PDB-5j5l: CRYSTAL STRUCTURE OF AFMP4P IN COMPLEX WITH ARACHIDONIC ACID

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j5l

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF AFMP4P IN COMPLEX WITH ARACHIDONIC ACID

要素

Uncharacterized protein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / VIRULENCE FACTOR / ARACHIDONIC ACID

機能・相同性

Cell wall mannoprotein 1 / Hydrophobic surface binding protein A / extracellular region / ARACHIDONIC ACID / Cell wall mannoprotein 1

機能・相同性情報

生物種

Neosartorya fumigata (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zhang, H. / Hao, Q.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Novel Class Of Virulence Factors In Penicillium Marneffei And Aspergillus Fumigatus Enhances Intracellular Survival In Monocytes By Arachidonic Acid Binding
著者: Zhang, H. / Hao, Q.

履歴

登録	2016年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j5l.cif.gz	75 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j5l.ent.gz	56 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j5l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5j5l_validation.pdf.gz	628.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j5l_full_validation.pdf.gz	628.8 KB	表示
XML形式データ	5j5l_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	5j5l_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/5j5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/5j5l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j5kC 4jow PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qey-8 2qqy-d 6ok0-3 6ok0-4 6q5r-3 6aox-1 2xld-d 6w70-2 5ecf-7 2ooc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.374, 124.374, 124.374
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	211
Space group name H-M	I432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-345- HOH
2	1	A-415- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 16563.178 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 44-194 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ) 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_2G17630 / プラスミド: PETH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4WZA5
#2: 化合物	ChemComp-ACD / ARACHIDONIC ACID / アラキドン酸分子量: 304.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES PH 6.5, 25% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 0.2M MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97922 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 18323 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 23 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 23 % / R_merge(I) obs: 0.457 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JOW

4jow
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.7→44.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 3.387 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19	938	5.1 %	RANDOM
R_work	0.163	-	-	-
obs	0.165	18318	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1082	0	22	204	1308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.077	1.982	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.75	3	2492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.965	5	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.16	28.75	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.649	15	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	199
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	210
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.375	4.561	609
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.287	4.548	608
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.692	5.119	760
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.202	54	-
R_work	0.183	1273	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	16.014	11.576	-2.7373	13.2526	-0.9621	1.7429	-0.0515	-0.0165	-0.2657	0.0081	-0.0805	-0.3423	0.0922	0.2926	0.132	0.0123	0.022	0.0094	0.0904	0.0344	0.0244	11.716	82.834	18.264
2	5.6945	4.8163	0.4657	6.4865	0.2993	2.778	0.1216	-0.3181	-0.2855	0.2845	-0.2137	-0.1877	0.3045	0.2233	0.0921	0.0547	0.0258	0.0179	0.0423	0.029	0.0299	2.246	75.989	24.157
3	16.1889	8.9352	6.0063	11.2571	2.5077	6.7939	0.1484	-0.1843	1.4886	0.3901	-0.5748	0.4031	-0.0144	0.4747	0.4264	0.0434	-0.0263	0.0234	0.0931	0.005	0.2226	15.331	96.199	15.025
4	11.6235	9.2763	-3.9201	12.7811	-6.3422	7.2036	-0.1932	0.6557	0.3537	-0.143	0.4217	0.3559	0.1055	-0.112	-0.2285	0.0229	-0.007	-0.0091	0.0401	0.0173	0.0132	-6.375	78.4	15.571
5	6.0612	1.5623	-0.2063	2.4097	-0.7981	1.1022	-0.0977	-0.1593	0.8984	-0.0125	0.0981	0.2077	-0.1224	-0.0633	-0.0004	0.0517	-0.0088	-0.0041	0.021	-0.032	0.1398	-1.779	90.28	21.374

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	45 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	82 - 97
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	98 - 121
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	122 - 176

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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