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- PDB-5j7c: A picomolar affinity FN3 domain in complex with hen egg-white lysozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j7c
タイトルA picomolar affinity FN3 domain in complex with hen egg-white lysozyme
要素
  • FNfn10-anti-lysozyme (DE0.4.1)
  • Lysozyme C
キーワードprotein binding/hydrolase / Yeast surface display / high affinity / fibronectin type III / FN3 / protein binding-hydrolase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monocyte activation / negative regulation of transforming growth factor beta production / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / calcium-independent cell-matrix adhesion / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / fibrinogen complex / Fibronectin matrix formation / Attachment of bacteria to epithelial cells / enteric nervous system development / integrin activation ...negative regulation of monocyte activation / negative regulation of transforming growth factor beta production / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / calcium-independent cell-matrix adhesion / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / fibrinogen complex / Fibronectin matrix formation / Attachment of bacteria to epithelial cells / enteric nervous system development / integrin activation / ALK mutants bind TKIs / cell-substrate junction assembly / proteoglycan binding / MET activates PTK2 signaling / Molecules associated with elastic fibres / peptidase activator activity / neural crest cell migration / Syndecan interactions / extracellular matrix structural constituent / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / biological process involved in interaction with symbiont / response to muscle activity / regulation of protein phosphorylation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / endodermal cell differentiation / Non-integrin membrane-ECM interactions / basement membrane / blood coagulation, fibrin clot formation / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / endothelial cell migration / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of axon extension / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / Integrin signaling / substrate adhesion-dependent cell spreading / Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / platelet alpha granule lumen / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / acute-phase response / cell-matrix adhesion / Cell surface interactions at the vascular wall / Developmental Lineage of Pancreatic Ductal Cells / negative regulation of autophagy / integrin-mediated signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / response to wounding / integrin binding / autophagy / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of fibroblast proliferation / cell wall macromolecule catabolic process / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / lysozyme / lysozyme activity / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Platelet degranulation / nervous system development / regulation of cell shape / heparin binding / GPER1 signaling / heart development / extracellular matrix / protease binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / angiogenesis / blood microparticle / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / defense response to bacterium / apical plasma membrane / defense response to Gram-positive bacterium / endoplasmic reticulum lumen / receptor ligand activity / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum / : / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / : / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. ...Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / : / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Kringle-like fold / Fibronectin type III domain / Lysozyme - #10 / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type 3 domain / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysozyme C / Fibronectin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.535 Å
データ登録者Porebski, B.T. / Drinkwater, N. / McGowan, S. / Buckle, A.M.
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2016
タイトル: Circumventing the stability-function trade-off in an engineered FN3 domain.
著者: Porebski, B.T. / Conroy, P.J. / Drinkwater, N. / Schofield, P. / Vazquez-Lombardi, R. / Hunter, M.R. / Hoke, D.E. / Christ, D. / McGowan, S. / Buckle, A.M.
履歴
登録2016年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22016年9月21日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
B: Lysozyme C
C: FNfn10-anti-lysozyme (DE0.4.1)
D: FNfn10-anti-lysozyme (DE0.4.1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2564
ポリマ－51,2564
非ポリマー00
水93752
1
A: Lysozyme C
C: FNfn10-anti-lysozyme (DE0.4.1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6282
ポリマ－25,6282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10620 Å2
手法PISA
2
B: Lysozyme C
D: FNfn10-anti-lysozyme (DE0.4.1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6282
ポリマ－25,6282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.858, 87.725, 100.895
