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- PDB-5j74: Fluorogen activating protein AM2.2 in complex with TO1-2p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j74
タイトルFluorogen activating protein AM2.2 in complex with TO1-2p
要素scFv AM2.2
キーワードIMMUNE SYSTEM / fluorogen activating protein drug discovery biosensor protein trafficking / PROTEIN BINDING
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-6GN / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Wu, Y.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)1U54MH084690-02 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)5U54MH084690-03 CDP2 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)U54MH084659 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)5U54RR022241 米国
引用ジャーナル: J Biomol Screen / 年: 2016
タイトル: Discovery of Small-Molecule Nonfluorescent Inhibitors of Fluorogen-Fluorogen Activating Protein Binding Pair.
著者: Wu, Y. / Stauffer, S.R. / Stanfield, R.L. / Tapia, P.H. / Ursu, O. / Fisher, G.W. / Szent-Gyorgyi, C. / Evangelisti, A. / Waller, A. / Strouse, J.J. / Carter, M.B. / Bologa, C. / Gouveia, K. ...著者: Wu, Y. / Stauffer, S.R. / Stanfield, R.L. / Tapia, P.H. / Ursu, O. / Fisher, G.W. / Szent-Gyorgyi, C. / Evangelisti, A. / Waller, A. / Strouse, J.J. / Carter, M.B. / Bologa, C. / Gouveia, K. / Poslusney, M. / Waggoner, A.S. / Lindsley, C.W. / Jarvik, J.W. / Sklar, L.A.
履歴
登録2016年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scFv AM2.2
B: scFv AM2.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0816
ポリマ－54,5162
非ポリマー1,5664
水905
1
A: scFv AM2.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0413
ポリマ－27,2581
非ポリマー7832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: scFv AM2.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0413
ポリマ－27,2581
非ポリマー7832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.448, 114.830, 130.995
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 254 / Label seq-ID: 2 - 254

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: 抗体 scFv AM2.2


分子量: 27257.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Pichia (菌類)
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-6GN / 1-(17-amino-5,8-dioxo-12,15-dioxa-4,9-diazaheptadecan-1-yl)-4-{[3-(3-sulfopropyl)-1,3-benzothiazol-3-ium-2-yl]methyl}quinolin-1-ium


分子量: 687.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H45N5O7S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 32% PEG monomethyl ether 5000 0.2M potassium dihydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→86.35 Å / Num. obs: 16728 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 38.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.76 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B0S

2b0s


解像度: 2.7→86.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 14.272 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.785 / ESU R Free: 0.326 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25039 846 5.1 %RANDOM
Rwork0.19679 ---
obs0.19951 15881 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.056 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.08 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.34 Å2-0 Å2
3---0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→86.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3438 0 104 5 3547
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193626
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4931.9414934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15237504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.745460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.16224.776134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.30115528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8161510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02810
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.1164.4021854
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.1134.4041855
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.0936.6222310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.096.6242311
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.3734.9471772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other11.374.9481773
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other13.4577.1552625
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.62435.5863751
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.62235.5963752
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 24056 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.701→2.771 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 59 -
Rwork0.338 1109 -
obs--94.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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