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- PDB-5iz0: RORgamma in complex with agonist BIO592 and Coactivator EBI96 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iz0
タイトルRORgamma in complex with agonist BIO592 and Coactivator EBI96
要素
  • GLU-PHE-PRO-TYR-LEU-LEU-SER-LEU-LEU-GLY-GLU-VAL-SER-PRO-GLN
  • Nuclear receptor ROR-gamma
キーワードIMMUNE SYSTEM / RORgamma / Nuclear hormone receptor / Agonist / AF2 helix
機能・相同性
機能・相同性情報


tolerance induction in gut-associated lymphoid tissue / T-helper 17 cell differentiation / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / regulatory T cell differentiation / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration ...tolerance induction in gut-associated lymphoid tissue / T-helper 17 cell differentiation / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / regulatory T cell differentiation / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / Phosphorylated BMAL1:CLOCK (ARNTL:CLOCK) activates expression of core clock genes / regulation of glucose metabolic process / adipose tissue development / lymph node development / xenobiotic metabolic process / RORA,B,C and NR1D1 (REV-ERBA) regulate gene expression / Expression of BMAL (ARNTL), CLOCK, and NPAS2 / circadian regulation of gene expression / Nuclear Receptor transcription pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6F1 / Nuclear receptor ROR-gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.635 Å
データ登録者Marcotte, D.J.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural determinant for inducing RORgamma specific inverse agonism triggered by a synthetic benzoxazinone ligand.
著者: Marcotte, D.J. / Liu, Y. / Little, K. / Jones, J.H. / Powell, N.A. / Wildes, C.P. / Silvian, L.F. / Chodaparambil, J.V.
履歴
登録2016年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-gamma
C: GLU-PHE-PRO-TYR-LEU-LEU-SER-LEU-LEU-GLY-GLU-VAL-SER-PRO-GLN
B: Nuclear receptor ROR-gamma
E: GLU-PHE-PRO-TYR-LEU-LEU-SER-LEU-LEU-GLY-GLU-VAL-SER-PRO-GLN
D: Nuclear receptor ROR-gamma
F: GLU-PHE-PRO-TYR-LEU-LEU-SER-LEU-LEU-GLY-GLU-VAL-SER-PRO-GLN
G: Nuclear receptor ROR-gamma
H: GLU-PHE-PRO-TYR-LEU-LEU-SER-LEU-LEU-GLY-GLU-VAL-SER-PRO-GLN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,76135
ポリマ－128,1768
非ポリマー2,58527
水2,702150
1
A: Nuclear receptor ROR-gamma
C: GLU-PHE-PRO-TYR-LEU-LEU-SER-LEU-LEU-GLY-GLU-VAL-SER-PRO-GLN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,77011
ポリマ－32,0442
非ポリマー7269
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area12440 Å2
手法PISA
2
B: Nuclear receptor ROR-gamma
E: GLU-PHE-PRO-TYR-LEU-LEU-SER-LEU-LEU-GLY-GLU-VAL-SER-PRO-GLN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6999
ポリマ－32,0442
非ポリマー6557
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area12840 Å2
手法PISA
3
D: Nuclear receptor ROR-gamma
F: GLU-PHE-PRO-TYR-LEU-LEU-SER-LEU-LEU-GLY-GLU-VAL-SER-PRO-GLN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6287
ポリマ－32,0442
非ポリマー5845
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area12430 Å2
手法PISA
4
G: Nuclear receptor ROR-gamma
H: GLU-PHE-PRO-TYR-LEU-LEU-SER-LEU-LEU-GLY-GLU-VAL-SER-PRO-GLN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6648
ポリマ－32,0442
非ポリマー6206
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area12670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.672, 68.111, 96.056
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma


分子量: 30352.002 Da / 分子数: 4 / 断片: Ligand Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P51449
#2: タンパク質・ペプチド
GLU-PHE-PRO-TYR-LEU-LEU-SER-LEU-LEU-GLY-GLU-VAL-SER-PRO-GLN


分子量: 1691.918 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-6F1 / N-(4-ethyl-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-7-yl)-3,4-dimethyl-N-(2,2,2-trifluoroethyl)benzene-1-sulfonamide


分子量: 442.452 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21F3N2O4S
#4: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M HEPES pH 8.0 0.2M NaCl 25% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.635→80.558 Å / Num. obs: 31077 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2.63 % / Net I/σ(I): 9.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LOL

3lol
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.635→80.558 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 14.388 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.369
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2553 1557 5 %RANDOM
Rwork0.1994 ---
obs0.2023 29379 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.4 Å2 / Biso mean: 33.787 Å2 / Biso min: 3.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20.02 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.635→80.558 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8239 0 143 150 8532
Biso mean--38.98 28.64 -
残基数----1017
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0198542
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.028202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6551.97211539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0993.00318785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.68751009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09623.113408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.455151516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3231565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.21267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9063.2694067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9053.2684058
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0774.8995063
LS精密化 シェル解像度: 2.635→2.703 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 117 -
Rwork0.275 2157 -
all-2274 -
obs--99.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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