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- PDB-5ize: Hantaan virus L protein cap-snatching endonuclease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ize
タイトルHantaan virus L protein cap-snatching endonuclease
要素RNA-directed RNA polymerase L
キーワードTRANSFERASE / In complex with manganese metal ions
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / cap snatching / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, hantavirus / RNA-directed RNA polymerase, hantavirus, N-terminal / : / RNA dependent RNA polymerase / Cap-snatching endonuclease / : / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
MANGANESE (III) ION / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Hantaan virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Reguera, J. / Cusack, S.
資金援助 フランス, ベルギー, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-11-BSV8-0019 フランス
European Research Council322586 ベルギー
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: Comparative Structural and Functional Analysis of Bunyavirus and Arenavirus Cap-Snatching Endonucleases.
著者: Reguera, J. / Gerlach, P. / Rosenthal, M. / Gaudon, S. / Coscia, F. / Gunther, S. / Cusack, S.
履歴
登録2016年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_contact_author / pdbx_entry_details
Item: _pdbx_contact_author.country / _pdbx_contact_author.phone

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase L
B: RNA-directed RNA polymerase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4638
ポリマ－41,1332
非ポリマー3306
水4,864270
1
A: RNA-directed RNA polymerase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7314
ポリマ－20,5671
非ポリマー1653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA-directed RNA polymerase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7314
ポリマ－20,5671
非ポリマー1653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.200, 76.150, 63.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 170 / Label seq-ID: 1 - 171

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Protein L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase


分子量: 20566.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Manganese ions (MN3) / 由来: (組換発現) Hantaan virus (ウイルス) / 株: 76-118 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23456, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物
ChemComp-MN3 / MANGANESE (III) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mn / 詳細: Manganese ions (MN3)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.26 %
結晶化温度: 316 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Hepes 0.1 M pH7, 20% PEG 6K, 1 M LiCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / タイプ: OTHER / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→48 Å / Num. obs: 41154 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.02 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 11.99
反射 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 1.03

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 5.931 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21595 1991 4.8 %RANDOM
Rwork0.1659 ---
obs0.16821 39163 98.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 31.509 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å2-0 Å20.01 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2812 0 3 270 3085
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192867
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022797
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3651.9643871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08936471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8445346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.56524.766128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.60515536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1471512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02617
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4392.7361393
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4242.7351392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0114.0981736
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.014.11737
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1393.2381474
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1383.2411475
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6394.6472136
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.3323.313385
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.94822.5763273
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.58735664
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.2155104
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.35555787
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 20768 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.704→1.748 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 162 -
Rwork0.357 2838 -
obs--97.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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