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- PDB-5jay: Crystal Structure of an 8-amino-7-oxononanoate Synthase from Burk... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jay
タイトルCrystal Structure of an 8-amino-7-oxononanoate Synthase from Burkholderia xenovorans
要素8-amino-7-oxononanoate synthase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / SSGCID / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


8-amino-7-oxononanoate synthase / 8-amino-7-oxononanoate synthase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
8-amino-7-oxononanoate synthase, Proteobacteria / 8-amino-7-oxononanoate synthase, Archaea/Proteobacteria type / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...8-amino-7-oxononanoate synthase, Proteobacteria / 8-amino-7-oxononanoate synthase, Archaea/Proteobacteria type / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-amino-7-oxononanoate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of an 8-amino-7-oxononanoate Synthase from Burkholderia xenovorans
著者: Dranow, D.M. / Conrady, D.G. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 8-amino-7-oxononanoate synthase
B: 8-amino-7-oxononanoate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8382
ポリマ－84,8382
非ポリマー00
水9,818545
1
A: 8-amino-7-oxononanoate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4191
ポリマ－42,4191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 8-amino-7-oxononanoate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4191
ポリマ－42,4191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: 8-amino-7-oxononanoate synthase
B: 8-amino-7-oxononanoate synthase

A: 8-amino-7-oxononanoate synthase
B: 8-amino-7-oxononanoate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,6764
ポリマ－169,6764
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area13070 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area52190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.870, 63.200, 65.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-647-

HOH

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要素

#1: タンパク質 8-amino-7-oxononanoate synthase / / AONS / 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthase / KAPA synthase / 8-amino-7-ketopelargonate synthase


分子量: 42418.996 Da / 分子数: 2 / 断片: BuxeA.00096.b.B1 / 変異: G241D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: bioF, Bxeno_A0198, Bxe_A4264 / プラスミド: BuxeA.00096.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q146K3, 8-amino-7-oxononanoate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.05 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: BuxeA.00096.b.B1.PS37838 at 22.85 mg/ml was mixed 1:1 with MCSG1(e9) 0.2 M calcium chloride, 20% (w/v) PEG-3350, cryoprotected with 20% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月16日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 72463 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 22.53 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 22.99
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.75-1.80.5493.111100
1.8-1.840.4184.091100
1.84-1.90.3225.341100
1.9-1.960.2437.171100
1.96-2.020.1819.421100
2.02-2.090.14411.81100
2.09-2.170.11414.871100
2.17-2.260.09317.961100
2.26-2.360.07820.771100
2.36-2.470.06724.081100
2.47-2.610.05628.21100
2.61-2.770.04932.041100
2.77-2.960.04236.41100
2.96-3.20.03642.971100
3.2-3.50.0349.11100
3.5-3.910.02653.65199.9
3.91-4.520.02456.98199.9
4.52-5.530.02357.61199.9
5.53-7.830.02356.71199.9
7.830.02255.46196.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
ARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2G6W

2g6w


解像度: 1.75→30.406 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2039 1912 2.64 %
Rwork0.1714 --
obs0.1722 72442 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 88.91 Å2 / Biso mean: 29.7996 Å2 / Biso min: 10.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→30.406 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5378 0 0 555 5933
Biso mean---33.69 -
残基数----749
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065537
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7367567
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052898
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005998
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2523296
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7499-1.79370.27921200.22349425062100
1.7937-1.84220.2771390.214849845123100
1.8422-1.89640.22361520.205449525104100
1.8964-1.95760.26441370.184349855122100
1.9576-2.02750.22181440.173549905134100
2.0275-2.10870.23051180.177350315149100
2.1087-2.20460.23131390.174549705109100
2.2046-2.32080.19441460.165650085154100
2.3208-2.46620.20341360.172750055141100
2.4662-2.65650.21461420.172650465188100
2.6565-2.92360.22681210.182150745195100
2.9236-3.34620.20271320.17350865218100
3.3462-4.21410.17231390.154751415280100
4.2141-30.41050.17881470.16095316546399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3555-0.2406-1.69620.63740.86332.5514-0.1479-0.1458-0.22730.1385-0.0502-0.09080.42820.0520.19440.24960.0098-0.02610.21440.02490.2347141.1086-10.86310.2877
21.12620.01550.2331.28990.09463.06960.08420.09460.1228-0.1058-0.0361-0.1497-0.03380.6681-0.01020.18250.00090.02510.2943-0.03530.1718152.843512.864518.0518
32.2839-0.48030.52053.62690.22962.4750.1541-0.0174-0.3506-0.0042-0.0223-0.18960.4856-0.0785-0.0840.2371-0.056-0.02550.1862-0.02030.1742141.3037-8.818228.8848
41.6322-0.31982.63230.7247-0.54964.2432-0.0939-0.88891.1086-0.015-0.6033-0.3365-0.2457-0.17260.63850.4115-0.11630.11670.5858-0.06250.5871152.364829.36391.4189
51.33010.2956-1.33971.1074-0.29952.0561-0.0401-0.1526-0.19270.1573-0.08210.0290.10030.00150.12910.1501-0.0004-0.01820.17580.01450.1994134.19024.4152-0.979
62.43780.1335-0.09811.2018-0.21490.9362-0.066-0.1839-0.09990.0550.0045-0.09160.05190.06590.06040.14490.01350.00020.1247-0.02310.1389156.6197-1.9974-10.1914
72.1161-1.2601-0.25722.6011-0.52961.234-0.1591-0.2153-0.2780.19230.08080.16940.07280.00020.08640.15510.01130.00090.12340.02140.1858147.0568-6.0432-5.1362
82.6705-0.7992-1.61792.82861.10351.153-0.0687-0.3999-0.08440.18780.05430.0522-0.0216-0.0721-0.0510.1538-0.01870.02480.16780.03080.1725135.08032.6271-1.7066
93.41680.9658-1.54273.8432-1.16052.94620.09350.21770.0316-0.22490.0485-0.0817-0.1412-0.1383-0.16710.16110.0427-0.01470.1333-0.00740.1219140.610315.6631-22.7583
100.493-0.0122-0.44111.34790.25630.67610.0949-0.0570.46960.07530.1272-0.657-0.26470.3363-0.03450.2656-0.0431-0.0250.2339-0.10730.4988155.850924.9819-14.7491
113.72330.51851.08561.52230.53333.00730.02580.19040.4167-0.12190.1331-0.4144-0.4565-0.0274-0.13730.23580.03650.04690.1236-0.01720.2707145.121425.4416-18.6609
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 55 )A-2 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 56 through 291 )A56 - 291
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 292 through 389 )A292 - 389
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 42 )B3 - 42
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 43 through 97 )B43 - 97
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 98 through 227 )B98 - 227
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 228 through 264 )B228 - 264
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 265 through 291 )B265 - 291
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 292 through 313 )B292 - 313
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 314 through 363 )B314 - 363
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 364 through 388 )B364 - 388

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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