PDB-5j23: Crystal structure of NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j23

タイトル

Crystal structure of NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase SMc04462 (SmGhrB) from Sinorhizobium meliloti in complex with 2'-phospho-ADP-ribose

要素

2-hydroxyacid dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 2-hydroxyacid dehydrogenase / NADP / NYSGRC / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / NAD binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Shabalin, I.G. / Gasiorowska, O.A. / Handing, K.B. / Bonanno, J. / Kutner, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural, Biochemical, and Evolutionary Characterizations of Glyoxylate/Hydroxypyruvate Reductases Show Their Division into Two Distinct Subfamilies.
著者: Kutner, J. / Shabalin, I.G. / Matelska, D. / Handing, K.B. / Gasiorowska, O. / Sroka, P. / Gorna, M.W. / Ginalski, K. / Wozniak, K. / Minor, W.

履歴

登録	2016年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月9日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2018年5月23日	Group: Data collection / Experimental preparation / Structure summary カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _struct.title
改定 1.5	2018年8月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.6	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.7	2022年4月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2 Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.8	2023年9月27日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j23.cif.gz	498.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j23.ent.gz	410.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j23.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5j23_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j23_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	5j23_validation.xml.gz	50.3 KB	表示
CIF形式データ	5j23_validation.cif.gz	72.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/5j23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/5j23	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4weqC 4z0pSC 5unnC 5uogC 5v6qC 5v72C 5v7gC 5v7nC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5v7g-2 5v7n-2 3ba1-1 5v6q-1 5v6q-2 5v7g-1 2w2l-2 3baz-1 3wnv-d 5aov-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18430/M35J23 / データの種類: diffraction image data
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-012132

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-hydroxyacid dehydrogenase

B: 2-hydroxyacid dehydrogenase

C: 2-hydroxyacid dehydrogenase

D: 2-hydroxyacid dehydrogenase

ヘテロ分子

140 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 2-hydroxyacid dehydrogenase

C: 2-hydroxyacid dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: 2-hydroxyacid dehydrogenase

D: 2-hydroxyacid dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	175.822, 175.822, 136.839
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 320 / Label seq-ID: 4 - 321

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	2-hydroxyacid dehydrogenase 分子量: 34358.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (strain 1021) (根粒菌) 株: 1021 / 遺伝子: SMc04462 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q92LZ4
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-A2R / [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3-HYDROXY-4-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL [(2R,3S,4R,5R)-3,4,5-TRIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL DIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ADPRP 分子量: 639.296 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₅O₁₇P₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.13 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 ul of 13 mg/ml protein in 10 mM NADPH, 10 mM Glycolic Acid, 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 2 ...詳細: 0.2 ul of 13 mg/ml protein in 10 mM NADPH, 10 mM Glycolic Acid, 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 2 condition #20 (1.1 M Malonic acid, 0.072 M Succinic acid, 0.15M Ammonium dihydrogen citrate, 0.18 M DL-Malic Acid, 0.096 M Ammonium tartrate, 0.24 M Sodium acetate anhydrous, 0.3 M Sodium formate, pH=7.0) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). Before crystallization, the protein was incubated with 1/15 v/v of 1 mg/ml rTEV solution at 289 K for 3 hours.

結晶

マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.13 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 ul of 13 mg/ml protein in 10 mM NADPH, 10 mM Glycolic Acid, 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 2 ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月6日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.237
1	1	K, H, -L	2	0.763

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 70083 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 45.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / R_sym value: 0.077 / Net I/av σ(I): 18.22 / Net I/σ(I): 7.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.34	3.9	0.662	1.8	1	100
2.34-2.38	3.9	0.604		1	100
2.38-2.43	3.9	0.518		1	100
2.43-2.48	3.9	0.434		1	100
2.48-2.53	3.9	0.38		1	100
2.53-2.59	3.9	0.362		1	100
2.59-2.66	3.9	0.305		1	100
2.66-2.73	3.9	0.253		1	100
2.73-2.81	3.9	0.2		1	100
2.81-2.9	3.9	0.161		1	100
2.9-3	3.9	0.138		1	100
3-3.12	3.9	0.111		1	100
3.12-3.26	3.9	0.09		1	100
3.26-3.44	3.9	0.076		1	100
3.44-3.65	3.9	0.064		1	100
3.65-3.93	3.9	0.055		1	99.9
3.93-4.33	3.9	0.051		1	100
4.33-4.95	3.9	0.043		1	100
4.95-6.24	3.9	0.042		1	100
6.24-50	3.8	0.03		1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MD2		データ収集
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0135	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Z0P