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: タンパク質 FNfn10-anti-lysozyme (DE0.4.1)


分子量: 11296.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02751*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.06 % / 解説: Long thin needles
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 / 詳細: 10% PEG 6000, 0.1 M Bicine, pH 8.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.535→46.51 Å / Num. obs: 16719 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.244 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.535→2.626 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.264 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155:000)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FNF, 4Z98

1fnf

4z98


解像度: 2.535→46.51 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.51
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2498 830 4.98 %Random selection
Rwork0.2176 ---
obs0.2192 16666 99.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.535→46.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3430 0 0 52 3482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023521
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5624805
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2972043
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046523
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005618
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5351-2.6940.30291140.29272530X-RAY DIFFRACTION97
2.694-2.90190.26761470.27942610X-RAY DIFFRACTION100
2.9019-3.19390.33061310.26692629X-RAY DIFFRACTION100
3.1939-3.65590.25661620.21712619X-RAY DIFFRACTION100
3.6559-4.60540.21141310.18082665X-RAY DIFFRACTION100
4.6054-46.51990.21341450.17892783X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.19032.26721.45723.5836-0.16350.9204-0.1481.1921-0.7569-0.51750.37180.08420.33930.5674-0.14590.13350.01190.08870.5876-0.22840.5746-7.9804-13.23892.9375
24.611-0.01130.57276.74620.0653.98180.01131.1476-1.0695-0.43820.2111-0.06820.43330.2935-0.23760.21890.0193-0.0220.4412-0.18410.4787-16.9263-14.31363.627
33.8899-1.8126-0.25472.4453-1.36575.3419-0.0497-0.2928-0.17390.02050.08690.1121-0.23640.0923-0.03810.19540.0234-0.00610.2003-0.02990.2855-24.3648-2.971214.1071
49.0058-0.1422-0.99854.1723.10242.895-0.2728-1.3512-1.13630.9416-0.051-0.20460.9905-0.41580.47460.38050.04120.15670.3840.05370.2879-26.2807-8.396621.7051
51.56171.2704-1.76613.7449-0.33992.365-0.3875-0.2798-0.96680.6670.3625-0.0412-0.17110.05520.03390.1680.0782-0.07210.3330.04320.4967-15.7708-11.768714.494
66.7896-0.51962.9930.051-0.09083.6829-0.2829-0.2677-1.19410.1103-0.07460.42670.548-0.71230.10380.1695-0.05610.02220.5007-0.15630.8553-27.6116-16.46197.4697
76.6304-4.9091-2.81984.96811.84272.07220.72351.8847-1.0423-0.7814-0.422-0.0846-0.0243-0.1615-0.28680.37130.0311-0.01890.7778-0.30080.5605-19.3299-14.8594-4.0251
82.28110.32120.71129.26213.65767.25770.2507-0.10530.3548-0.3941-0.34020.373-0.4441-1.00160.28310.26080.1292-0.05310.4654-0.1660.2669-81.948727.585812.985
95.266-1.0991-3.90954.5898-2.38635.30640.0914-0.11410.55740.4754-0.1465-0.4833-0.8468-0.47540.06680.41760.0894-0.03590.3164-0.10930.3309-71.333834.921319.4867
100.4933-0.17470.0110.3972-0.60281.18750.01080.5770.163-0.5847-0.48380.213-0.12830.48370.44120.33460.1781-0.12850.4799-0.0740.2928-71.749327.42610.0571
115.99440.10991.89491.31640.12481.31110.51340.6387-1.19770.0823-0.56540.48330.13050.09740.01350.21350.0543-0.06180.3669-0.10.2974-69.586713.345212.3934
123.3597-3.89121.2046.2619-1.79427.36170.40970.07320.2258-0.9356-0.24840.0895-0.19170.1875-0.11330.2550.0450.00340.2968-0.02010.304-69.753416.614916.0327
131.9956-2.91860.01418.2196-2.62561.7290.199-0.0769-0.0178-0.12190.05450.76680.1165-0.0952-0.27880.1740.008-0.02480.3985-0.02670.2981-63.723213.101622.5471
146.6082-4.2072-3.53494.66995.1576.1881-0.4398-0.60470.18340.39220.50170.22410.71950.7437-0.08090.35740.0378-0.06730.27450.02990.2618-63.525214.696627.2445
150.9085-1.21590.22382.96930.45073.4244-0.1692-0.0677-0.36590.00210.22920.1265-0.1146-0.0194-0.10910.21780.0561-0.00820.3529-0.05940.3119-73.517321.411422.4844
169.54013.32220.19055.05434.28634.55211.0746-1.3757-0.48810.16080.086-0.5842-0.01450.2026-1.14780.34840.018-0.04410.42020.02370.3282-61.707727.909617.6915
174.6106-0.48111.18136.1833-2.8828.67221.07610.91160.6644-1.04080.1564-0.0918-0.4325-0.2426-1.06530.4250.1730.11650.4281-0.01790.4016-63.868629.10396.9682
187.0381-2.4406-5.02616.83142.21093.62441.39860.20490.5996-1.5392-0.74120.5931-0.6123-0.0266-0.4350.71810.2764-0.00960.5941-0.03670.2634-77.764935.42956.0173
198.5663-3.41455.48026.657-4.18674.2659-0.88333.533-0.47260.02491.22890.5371-0.46970.7715-0.24090.2577-0.00420.0020.7267-0.01590.3619-53.2936-6.8974-2.4337
204.22470.9696-2.88061.5446-0.79553.411-0.26660.3775-0.58960.1165-0.0931-0.4528-0.1713-0.04080.30080.17480.0278-0.07970.26180.06610.3587-45.6755-7.20619.9115
213.193-1.2191-3.06563.6167-0.85884.31470.072-0.6948-0.62860.3031-0.12640.3659-0.06080.05360.0860.19510.07140.01840.3167-0.08540.2426-45.93231.011319.8308
