[日本語] English
万見
- PDB-5jaa: Crystal structure of the HigBA2 toxin-antitoxin complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jaa
タイトルCrystal structure of the HigBA2 toxin-antitoxin complex
要素
  • Antitoxin igA-2
  • Toxin HigB-2
キーワードTOXIN / toxin-antitoxin system
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxin HigB-2 / RelE toxin of RelE / RelB toxin-antitoxin system / Antitoxin MqsA/HigA-2 / : / Antitoxin component of bacterial toxin-antitoxin system, MqsA / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Antitoxin HigA-2 / Toxin HigB-2
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.993 Å
データ登録者Hadzi, S. / Loris, R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Ribosome-dependent Vibrio cholerae mRNAse HigB2 is regulated by a beta-strand sliding mechanism.
著者: Hadzi, S. / Garcia-Pino, A. / Haesaerts, S. / Jurenas, D. / Gerdes, K. / Lah, J. / Loris, R.
履歴
登録2016年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Antitoxin igA-2
B: Antitoxin igA-2
C: Toxin HigB-2
D: Toxin HigB-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0554
ポリマ－50,0554
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8830 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area20180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.000, 119.800, 33.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Antitoxin igA-2


分子量: 11628.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: higA-2, VC_A0469 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KMA5
#2: タンパク質 Toxin HigB-2


分子量: 13398.587 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: higB-2, VC_A0468 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KMA6
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM bicine/Tris pH 8.5; 12.5%(w/v) PEG1000; 12.5%(w/v) PEG3350; 12.5%(w/w) MPD; 30 mM NaF; 30 mM NaBr; 30 mM NaI

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→43.854 Å / Num. obs: 18810 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.19 % / Biso Wilson estimate: 84.95 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 10.88
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.99-3.170.5371.64192.5
3.17-3.390.3052.77195
3.39-3.660.1675.9197.2
3.66-4.010.0949.93196.4
4.01-4.480.05914.81193.8
4.48-5.160.04419.35192.1
5.16-6.30.04418.9191.2
6.3-8.820.03123.66189.8
8.82-43.8540.02430.44187

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.993→40.472 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 27.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2482 546 5 %
Rwork0.1999 --
obs0.2024 10911 98.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 290.68 Å2 / Biso mean: 96.9903 Å2 / Biso min: 25.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.993→40.472 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3208 0 0 0 3208
残基数----407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033263
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.644405
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025496
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002569
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8241187
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9934-3.29450.35771310.28722490262197
3.2945-3.77090.30171360.23625742710100
3.7709-4.74980.21611370.1842609274699
4.7498-40.47560.22831420.18032692283497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.54013.3141.8319.12682.7873.0463-0.1296-0.0486-0.2767-0.21580.2233-0.8510.00670.2593-0.19380.3795-0.03650.16830.57350.04810.583950.698847.382544.4934
22.36981.32450.43993.2241.64061.1132-0.30530.21160.77130.17860.06311.14910.0924-0.14290.26740.5281-0.0197-0.0710.72020.07010.604340.883463.311648.1507
36.04963.9702-0.29925.6180.17175.0751-0.3737-0.37610.28090.24490.0167-1.2570.8945-0.1820.23940.69550.0766-0.21920.6538-0.07061.516355.794387.68653.4582
42.85961.63381.16572.54871.02390.429-0.1410.8774-1.3574-1.22930.5212-1.56890.00110.26651.52130.3468-0.17560.33370.20520.1387-0.010837.522525.147532.3773
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 104)A3 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 4 through 104 )B4 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 0 through 110)C0 - 110
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 2 through 109 )D2 - 109

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る