RPL16A, YPR102C, P8283.14 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0W9
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / L46 / YL40


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL39, RPL46, SPB2, YJL189W, J0360 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04650
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L12-A / L15 / YL23


分子量: 17850.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL12A, RPL15B, YEL054C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX53
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L13-A


分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL13A, YDL082W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12690
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L14-A


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL14A, YKL006W, YKL153 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36105
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / L13 / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL15A, RPL10A, RPL13A, YL10A, YLR029C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05748
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L43-A / L37a / YL35


分子量: 10112.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL43A, YPR043W, YP9499.02 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX25
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / L13a / L21 / RP22 / YL15


分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL16A, RPL13, RPL21A, YIL133C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26784
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A / L20A / YL17


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL17A, RPL17, RPL20A, YKL180W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05740
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A / RP28


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL18A, RP28A, YOL120C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX49
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A / L23 / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL19A, RPL23A, YL14A, YBR084C-A, YBR084BC / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX82
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L20-A / L18a


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL20A, RPL18A, RPL18A2, YMR242C, YM9408.04C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX23
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A


分子量: 18279.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL21A, URP1, YBR191W, YBR1401 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02753
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L22-A / L1c / RP4 / YL31


分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL22A, YLR061W, L2168 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05749
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L23-A / L17a / YL32


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL23A, RPL17A, RPL17AA, YBL087C, YBL0713 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX41
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L25 / RP16L / YL25 / YP42'


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL25, YOL127W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04456
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L26-A / L33 / YL33


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL26A, RPL26, RPL33A, YLR344W, L8300.4 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05743
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L27-A


分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL27A, RPL27, YHR010W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H6
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / L27a / L29 / RP44 / RP62 / YL24


分子量: 16761.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPL28, CYH2, YGL103W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02406

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タンパク質 , 6種, 6分子 morstu

#22: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6 / eIF-6


分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TIF6, CDC95, YPR016C, LPZ15C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12522
#26: タンパク質 Nucleolar GTP-binding protein 1


分子量: 74531.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NOG1, YPL093W, LPG15W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02892
#32: タンパク質 Protein SDA1 / Severe depolymerization of actin protein 1


分子量: 86755.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SDA1, YGR245C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53313
#34: タンパク質 Midasin / MIDAS-containing protein / Ribosome export/assembly protein 1


分子量: 559951.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MDN1, REA1, YLR106C, L2901, L8004.13 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12019
#36: タンパク質 Ribosome biogenesis protein RLP24 / Ribosomal protein L24-like


分子量: 24027.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RLP24, YLR009W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q07915
#38: タンパク質 Probable metalloprotease ARX1 / Associated with ribosomal export complex protein 1


分子量: 65290.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ARX1, YDR101C, YD8557.10c / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03862, 加水分解酵素

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Ribosome assembly ... , 2種, 2分子 nq

#24: タンパク質 Ribosome assembly factor MRT4 / mRNA turnover protein 4


分子量: 27098.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MRT4, YKL009W, YKL160 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P33201
#30: タンパク質 Ribosome assembly protein 4 / Notchless protein homolog 1 / Ribosome biogenesis factor RSA4


分子量: 57106.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RSA4, YCR072C, YCR72C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25382

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RNA鎖 , 3種, 3分子 xyz

#40: RNA鎖 25S ribosomal RNA


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 834774822
#42: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1036126960
#44: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039022925

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Rix1-Rea1 pre-60S particle / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F816 (8k x 8k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 9.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 15749 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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