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万見
- PDB-5j8t: NMR structure of Excalibur domain of CbpL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j8t
タイトルNMR structure of Excalibur domain of CbpL
要素Choline binding protein
キーワードHYDROLASE / Excalibur / Choline-binding Protein L / Pneumococcal Adhesion
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Pantoja-Uceda, D. / Trevino, M.A. / Bruix, M.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessCTQ2014-52633 スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular Choline-bindind Protein L Involved in Pneumococcal Adhesion and Virulence through Exposed Excalibur domanin
著者: Gutierrez-Fernandez, J. / Alcorlo, M. / Galan-Bartual, S. / Pantoja-Uceda, D. / Trevino, M.A. / Bruix, M. / Hammerschmidt, S. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2016年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年9月6日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 2.22019年10月23日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_spectrometer ...pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_spectrometer / struct_site / struct_site_gen
Item: _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature_units / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Choline binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1862
ポリマ－5,1451
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area80 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area3860 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Choline binding protein


分子量: 5145.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: the first three residues GAS correspond to the tag used in the production . the first residue of the protein is the first E in the sequence with the number 24
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: lytB_2, ERS020147_00413 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0U0AG78, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
132isotropic12D 1H-1H TOCSY
142isotropic12D 1H-1H NOESY
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D HNCOi
171isotropic13D HNCA
181isotropic13D HNCAi
191isotropic13D HN(CA)CB
1101isotropic13D CBCA(CO)NH
1111isotropic13D H(CCCO)NH
1121isotropic13D (H)CC(CO)NH
1131isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1141isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1151isotropic13D H(NCOCA)NH
1161isotropic13D (H)N(COCA)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Excalibur domain of CbpL, 3 mM CaCl2, 1 % DSS, 90% H2O/10% D2O13C_15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM Excalibur domain of CbpL, 3 mM CaCl2, 1 % DSS, 90% H2O/10% D2O1H_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMExcalibur domain of CbpL[U-99% 13C; U-99% 15N]1
3 mMCaCl2natural abundance1
1 %DSSnatural abundance1
0.5 mMExcalibur domain of CbpLnatural abundance2
3 mMCaCl2natural abundance2
1 %DSSnatural abundance2
試料状態イオン強度: unknown Not defined / Label: conditions_1 / pH: 5.5 Not defined / 圧: unknown atm / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz / 詳細: equiped with cryoprobe TCI

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
NMRPipe3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.113Goddardデータ解析
Sparky3.113Goddardpeak picking
NMRView5.0.20Johnson, One Moon Scientificデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Amber9Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 8
詳細: the 20 conformers with the lowest targer funciotn values fo CYANA calculation were selected for further refinement and minimized with amber 9.0 using Gibbs-Boltzman continuum solvation model
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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