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- PDB-5jcb: Microtubule depolymerizing agent podophyllotoxin derivative YJTSF1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jcb
タイトルMicrotubule depolymerizing agent podophyllotoxin derivative YJTSF1
要素
  • Stathmin
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta chain
  • Tubulin-Tyrosine Ligase
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / microtubule destabilization / podophyllum
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins ...tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / COPI-mediated anterograde transport / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / GTPase activity / nucleotide binding / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11480 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family ...Rossmann fold - #11480 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Dna Ligase; domain 1 / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / IMIDAZOLE / Chem-NV4 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Tubulin tyrosine ligase / Stathmin-4 / Tubulin beta chain / Tubulin beta chain / Tubulin alpha-1B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Guan, Z. / Zhao, W. / Yin, P.
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural Insights into the Inhibition of Tubulin by the Antitumor Agent 4 beta-(1,2,4-triazol-3-ylthio)-4-deoxypodophyllotoxin.
著者: Zhao, W. / Zhou, C. / Guan, Z.Y. / Yin, P. / Chen, F. / Tang, Y.J.
履歴
登録2016年4月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta chain
E: Stathmin
F: Tubulin-Tyrosine Ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,27236
ポリマ－263,3666
非ポリマー4,90630
水10,034557
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24870 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area78890 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)104.357, 157.252, 179.631
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2XVP4
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F2Z5B2, UniProt: P02554*PLUS
#3: タンパク質 Stathmin


分子量: 18060.414 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 49-189 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F2Z508
#4: タンパク質 Tubulin-Tyrosine Ligase


分子量: 44897.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43*PLUS

-
非ポリマー , 12種, 587分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#9: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#12: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#13: 化合物 ChemComp-NV4 / (5R,5aR,8aS,9R)-9-[(4H-1,2,4-triazol-3-yl)sulfanyl]-5-(3,4,5-trimethoxyphenyl)-5,8,8a,9-tetrahydro-2H-furo[3',4':6,7]naphtho[2,3-d][1,3]dioxol-6(5aH)-one


分子量: 497.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H23N3O7S
#14: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#15: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#16: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細In chains B/D, residue numbers 43, 44, 361-368 are simply skipped.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 4000, Glycerol, Magnesium chloride, Calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 131984 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 11.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I4T

4i4t


解像度: 2.3→47.636 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1999 6500 4.95 %
Rwork0.1813 --
obs0.1822 131273 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.636 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17043 0 309 557 17909
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00817964
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03524402
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.4566709
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0632670
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053146
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.32610.29962030.2734122X-RAY DIFFRACTION99
2.3261-2.35350.28962070.26344106X-RAY DIFFRACTION100
2.3535-2.38220.28562230.25364117X-RAY DIFFRACTION99
2.3822-2.41240.29822210.24654092X-RAY DIFFRACTION100
2.4124-2.44410.26812270.24194110X-RAY DIFFRACTION99
2.4441-2.47760.26771760.22754155X-RAY DIFFRACTION100
2.4776-2.5130.27072100.23534103X-RAY DIFFRACTION100
2.513-2.55050.26072300.23544127X-RAY DIFFRACTION100
2.5505-2.59030.29932130.22714103X-RAY DIFFRACTION100
2.5903-2.63280.23082190.2284118X-RAY DIFFRACTION100
2.6328-2.67820.25372180.21274127X-RAY DIFFRACTION100
2.6782-2.72690.25632050.2144142X-RAY DIFFRACTION100
2.7269-2.77930.2462170.20434127X-RAY DIFFRACTION100
2.7793-2.83610.22992160.20614143X-RAY DIFFRACTION100
2.8361-2.89770.22522340.19884154X-RAY DIFFRACTION100
2.8977-2.96510.22662190.2024123X-RAY DIFFRACTION100
2.9651-3.03920.22112100.19894141X-RAY DIFFRACTION100
3.0392-3.12140.21652070.19434131X-RAY DIFFRACTION100
3.1214-3.21320.20372190.19314176X-RAY DIFFRACTION100
3.2132-3.31690.19712110.18254160X-RAY DIFFRACTION100
3.3169-3.43540.20452480.17814138X-RAY DIFFRACTION100
3.4354-3.5730.18992300.16684165X-RAY DIFFRACTION100
3.573-3.73550.19972220.16254181X-RAY DIFFRACTION100
3.7355-3.93240.16692080.1534179X-RAY DIFFRACTION100
3.9324-4.17860.16472240.14584185X-RAY DIFFRACTION100
4.1786-4.5010.14012260.13594181X-RAY DIFFRACTION100
4.501-4.95350.14142120.13114218X-RAY DIFFRACTION100
4.9535-5.66930.15952320.16074223X-RAY DIFFRACTION100
5.6693-7.13890.20361960.18114310X-RAY DIFFRACTION100
7.1389-47.64660.16482170.17334416X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.6346 Å / Origin y: 43.751 Å / Origin z: -25.9191 Å
111213212223313233
T0.143 Å2-0.0136 Å20.0118 Å2-0.2059 Å20.0257 Å2--0.2788 Å2
L0.1363 °20.0105 °2-0.0742 °2-0.5254 °2-0.554 °2--0.9659 °2
S-0.027 Å °-0.0088 Å °0.0101 Å °-0.0318 Å °0.0837 Å °0.0119 Å °0.0214 Å °-0.0775 Å °-0.0511 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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