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- PDB-5ixu: Crystal structure of an uncharacterized NIPSNAP domain protein fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ixu
タイトルCrystal structure of an uncharacterized NIPSNAP domain protein from Burkholderia xenovorans
要素Uncharacterized protein
キーワードStructural Genomics/Unknown Function / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Structural Genomics-Unknown Function complex
機能・相同性NIPSNAP / NIPSNAP / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / NIPSNAP domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an uncharacterized protein from Burkholderia xenovorans
著者: Mayclin, S.J. / Delker, S.L. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8442
ポリマ－13,7481
非ポリマー961
水28816
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6874
ポリマ－27,4952
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation13_556y,x,-z+11
Buried area2890 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area10150 Å2
手法PISA
2
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,74916
ポリマ－109,9808
非ポリマー7698
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation13_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation14_556-y,-x,-z+11
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
Buried area19670 Å2
ΔGint-247 kcal/mol
Surface area32490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.620, 94.620, 94.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number207
Space group name H-MP432

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 13747.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: Bxe_B0070 / プラスミド: BuxeA.00127.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13J81
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / Mosaicity: 0.27 °
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: JCSG+ E4: 1.26 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5; protein conc. 19.1mg/mL; 20% EG cryo; puck bbt8-3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月16日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 5419 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 26.79 % / Biso Wilson estimate: 50.03 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 43.75
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.5-2.570.5696.651100
2.57-2.640.4838.081100
2.64-2.710.38510.051100
2.71-2.80.31212.581100
2.8-2.890.21618.181100
2.89-2.990.19919.421100
2.99-3.10.1427.141100
3.1-3.230.10934.211100
3.23-3.370.08144.911100
3.37-3.540.06552.871100
3.54-3.730.06557.04196.1
3.73-3.950.05563.51199.6
3.95-4.230.04279199.6
4.23-4.570.03488.981100
4.57-50.0397.81100
5-5.590.03192.341100
5.59-6.460.03484.351100
6.46-7.910.0386.011100
7.91-11.180.02397.49199.2
11.18-500.02366.23195.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1vqs

1vqs


解像度: 2.5→50 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.59
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2646 542 10.02 %Random selection
Rwork0.1923 ---
obs0.199 5407 99.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 137.82 Å2 / Biso mean: 50.0019 Å2 / Biso min: 25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数811 0 5 16 832
Biso mean--134.61 44.44 -
残基数----102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008846
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.931163
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053125
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006149
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.426484
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5004-2.7520.33861310.240411661297100
2.752-3.150.32461480.24411731321100
3.15-3.96810.28761260.18661214134099
3.9681-38.6330.20941370.17091312144999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3279-2.2019-2.47757.40073.79586.5130.13391.0602-0.4253-0.3796-0.5948-0.7212-0.281-0.31030.5670.40210.10550.06650.55840.12960.41113.0388.69129.6747
27.4203-4.2640.59837.58050.45612.87580.16530.12320.9179-0.6413-0.1944-0.8022-0.30210.54070.02540.3859-0.04950.05060.54440.12260.548915.452322.090334.0384
35.1044-5.8828-0.92459.16840.43430.42780.34860.16950.2554-0.3789-0.4671-0.27730.00740.05370.0210.3728-0.0187-0.01150.44060.12840.360313.386211.085740.5855
46.1317-2.9662.23592.5372-3.97719.05360.0122-0.45770.99720.8496-0.0132-0.6647-0.7155-0.4417-0.01410.53880.17-0.01440.5095-0.00730.59364.676429.13643.2589
51.9578-0.79320.12545.39461.91782.58190.46320.43790.3646-0.5811-0.3695-0.9488-0.4687-0.4966-0.07720.67880.176-0.05350.62570.18210.49655.441225.280927.2278
62.48590.2968-0.18512.74281.66935.57210.14870.1957-0.09860.0481-0.1462-0.45550.2429-0.1386-0.0160.44820.0618-0.06790.37180.04360.37618.473715.233641.5622
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 28 )A15 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 29 through 46 )A29 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 47 through 62 )A47 - 62
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 63 through 72 )A63 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 73 through 86 )A73 - 86
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 87 through 116 )A87 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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