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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5j2w | ||||||
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タイトル | Intermediate state lying on the pathway of release of Tat from HIV-1 TAR. | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / TAR:Tat complex / RAM simulations / Residual dipolar couplings / intermediate excited state | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Borkar, A.N. / Bardaro Jr., M.F. / Varani, G. / Vendruscolo, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: Structure of a low-population binding intermediate in protein-RNA recognition. 著者: Borkar, A.N. / Bardaro, M.F. / Camilloni, C. / Aprile, F.A. / Varani, G. / Vendruscolo, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5j2w.cif.gz | 255.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5j2w.ent.gz | 205.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5j2w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5j2w_validation.pdf.gz | 433.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5j2w_full_validation.pdf.gz | 614.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5j2w_validation.xml.gz | 27.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5j2w_validation.cif.gz | 40.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/5j2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/5j2w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1768.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 9307.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | Sample state: anisotropic / タイプ: Not applicable |
-試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 2 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] TAR and Tatp, 100% D2O / Label: TAR:Tatp / 溶媒系: 100% D2O |
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試料 | 濃度: 2 uM / 構成要素: TAR and Tatp / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N] |
試料状態 | イオン強度: 10 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.6 / 圧: 1 atm / 温度: 298.15 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software | 名称: Gromacs, Plumed / 開発者: Vendruscolo, Camilloni, Borkar and others / 分類: structure calculation |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Replica averaged metadynamics (RAM) simulations |
代表構造 | 選択基準: target function |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 3871 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |