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- PDB-2g6w: Suicide inhibition of a-Oxamine Synthase: Structures of the Coval... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g6w
タイトルSuicide inhibition of a-Oxamine Synthase: Structures of the Covalent Adducts of 8-Amino-7-oxonanoate Synthase with trifluoroalanine
要素8-amino-7-oxononanoate synthase
キーワードTRANSFERASE / biotin / 8-amino-7-oxonanoate / synthase / PLP / fluoroalanine
機能・相同性
機能・相同性情報


8-amino-7-oxononanoate synthase / 8-amino-7-oxononanoate synthase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
8-amino-7-oxononanoate synthase, Proteobacteria / 8-amino-7-oxononanoate synthase, Archaea/Proteobacteria type / : / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 ...8-amino-7-oxononanoate synthase, Proteobacteria / 8-amino-7-oxononanoate synthase, Archaea/Proteobacteria type / : / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LLF / 8-amino-7-oxononanoate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Alexeev, D.
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Suicide inhibition of alpha-oxamine synthases: structures of the covalent adducts of 8-amino-7-oxononanoate synthase with trifluoroalanine.
著者: Alexeev, D. / Baxter, R.L. / Campopiano, D.J. / Kerbarh, O. / Sawyer, L. / Tomczyk, N. / Watt, R. / Webster, S.P.
履歴
登録2006年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 8-amino-7-oxononanoate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9512
ポリマ－41,6411
非ポリマー3101
水3,657203
1
A: 8-amino-7-oxononanoate synthase
ヘテロ分子

A: 8-amino-7-oxononanoate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,9034
ポリマ－83,2822
非ポリマー6202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x+y,y,-z+1/31
Buried area9630 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area26680 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.670, 58.670, 198.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
詳細The second part of the biological assembly is generated by the crystallographic two fold axis

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要素

#1: タンパク質 8-amino-7-oxononanoate synthase / AONS / 8-amino-7-ketopelargonate synthase / 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthetase / 7-KAP ...AONS / 8-amino-7-ketopelargonate synthase / 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthetase / 7-KAP synthetase / L-alanine-pimelyl CoA ligase


分子量: 41641.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12998, 8-amino-7-oxononanoate synthase
#2: 化合物 ChemComp-LLF / (4-{(E)-[(2,2-DIFLUOROETHYL)IMINO]METHYL}-5-HYDROXY-6-METHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / (E)-N-(2,2-DIFLUOROETHYL)PYRIDOXIMINE-5'-PHOSPHATE


分子量: 310.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13F2N2O5P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 200MM BIS-TRIS, pH 7.0, EVAPORATION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9076 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45 Å / Num. all: 32000 / Num. obs: 22100 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→21.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 12.274 / SU ML: 0.163 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24642 689 3.2 %RANDOM
Rwork0.17627 ---
obs0.17856 20556 96.17 %-
all-20559 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.671 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å2-0.16 Å20 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→21.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2919 0 20 203 3142
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0212997
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0111.9584070
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3385382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.5223.212137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.36415479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4751528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1550.2450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.260.31422
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.52029
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2130.5330
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2160.391
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.528
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.94321952
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.87733011
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.13121194
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.03931059
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.141→2.197 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 53 -
Rwork0.198 1450 -
obs--92.61 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.6819 Å / Origin y: -1.9936 Å / Origin z: 46.4329 Å
111213212223313233
T0.1183 Å2-0.0035 Å2-0.0705 Å2-0.0012 Å2-0.004 Å2--0.075 Å2
L0.3647 °2-0.4844 °20.2968 °2-0.6415 °20.0664 °2--0.9263 °2
S-0.094 Å °-0.0106 Å °0.1787 Å °-0.0008 Å °0.0324 Å °-0.1153 Å °-0.182 Å °0.0799 Å °0.0617 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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