4z0p

解像度: 2.3→36.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 6.243 / SU ML: 0.087 / SU R Cruickshank DPI: 0.0458 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.033
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.169	3434	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1464	-	-	-
obs	0.1475	66631	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.08 Å² / B_iso mean: 46.78 Å² / B_iso min: 25.13 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.99 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-8.99 Å²	-0 Å²
3-	-	-	17.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→36.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9454	0	179	603	10236
B_iso mean	-	-	52.04	46.2	-
残基数	-	-	-	-	1272

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	9807
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	9675
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.491	1.985	13430
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.21	3	22102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.437	5	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.241	22.256	359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.775	15	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.554	15	99
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	11179
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.293	2.684	5087
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.281	2.682	5083
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.02	4.02	6348

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	39382	0.02
1	2	B	39382	0.02
2	1	A	39186	0.04
2	2	C	39186	0.04
3	1	A	39130	0.05
3	2	D	39130	0.05
4	1	B	39092	0.04
4	2	C	39092	0.04
5	1	B	38866	0.05
5	2	D	38866	0.05
6	1	C	39232	0.04
6	2	D	39232	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	256	-
R_work	0.22	4910	-
all	-	5166	-
obs	-	-	99.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4573	-0.0286	-0.3643	3.7966	1.5933	4.0185	0.0549	0.0122	0.2736	0.0833	0.0739	0.3944	-0.2932	-0.4217	-0.1288	0.1519	0.0681	-0.0036	0.2119	0.1611	0.2406	-19.51	70.229	87.151
2	1.0076	0.1453	-0.2794	4.9542	1.474	6.1367	0.1677	-0.2866	0.3427	0.3076	-0.0293	0.2413	-0.3871	-0.2238	-0.1383	0.2379	0.0564	0.0281	0.2806	0.0426	0.3276	-17.169	70.234	97.402
3	2.076	1.6464	-0.9165	1.9375	-0.8965	0.61	0.1015	-0.157	0.0409	0.0606	0.0195	0.0602	-0.0247	0.0451	-0.121	0.1357	0.0299	0.0263	0.0964	0.0328	0.088	7.887	78.382	86.11
4	2.8291	1.0134	-0.007	2.4975	0.1321	3.6284	0.2258	-0.8004	-0.4694	0.5913	-0.2123	-0.1365	0.3475	0.252	-0.0136	0.2724	-0.0099	-0.0461	0.3369	0.1528	0.2111	17.819	71.693	95.92
5	3.5881	1.651	0.8417	2.4949	0.1137	1.9101	0.2296	-0.671	0.4008	0.4525	-0.226	0.1475	-0.2157	0.0077	-0.0036	0.1699	-0.0224	0.0898	0.2474	-0.021	0.1288	9.158	85.453	92.174
6	1.5279	0.5285	-1.0464	2.8108	-1.0232	3.8728	-0.1103	0.019	-0.1438	0.0097	0.1291	0.0674	0.2481	-0.2052	-0.0189	0.1024	-0.012	-0.0181	0.1167	0.0921	0.1753	-9.905	57.952	90.7
7	2.6456	-0.2992	-0.2419	1.9596	0.5965	2.349	0.0527	-0.2119	0.0866	-0.0105	0.1409	-0.296	-0.0971	0.6141	-0.1936	0.1256	-0.0482	0.1187	0.2556	-0.1087	0.1751	68.609	81.311	109.77
8	0.1225	-0.2913	0.0467	3.1316	0.9952	0.7073	0.0441	-0.0497	0.0201	0.1058	0.1089	-0.0629	0.0698	0.0513	-0.1531	0.0627	-0.0156	0.032	0.1504	-0.0603	0.1381	64.541	51.306	103.453
9	4.3902	1.1718	1.0619	10.2588	2.3801	5.6351	0.0389	-0.3195	0.1656	0.3402	-0.1062	0.8041	-0.1725	-0.3995	0.0672	0.1069	-0.0099	0.0592	0.1997	-0.0172	0.172	50.433	51.431	104.655
10	7.9633	-0.4346	-2.7401	5.854	0.2754	3.8134	-0.113	-0.5762	0.4996	0.9195	0.1614	0.6012	-0.2038	-0.3224	-0.0483	0.2959	0.0251	0.0638	0.3194	-0.0564	0.1842	50.648	49.079	116.713