224.96262.6681.21858.82992.38668.0091-0.30470.1474-1.2386-0.37010.6321-0.05520.36960.2262-0.34070.2620.04640.040.20930.04570.3454-40.7154-12.272710.8668
234.51161.2561-6.58862.0311-1.67842.11070.4717-0.05460.1224-0.0566-0.17130.1396-0.7823-0.128-0.17880.23980.0138-0.05260.31570.03940.282-50.3533-2.671615.944
244.4889-2.3972-1.50642.07260.08783.1918-0.94382.06040.9239-0.02070.47820.12390.1861-0.30240.37950.2656-0.1187-0.04060.53240.1610.4584-32.59961.35481.8663
257.56781.6148-4.66350.363-0.96282.99840.15090.50480.4586-0.10170.05830.6842-0.20780.2056-0.2275-0.71020.21740.31060.36990.09590.4998-55-2.062511.0258
264.3408-2.58252.44357.93521.29987.2107-0.2261-1.5851-0.89630.73670.1760.540.0135-1.19990.0760.3064-0.0817-0.05370.77980.07070.3902-63.2774-10.97422.6984
277.1961-5.26641.31314.23060.60996.7565-0.3034-0.29480.55730.70620.0982-0.82710.42151.10370.27810.29720.12970.00480.5496-0.06860.3265-34.947326.18664.8146
285.78432.50024.59771.62.34457.6019-0.16620.56090.12450.02110.1251-0.06290.34150.7449-0.02890.15430.04770.05730.2617-0.01450.2672-37.913221.19119.624
297.0465-4.12062.71875.1989-1.84722.1034-0.03760.1782-0.12590.29930.12220.0767-0.0967-0.0253-0.04180.21040.00370.0630.25-0.11050.2007-49.594116.764913.0802
307.4927-3.8668-0.07652.1796-0.36430.988-0.3314-0.6862-0.03640.18210.1360.42190.3834-0.535-0.0156-0.11120.13910.0110.2501-0.09630.5238-43.83687.119421.2954
312.4433.16460.52627.3663-4.09547.1128-0.09570.47770.05470.80280.0497-0.64040.1328-0.74660.06370.31790.0865-0.04390.3818-0.10150.2938-53.061824.120117.3882
327.3997-3.93216.99745.5831-6.80879.3728-0.0345-0.2136-0.25150.42940.16820.245-0.7964-0.3663-0.05470.23530.05230.01190.3791-0.07490.2509-37.944616.767524.5851
335.47641.71733.14935.2971-3.18625.4348-0.05810.6214-0.66360.1366-0.6185-0.74680.38950.38320.02770.17740.0473-0.0040.3105-0.1950.0049-42.821212.150115.7462
346.28330.43012.00091.6227-0.02910.6677-0.35160.11340.42820.10920.14830.29060.20860.030.20870.2070.0823-0.0280.3356-0.06270.2319-57.409114.55945.3108
357.84350.14245.86860.00140.11464.3992-0.12430.0573-0.5342-0.14060.4257-0.3083-0.70980.5802-0.34390.29630.1366-0.00920.5097-0.17690.265-34.775213.706714.8476
360.67180.01871.08630.29890.37112.9427-0.24590.0116-0.42840.04340.1179-0.04090.09270.14060.00670.87010.40350.24450.523-0.21020.2857-27.357416.099127.8079
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:14 )A1 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 15:42 )A15 - 42
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 43:68 )A43 - 68
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 69:78 )A69 - 78
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 79:99 )A79 - 99
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 100:108 )A100 - 108
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 109:129 )A109 - 129
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 1:14 )B1 - 14
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 15:24 )B15 - 24
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 25:36 )B25 - 36
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 37:50 )B37 - 50
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 51:58 )B51 - 58
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 59:68 )B59 - 68
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 69:78 )B69 - 78
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 79:100 )B79 - 100
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 101:108 )B101 - 108
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 109:119 )B109 - 119
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND RESID 120:128 )B120 - 128
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN C AND RESID 4:7 )C4 - 7
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN C AND RESID 8:37 )C8 - 37
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN C AND RESID 38:47 )C38 - 47
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN C AND RESID 48:60 )C48 - 60
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN C AND RESID 61:75 )C61 - 75
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN C AND RESID 76:87 )C76 - 87
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN C AND RESID 88:93 )C88 - 93
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN C AND RESID 94:99 )C94 - 99
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN D AND RESID 2:7 )D2 - 7
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN D AND RESID 8:22 )D8 - 22
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN D AND RESID 23:37 )D23 - 37
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN D AND RESID 38:47 )D38 - 47
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN D AND RESID 48:55 )D48 - 55
32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN D AND RESID 56:66 )D56 - 66
33X-RAY DIFFRACTION33( CHAIN D AND RESID 67:75 )D67 - 75
34X-RAY DIFFRACTION34( CHAIN D AND RESID 76:87 )D76 - 87
35X-RAY DIFFRACTION35( CHAIN D AND RESID 88:93 )D88 - 93
36X-RAY DIFFRACTION36( CHAIN D AND RESID 94:98 )D94 - 98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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