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- PDB-5j5s: Src kinase in complex with a sulfonamide inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j5s
タイトルSrc kinase in complex with a sulfonamide inhibitor
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / Protein kinase / inactive kinase / sulfonamide inhibitor / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / CD28 co-stimulation ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / CD28 co-stimulation / CTLA4 inhibitory signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / GP1b-IX-V activation signalling / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / RAF activation / PIP3 activates AKT signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / Downregulation of ERBB4 signaling / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / DCC mediated attractive signaling / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / connexin binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell junction / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / mitochondrial inner membrane / cell differentiation / cytoskeleton / regulation of cell cycle / cell adhesion / endosome membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...: / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6G3 / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.153 Å
データ登録者Lebedev, I. / Feldman, H.C. / Georghiou, G. / Maly, D.J. / Seeliger, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and Functional Analysis of the Allosteric Modulation of IRE1a with ATP-Competitive Kinase Inhibitors
著者: Feldman, H.C. / Tong, M. / Wang, L. / Meza-Acevedo, R. / Gobillot, T.A. / Gliedt, M.J. / Hari, S.B. / Mitra, A.K. / Backes, B.J. / Papa, F.R. / Seeliger, M.A. / Maly, D.J.
履歴
登録2016年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4624
ポリマ－65,4532
非ポリマー1,0092
水5,314295
1
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2312
ポリマ－32,7271
非ポリマー5051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2312
ポリマ－32,7271
非ポリマー5051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.210, 63.551, 73.664
Angle α, β, γ (deg.)100.60, 90.61, 90.96
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src / Proto-oncogene c-Src / pp60c-src / p60-Src


分子量: 32726.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SRC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3
参照: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-6G3 / N-{4-[8-amino-3-(propan-2-yl)imidazo[1,5-a]pyrazin-1-yl]naphthalen-1-yl}-N'-[3-(trifluoromethyl)phenyl]urea


分子量: 504.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H23F3N6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 7% PEG 5000MME, 100mM Bis-Tris pH 6, 1.5% Tacsimate pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.153→36.24 Å / Num. obs: 38412 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.06834 / Net I/σ(I): 14.19
反射 シェル解像度: 2.153→2.23 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.2434 / Mean I/σ(I) obs: 6.43 / Num. measured obs: 15762 / Num. unique all: 3992 / % possible all: 87.83

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OIQ

2oiq


解像度: 2.153→36.239 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.98
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2156 1999 5.2 %0.2156
Rwork0.1669 ---
obs0.1695 38408 94.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.153→36.239 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4130 0 74 295 4499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084312
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1255854
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.911623
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044619
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005743
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1528-2.20660.27721320.20322372X-RAY DIFFRACTION85
2.2066-2.26620.24921390.19982575X-RAY DIFFRACTION94
2.2662-2.33290.23391470.18612667X-RAY DIFFRACTION96
2.3329-2.40820.2281480.17022657X-RAY DIFFRACTION97
2.4082-2.49420.22721420.16522712X-RAY DIFFRACTION97
2.4942-2.59410.21061470.16542676X-RAY DIFFRACTION98
2.5941-2.71210.20711520.17172688X-RAY DIFFRACTION98
2.7121-2.8550.21161470.17242720X-RAY DIFFRACTION98
2.855-3.03380.23711520.17682725X-RAY DIFFRACTION98
3.0338-3.26790.21651430.17612665X-RAY DIFFRACTION97
3.2679-3.59650.20511400.16172630X-RAY DIFFRACTION96
3.5965-4.11630.18661430.15312489X-RAY DIFFRACTION91
4.1163-5.18370.2231330.15072409X-RAY DIFFRACTION87
5.1837-36.24430.21361340.16892424X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.07730.0378-1.66764.0244-0.07717.56430.0785-0.36290.06330.58740.0796-0.2093-0.16650.2479-0.07330.715-0.0521-0.02750.4413-0.00130.267210.051739.366822.3269
25.1619-0.2162-2.79562.066-2.36695.2776-0.07330.48410.1597-1.07520.46630.6139-0.0154-0.7349-0.23560.7582-0.0981-0.16020.53890.04640.42518.267542.931912.2735
37.2918-1.0852-0.14566.7973-1.52275.1166-0.1868-0.10170.57260.19070.21940.2087-0.8394-0.5293-0.03270.6940.1023-0.05970.4731-0.06960.29366.448341.0817.3849
45.501-1.1459-1.0034.73023.53886.1681-0.3946-0.54170.1696-0.259-0.26840.6185-0.1406-1.14240.52481.0124-0.26060.00320.9858-0.03860.6012-4.174731.890917.9933
51.7239-0.21060.22542.65491.78194.20470.0264-0.21810.08850.4793-0.0063-0.09290.2040.0684-0.01890.29230.0142-0.03730.25490.00780.3037.191831.28913.0182
63.67-0.924-0.7134.46540.3442.7732-0.00550.21450.0669-0.0864-0.12060.43930.0058-0.38130.0830.223-0.0208-0.03940.2558-0.01540.2991-2.160328.6545-12.1355
73.5370.9001-1.11583.60921.39892.88530.1080.52740.733-1.13350.19450.5838-1.6062-0.1379-0.25951.29230.1344-0.05050.57560.01880.54512.492471.6385-41.645
85.79342.17640.55019.7901-0.62125.92680.41650.29590.7922-0.4349-0.2906-0.7423-1.51650.9104-0.14731.1047-0.19510.10390.5333-0.03060.50127.815173.0517-38.3195
96.01111.0187-1.48035.5626-2.00775.95350.4238-0.00010.8447-0.1727-0.5594-1.0061-1.65631.04880.12371.0118-0.19590.01290.8076-0.01270.629217.707963.8162-39.4335
104.6548-1.8063-0.06236.6957-3.72732.45020.00510.49050.3661-1.2096-0.0098-0.3483-0.52250.3002-0.06820.9123-0.0834-0.00390.5088-0.07450.39388.003864.1307-37.9777
111.06020.3229-0.41652.76881.40374.2994-0.00680.07040.2319-0.2392-0.08250.372-0.3493-0.29590.05770.27390.029-0.05610.25050.01210.34084.039962.3771-20.68
122.93241.4087-0.52233.66050.24641.7377-0.0282-0.14430.06670.1127-0.0151-0.1434-0.07130.13360.02640.21890.0501-0.04230.24040.0260.259614.150360.9247-9.8217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 258 through 272 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 273 through 286 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 287 through 303 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 304 through 316 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 317 through 402 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 403 through 533 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 258 through 289 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 290 through 302 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 303 through 316 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 317 through 338 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 339 through 402 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 403 through 533 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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