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- PDB-5j2p: HIV-1 reverse transcriptase in complex with DNA that has incorpor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j2p
タイトルHIV-1 reverse transcriptase in complex with DNA that has incorporated EFdA-MP at the P-(post-translocation) site and a second EFdA-MP at the N-(pre-translocation) site
要素
  • (reverse transcriptase, ...) x 2
  • DNA (27-MER)
  • DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG)P*CP*GP*CP*CP*(6FM)P*(6FM))-3')
キーワードtransferase/dna / HIV-1 / reverse transcriptase / RT / DNA / double stranded DNA / dsDNA / EFdA / 4'-ethynyl-2-fluoro-2'-deoxyadenosine / EFdA-monophosphate / EFdA-MP / inhibitors / NRTI / TDRTI / translocation defective / P site / N site / pre-translocation / post-translocation / transferase-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / Assembly Of The HIV Virion / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / protein processing / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / peptidase activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6FM / DNA / DNA (> 10) / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Salie, Z.L. / Kirby, K.A. / Sarafianos, S.G.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI076119 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI099284 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI100890 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI112417 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI120860 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103368 米国
University of MissouriMizzou Advantage 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structural basis of HIV inhibition by translocation-defective RT inhibitor 4'-ethynyl-2-fluoro-2'-deoxyadenosine (EFdA).
著者: Salie, Z.L. / Kirby, K.A. / Michailidis, E. / Marchand, B. / Singh, K. / Rohan, L.C. / Kodama, E.N. / Mitsuya, H. / Parniak, M.A. / Sarafianos, S.G.
履歴
登録2016年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22016年8月31日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: reverse transcriptase, p66 domain
B: reverse transcriptase, p51 domain
P: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG)P*CP*GP*CP*CP*(6FM)P*(6FM))-3')
T: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,9467
ポリマ－131,1754
非ポリマー7713
水7,566420
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13940 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area46740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.977, 170.183, 99.695
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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Reverse transcriptase, ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 reverse transcriptase, p66 domain / Pr160Gag-Pol


分子量: 64521.895 Da / 分子数: 1 / 変異: Q258C, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate HXB2) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate HXB2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pCDFDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL
参照: UniProt: P04585, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: タンパク質 reverse transcriptase, p51 domain / Pr160Gag-Pol


分子量: 51382.984 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate HXB2) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate HXB2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pRSFDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL
参照: UniProt: P04585, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG)P*CP*GP*CP*CP*(6FM)P*(6FM))-3')


分子量: 6871.499 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#4: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8398.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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非ポリマー , 3種, 423分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-6FM / 2'-deoxy-4'-ethynyl-2-fluoroadenosine 5'-(dihydrogen phosphate)


タイプ: DNA linking / 分子量: 373.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13FN5O6P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 %
結晶化温度: 291.1 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 8% PEG4000, 25mM MES pH 6.0, 5mM magnesium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→63.78 Å / Num. obs: 46900 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 42.32 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 16.7 / Num. measured all: 337771 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6.7 % / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.53-2.620.8482723040710.7510.3460.917288.6
9.8-63.780.02561219080.9990.010.02756.299.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation8.37 Å63.78 Å
Translation8.37 Å63.78 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.12データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 5J2M

5j2m


解像度: 2.53→63.78 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2462 2355 5.03 %
Rwork0.1933 44501 -
obs0.1959 46856 98.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 150.66 Å2 / Biso mean: 51.6027 Å2 / Biso min: 27.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.53→63.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7842 844 49 420 9155
Biso mean--42.88 49.55 -
残基数----999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039060
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51812471
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031422
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8125277
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5299-2.58150.33011210.28382119224081
2.5815-2.63760.32321600.258325722732100
2.6376-2.6990.28351480.251926132761100
2.699-2.76650.32941350.253926392774100
2.7665-2.84130.34691490.244825972746100
2.8413-2.92490.30951330.239726302763100
2.9249-3.01930.31531230.236526232746100
3.0193-3.12720.26351470.232826382785100
3.1272-3.25240.33531200.207726132733100
3.2524-3.40040.24871380.207326612799100
3.4004-3.57970.22211100.193526642774100
3.5797-3.80390.24211590.18826282787100
3.8039-4.09760.24511340.17326572791100
4.0976-4.50990.23611520.155726482800100
4.5099-5.16220.17491230.152427152838100
5.1622-6.50280.21341520.171726772829100
6.5028-63.80230.19261510.170828072958100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6262-0.72170.06111.6045-0.46380.23050.01050.101-0.023-0.182-0.0731-0.07120.09580.00260.00020.3639-0.02350.02190.3897-0.05560.309238.381324.8268-28.1633
20.5618-0.4237-0.03991.8944-0.26280.0789-0.155-0.1892-0.04410.44140.19770.3143-0.0627-0.1170.00140.47820.05890.07310.5191-0.00230.40318.557438.871-7.5004
30.0231-0.11470.09840.3606-0.32170.22050.14220.6007-0.11130.0432-0.31190.6068-0.0025-0.1375-0.00120.54360.0764-0.05180.6764-0.04390.564325.641825.9137-35.8409
40.183-0.28770.17860.3839-0.26270.1333-0.10490.0742-0.33390.19210.11190.81310.0405-0.17910.00010.5490.0510.04720.512-0.00940.652128.559625.1996-34.7569
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1Chain AA1 - 558
2X-RAY DIFFRACTION2Chain BB4 - 428
3X-RAY DIFFRACTION3Chain TT702 - 725
4X-RAY DIFFRACTION4Chain PP805 - 823

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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