PDB-5j9i: Crystal structure of the HigA2 antitoxin C-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j9i

タイトル

Crystal structure of the HigA2 antitoxin C-terminal domain

要素

Antitoxin igA-2

キーワード

ANTITOXIN / toxin-antitoxin system

機能・相同性

Antitoxin MqsA/HigA-2 / : / Antitoxin component of bacterial toxin-antitoxin system, MqsA / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Antitoxin HigA-2

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.797 Å

データ登録者

Hadzi, S. / Loris, R.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Ribosome-dependent Vibrio cholerae mRNAse HigB2 is regulated by a beta-strand sliding mechanism.
著者: Hadzi, S. / Garcia-Pino, A. / Haesaerts, S. / Jurenas, D. / Gerdes, K. / Lah, J. / Loris, R.

履歴

登録	2016年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j9i.cif.gz	318 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j9i.ent.gz	264.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j9i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5j9i_validation.pdf.gz	476.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j9i_full_validation.pdf.gz	477.7 KB	表示
XML形式データ	5j9i_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	5j9i_validation.cif.gz	32.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/5j9i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/5j9i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ja8C 5ja9C 5jaaC 5mjeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ku7-d 3lax-d 1rnc-d 6jfw-4 5m38-2 3s5d-d 2pma-2 5ark-3 2j4t-1 3obs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Antitoxin igA-2

B: Antitoxin igA-2

C: Antitoxin igA-2

D: Antitoxin igA-2

E: Antitoxin igA-2

F: Antitoxin igA-2

G: Antitoxin igA-2

H: Antitoxin igA-2

93.7 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Antitoxin igA-2

B: Antitoxin igA-2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Antitoxin igA-2

D: Antitoxin igA-2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Antitoxin igA-2

F: Antitoxin igA-2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.4 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Antitoxin igA-2

H: Antitoxin igA-2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.360, 61.160, 73.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.690, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-237- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F
7	1	chain G
8	1	chain H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	LEU	LEU	chain A	A	A	38 - 104	38 - 104
2	GLU	GLU	chain B	B	B	37 - 104	37 - 104
3	GLY	GLY	chain C	C	C	36 - 104	36 - 104
4	GLU	GLU	chain D	D	D	37 - 104	37 - 104
5	ASN	ASN	chain E	E	E	39 - 104	39 - 104
6	GLU	GLU	chain F	F	F	37 - 104	37 - 104
7	ILE	ILE	chain G	G	G	40 - 104	40 - 104
8	GLU	GLU	chain H	H	H	37 - 104	37 - 104

#1: タンパク質	Antitoxin igA-2 分子量: 11713.190 Da / 分子数: 8 / 断片: C-terminal domainn / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: higA-2, VC_A0469 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KMA5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM Tris HCl pH 8.5, 200 mM calcium chloride, 20% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98011 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.797→45.854 Å / Num. obs: 44925 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.99 % / B_iso Wilson estimate: 26.65 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 12.88

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.91	0.409	2.27	1	91.4
1.91-2.04	0.243	4.96	1	99.1
2.04-2.2	0.149	8.35	1	98.9
2.2-2.41	0.11	11.6	1	98.6
2.41-2.69	0.082	14.91	1	98.4
2.69-3.11	0.054	19.41	1	98.4
3.11-3.8	0.043	24.63	1	98.7
3.8-5.36	0.038	28.34	1	99.3
5.36-45.854	0.036	27.25	1	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.797→38.507 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 30.53

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2357	2242	5 %
R_work	0.194	-	-
obs	0.1961	44840	97.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.4 Å² / B_iso mean: 37.2654 Å² / B_iso min: 13.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.797→38.507 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4255	0	0	235	4490
B_iso mean	-	-	-	37.71	-
残基数	-	-	-	-	539

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	4346
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.362	5895
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	689
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	770
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.832	1623

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3273	X-RAY DIFFRACTION	16.278	TORSIONAL
1	2	B	3273	X-RAY DIFFRACTION	16.278	TORSIONAL
1	3	C	3273	X-RAY DIFFRACTION	16.278	TORSIONAL
1	4	D	3273	X-RAY DIFFRACTION	16.278	TORSIONAL
1	5	E	3273	X-RAY DIFFRACTION	16.278	TORSIONAL
1	6	F	3273	X-RAY DIFFRACTION	16.278	TORSIONAL
1	7	G	3273	X-RAY DIFFRACTION	16.278	TORSIONAL
1	8	H	3273	X-RAY DIFFRACTION	16.278	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7971-1.8362	0.3388	116	0.2953	2206	2322	82
1.8362-1.8789	0.3298	138	0.2762	2626	2764	97
1.8789-1.9259	0.2973	143	0.2516	2706	2849	99
1.9259-1.978	0.2869	141	0.234	2682	2823	99
1.978-2.0362	0.2525	141	0.2236	2678	2819	99
2.0362-2.1019	0.2708	141	0.2127	2687	2828	99
2.1019-2.177	0.2686	143	0.2005	2715	2858	99
2.177-2.2642	0.2756	140	0.1954	2648	2788	99
2.2642-2.3672	0.28	140	0.195	2677	2817	99
2.3672-2.492	0.2514	141	0.1964	2678	2819	98
2.492-2.6481	0.2726	142	0.1989	2707	2849	98
2.6481-2.8525	0.2074	142	0.1987	2683	2825	98
2.8525-3.1394	0.2631	142	0.2019	2700	2842	99
3.1394-3.5934	0.2305	143	0.1789	2722	2865	99
3.5934-4.5262	0.1693	144	0.1573	2724	2868	99
4.5262-38.516	0.2162	145	0.1911	2759	2904	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7759	-0.5287	-0.4822	0.5243	0.2965	0.6354	0.096	-0.1922	0.1428	-0.0246	-0.0131	-0.1742	-0.0979	0.1373	0.0002	0.1976	-0.0305	0.0076	0.2192	-0.0299	0.1741	5.8343	-10.9504	21.2888
2	0.4409	0.0934	-0.4266	0.8813	0.2848	1.6063	-0.0467	0.1425	-0.042	-0.2469	-0.0276	-0.2447	0.0526	0.0417	-0.0001	0.2572	0.0143	0.0241	0.2006	0.0133	0.2727	14.0564	-22.9122	8.7545
3	0.9933	0.218	-0.4537	0.8024	-0.6774	0.6558	0.1411	0.0934	0.1084	-0.0009	-0.0316	0.1169	-0.1666	-0.1035	-0.0001	0.2127	0.0118	0.0302	0.1835	0.0022	0.1623	-16.1777	-10.7551	14.7101
4	0.8378	-0.3569	-0.971	0.5518	0.1814	1.2471	-0.0896	-0.1247	-0.2108	0.0601	-0.0555	0.0729	0.0392	0.051	0.0007	0.2241	-0.0051	0.0249	0.202	0.0261	0.2448	-23.668	-22.8536	27.4315
5	0.47	-0.3083	0.5252	1.071	-0.4129	0.5813	0.1094	0.0515	-0.2405	0.1241	-0.0919	0.209	0.1081	0.1161	0.0001	0.2296	-0.0078	0.0087	0.1853	-0.0104	0.2423	-15.7659	-50.9297	21.9956
6	0.4601	0.2812	0.6106	0.7653	-0.0682	1.1375	-0.0608	0.2176	0.0344	-0.2011	-0.0945	0.2298	0.034	0.0199	-0.0009	0.2471	-0.0105	0.0021	0.2664	0.0071	0.2874	-23.998	-39.8413	8.4364
7	0.4654	0.1483	0.1877	1.3076	0.3675	0.5531	-0.0114	0.2951	-0.2539	-0.2532	0.0182	-0.2812	0.1732	-0.1416	0.0004	0.2547	-0.0236	0.0216	0.2944	-0.0147	0.2484	6.0583	-50.7045	14.1311
8	0.5311	0.063	0.1227	0.8616	-0.2725	0.964	-0.0977	-0.1249	0.1675	0.1094	0.0654	-0.0043	-0.1004	-0.1616	0.0002	0.2356	-0.001	-0.0123	0.2411	0.0097	0.2418	14.0656	-39.8497	27.8671

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 38 through 104)	A	38 - 104
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 37 through 104 )	B	37 - 104
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 36 through 104 )	C	36 - 104
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 37 through 104 )	D	37 - 104
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 39 through 104)	E	39 - 104
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid 37 through 104)	F	37 - 104
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and (resid 40 through 104)	G	40 - 104
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 37 through 104)	H	37 - 104

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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