PDB-5j49: Crystal structure of UDP-glucose pyrophosporylase / UTP-glucose-1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j49

タイトル

Crystal structure of UDP-glucose pyrophosporylase / UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase from Burkholderia xenovorans

要素

UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Burkholderia xenovorans / UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP-glucose / uridylyltransferase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia xenovorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of UDP-glucose pyrophosporylase / UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase from Burkholderia xenovorans
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edewards, T.E.

履歴

登録	2016年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j49.cif.gz	250.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j49.ent.gz	200.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j49.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5j49_validation.pdf.gz	457.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j49_full_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示
XML形式データ	5j49_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	5j49_validation.cif.gz	39.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/5j49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/5j49	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3jujS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ux8-1 2e3d-d 6mnu-d 6ikz-1 1nqk-1 3fwp-d 6kkr-d 6k8d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BuxeA.00118.c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

ヘテロ分子

67.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

ヘテロ分子

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
135 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.110, 134.110, 73.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-607- HOH

#1: タンパク質	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UDP-glucose pyrophosphorylase 分子量: 33409.473 Da / 分子数: 2 / 断片: BuxeA.00118.c.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (バクテリア) 株: LB400 / 遺伝子: Bxe_A1334 / プラスミド: BuxeA.00118.c.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q13WC0, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / Mosaicity: 0.15 °
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Microlytic MCSG1 screen H7: 2M Ammonium sulphate, 100mM BisTris pH 5.5; BuxeA.00118.c.B1.PS02592 at 16mg/ml; cryo: 25% EG in two steps; tray 269868 h7, puck RPA3-4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月3日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 62217 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.63 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 33.26

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.85	0.53	5.27	1	100
1.85-1.9	0.425	6.59	1	100
1.9-1.95	0.328	8.57	1	100
1.95-2.01	0.256	10.83	1	100
2.01-2.08	0.191	14.09	1	100
2.08-2.15	0.16	16.75	1	100
2.15-2.23	0.127	20.46	1	100
2.23-2.32	0.104	24.4	1	100
2.32-2.43	0.087	28.58	1	100
2.43-2.55	0.076	32.11	1	100
2.55-2.68	0.064	36.55	1	100
2.68-2.85	0.054	42.78	1	100
2.85-3.04	0.045	50.79	1	100
3.04-3.29	0.037	59.98	1	100
3.29-3.6	0.029	72.84	1	100
3.6-4.02	0.027	80.77	1	100
4.02-4.65	0.024	87.86	1	100
4.65-5.69	0.022	89.26	1	100
5.69-8.05	0.023	84.55	1	100
8.05-50	0.02	89.54	1	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
MOLREP	位相決定
ARP	モデル構築
Coot	モデル構築
PHENIX	精密化
PDB_EXTRACT	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3juj

3juj

解像度: 1.8→50 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2071	1953	3.14 %
R_work	0.1706	-	-
obs	0.1717	62144	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.88 Å² / B_iso mean: 33.3583 Å² / B_iso min: 12.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4437	0	29	433	4899
B_iso mean	-	-	62.63	40.13	-
残基数	-	-	-	-	584

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4637
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.862	6324
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	719
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	822
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.302	2820

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.845	0.2262	135	0.2017	4237	X-RAY DIFFRACTION	100
1.845-1.8949	0.2124	143	0.1894	4252	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8949-1.9507	0.2265	151	0.183	4199	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9507-2.0137	0.2145	145	0.1862	4257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0137-2.0856	0.2188	139	0.1823	4236	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0856-2.1691	0.2327	130	0.1828	4243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1691-2.2678	0.2597	138	0.1789	4274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2678-2.3874	0.1986	166	0.1764	4246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3874-2.537	0.252	138	0.1759	4281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.537-2.7328	0.2237	133	0.1792	4311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7328-3.0078	0.2199	122	0.179	4325	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0078-3.4429	0.2161	130	0.1683	4347	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4429-4.3373	0.15	139	0.1482	4401	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3373-49	0.2027	144	0.1629	4582	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2948	-1.6273	-0.1716	2.145	-0.4992	0.9338	0.0816	0.0982	0.1033	-0.169	-0.0814	-0.0856	-0.131	0.0177	-0.0083	0.1901	-0.0302	0.0688	0.1252	-0.022	0.1636	43.6369	58.4377	-2.5254
2	3.469	0.7539	0.6584	2.6125	-0.0233	1.43	0.0838	-0.2541	-0.1815	0.1011	0.1042	-0.0535	0.0209	-0.0542	-0.2156	0.1708	0.01	0.0529	0.1533	-0.0442	0.1575	36.8025	55.9801	1.8844
3	3.6688	0.787	0.2645	2.1429	-0.7465	2.9294	-0.2027	0.5882	0.2846	-0.6697	0.2251	0.0845	-0.3752	0.0237	-0.0745	0.4917	-0.06	0.039	0.2265	0.0548	0.2621	36.8588	72.8348	-15.7996
4	2.6138	-1.3431	0.6431	2.2402	-0.7043	0.8989	-0.1221	-0.0005	0.5177	-0.1267	0.1101	-0.4745	-0.2782	0.1051	-0.0135	0.3046	-0.0747	0.0987	0.1995	-0.0621	0.3002	52.6616	67.7212	-4.1011
5	3.6608	-1.684	0.9256	7.9182	-3.2208	5.6997	-0.198	-0.1974	0.3013	0.6038	0.0084	-0.1237	-0.273	0.1757	0.1873	0.0955	-0.0009	0.0159	0.1245	-0.0185	0.1268	19.3679	42.2429	2.9414
6	2.0351	-1.4534	0.4842	2.1461	-0.8827	1.0091	-0.0427	-0.0365	-0.207	-0.0429	-0.0017	0.1484	-0.0512	0.0153	0.0447	0.1129	-0.0172	0.0107	0.1349	0.0065	0.1578	22.1468	33.6084	-1.2309
7	6.9057	-0.4355	-0.2175	3.9153	2.3445	2.2257	-0.0058	-0.1194	0.0198	0.0804	0.1084	-0.329	0.1714	0.2707	-0.0786	0.127	-0.0164	0.0266	0.1259	0.0098	0.1048	26.7902	42.8501	-1.7042
8	2.1832	-0.0826	-0.7875	5.0468	1.8463	3.6846	0.0244	0.2094	0.1002	-0.6763	0.201	-0.4564	0.0399	0.2877	-0.2749	0.2261	-0.0092	0.0045	0.1899	-0.006	0.1691	27.4258	42.599	-6.3742
9	2.5625	0.3114	0.293	2.5846	0.1433	2.0547	0.0511	-0.3867	0.2951	0.267	-0.089	0.3714	-0.0865	-0.2248	0.0312	0.1352	-0.0026	0.0195	0.2112	-0.0496	0.2314	5.7243	44.9379	8.264
10	2.475	-0.9771	-0.1022	2.0871	-0.0317	0.7525	-0.026	0.0716	-0.224	0.0572	-0.0843	0.2513	0.1154	-0.1046	0.0906	0.1281	-0.0505	-0.017	0.1729	-0.0052	0.1861	12.5044	23.598	-0.5249

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 48 )	A	2 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 141 )	A	49 - 141
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 142 through 230 )	A	142 - 230
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 231 through 293 )	A	231 - 293
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 18 )	B	2 - 18
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 19 through 48 )	B	19 - 48
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 49 through 68 )	B	49 - 68
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 69 through 122 )	B	69 - 122
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 123 through 240 )	B	123 - 240
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 241 through 293 )	B	241 - 293

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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