11	3.8516	-0.5242	0.9283	2.8662	-0.2268	3.653	-0.2132	-0.7973	0.2211	0.934	0.1584	-0.2043	-0.0888	-0.0988	0.0547	0.352	0.0378	-0.0391	0.2926	-0.1003	0.1419	65.354	46.752	118.078
12	1.0265	-1.5818	-0.6885	4.576	1.5425	1.041	-0.0284	-0.2017	0.0782	0.2867	0.1888	-0.299	0.0395	0.1064	-0.1605	0.0771	-0.0496	0.0199	0.1235	-0.0622	0.1348	62.827	68.11	108.518
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14	3.312	0.9933	-0.7947	0.4868	-0.2434	0.5817	0.0128	0.1663	0.1494	-0.1169	0.1108	-0.0051	0.0032	-0.0259	-0.1236	0.1381	0.0251	0.0377	0.0942	-0.0051	0.1133	23.449	86.334	68.377
15	2.9654	0.8203	-0.6782	2.8742	0.8597	5.7185	0.0631	0.4062	-0.5513	-0.4634	0.0887	-0.4729	0.4899	0.3117	-0.1519	0.3213	0.0619	0.1123	0.2014	-0.0751	0.2666	21.067	68.311	63.677
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17	4.1419	1.0097	0.0774	0.7579	0.1066	0.5896	-0.0062	0.2781	0.2623	-0.2499	0.1123	0.1285	-0.051	-0.0417	-0.1062	0.1975	0.0065	0.0432	0.1107	0.0265	0.137	20.953	88.779	67.642
18	1.9142	-1.1507	0.2002	2.4766	1.5878	6.4163	-0.0046	-0.0284	-0.1537	-0.0172	0.1041	-0.295	0.0017	0.3026	-0.0994	0.111	0.0115	0.0549	0.1465	-0.0027	0.2083	50.476	85.001	62.473
19	3.3391	-0.7849	-0.4548	4.3932	0.6144	4.3316	-0.088	-0.1756	-0.1016	0.0633	0.1206	-0.3069	0.2348	0.3891	-0.0327	0.1549	0.0311	-0.0944	0.1522	-0.0047	0.1376	66.896	13.454	87.317
20	0.4243	0.798	0.2754	3.1878	1.1612	0.6213	-0.0106	0.0678	-0.0421	-0.251	0.1505	-0.0701	0.0326	0.0858	-0.1399	0.1225	-0.0061	-0.0683	0.1073	-0.0265	0.0908	60.918	28.34	83.28
21	6.3548	2.8115	1.1238	9.4379	-4.6058	3.3944	-0.2398	0.1582	0.3109	0.1666	-0.4727	-0.9951	-0.1728	0.3798	0.7126	0.1715	-0.03	-0.0648	0.2558	-0.1397	0.5191	78.966	57.85	102.47
22	1.3599	0.8971	1.2633	3.0363	0.2874	2.3356	0.1327	0.1186	0.0461	-0.4549	0.0609	0.5917	0.0747	-0.3532	-0.1936	0.199	0.0381	-0.0831	0.3142	-0.0151	0.2323	50.83	49.925	84.502
23	1.5188	0.0112	0.2212	3.1021	-0.7865	2.2415	0.0437	0.4177	0.0868	-0.6729	0.0123	-0.2184	0.0111	0.1409	-0.056	0.2056	0.0069	0.0335	0.2166	-0.0699	0.1195	65.601	46.684	80.365
24	2.1614	0.7908	1.4255	2.9904	2.2786	3.7969	0.1039	-0.0886	-0.2039	0.086	-0.0739	0.1552	0.3445	-0.2018	-0.0299	0.1293	-0.0029	-0.0689	0.0844	-0.017	0.0903	51.716	17.452	85.059

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	42 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	62 - 151
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	152 - 219
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	220 - 286
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	287 - 320
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	3 - 75
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	76 - 149
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	150 - 167
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	168 - 203
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	204 - 252
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	253 - 320
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	3 - 43
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	44 - 151
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	152 - 197
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	198 - 243
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	244 - 298
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	299 - 320
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	3 - 41
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	42 - 119
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	120 - 133
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	134 - 191
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	192 - 285
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	286 - 320

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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