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- PDB-5ixm: The LPS Transporter LptDE from Yersinia pestis, core complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ixm
タイトルThe LPS Transporter LptDE from Yersinia pestis, core complex
要素
  • LPS-assembly lipoprotein LptE
  • LPS-assembly protein LptD
キーワードTRANSPORT PROTEIN / LptD / LptE / lipopolysaccharide / Transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding
類似検索 - 分子機能
Lipoprotein like domain / LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / LPS-assembly lipoprotein LptE / Lipopolysaccharide-assembly / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Double Stranded RNA Binding Domain ...Lipoprotein like domain / LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / LPS-assembly lipoprotein LptE / Lipopolysaccharide-assembly / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Double Stranded RNA Binding Domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LPS-assembly lipoprotein LptE / LPS-assembly protein LptD
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.746 Å
データ登録者Botos, I. / Mayclin, S.J. / McCarthy, J.G. / Buchanan, S.K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Characterization of the LPS Transporter LptDE from Gram-Negative Pathogens.
著者: Botos, I. / Majdalani, N. / Mayclin, S.J. / McCarthy, J.G. / Lundquist, K. / Wojtowicz, D. / Barnard, T.J. / Gumbart, J.C. / Buchanan, S.K.
履歴
登録2016年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22016年6月15日Group: Database references
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPS-assembly protein LptD
B: LPS-assembly lipoprotein LptE
C: LPS-assembly protein LptD
D: LPS-assembly lipoprotein LptE
E: LPS-assembly protein LptD
F: LPS-assembly lipoprotein LptE
G: LPS-assembly protein LptD
H: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)355,99829
ポリマ－349,5638
非ポリマー6,43521
水9,728540
1
A: LPS-assembly protein LptD
B: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9237
ポリマ－87,3912
非ポリマー1,5325
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: LPS-assembly protein LptD
D: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,14911
ポリマ－87,3912
非ポリマー2,7589
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9480 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area34440 Å2
手法PISA
3
E: LPS-assembly protein LptD
F: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6166
ポリマ－87,3912
非ポリマー1,2264
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area34710 Å2
手法PISA
4
G: LPS-assembly protein LptD
H: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3105
ポリマ－87,3912
非ポリマー9193
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7990 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area33620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.892, 176.354, 143.848
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a heterodimer formed by 1 LptD and 1 LptE molecule ( = core complex).

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要素

#1: タンパク質
LPS-assembly protein LptD


分子量: 65633.375 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 225-780 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: lptD, imp, ostA, YPO0495, y3680, YP_3684 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZIK3
#2: タンパク質
LPS-assembly lipoprotein LptE


分子量: 21757.354 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 21-207 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: lptE, rlpB, YPO2609, y1183, YP_1104 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CJV2
#3: 化合物...
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE


分子量: 306.438 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.78 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 10% polyethelyene glycol (PEG) 2000, 15% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.746→40.129 Å / Num. obs: 106219 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 8.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.746→40.129 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 5378 5.06 %
Rwork0.2122 --
obs0.2147 106219 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.746→40.129 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21850 0 441 540 22831
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00422814
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99830897
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3978419
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0393272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053997
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7459-2.77710.37351320.29542969X-RAY DIFFRACTION88
2.7771-2.80980.36192040.29823300X-RAY DIFFRACTION100
2.8098-2.84410.35251720.29113435X-RAY DIFFRACTION100
2.8441-2.880.33661810.27993355X-RAY DIFFRACTION100
2.88-2.91790.33881770.28153310X-RAY DIFFRACTION100
2.9179-2.95790.35491800.26893416X-RAY DIFFRACTION100
2.9579-3.00010.32021630.27333363X-RAY DIFFRACTION100
3.0001-3.04490.32981880.26183366X-RAY DIFFRACTION99
3.0449-3.09250.33761990.2523316X-RAY DIFFRACTION99
3.0925-3.14310.28631770.24033362X-RAY DIFFRACTION100
3.1431-3.19730.31211920.2383390X-RAY DIFFRACTION100
3.1973-3.25540.3031780.22893337X-RAY DIFFRACTION100
3.2554-3.3180.27931980.22633368X-RAY DIFFRACTION100
3.318-3.38570.27371580.21623371X-RAY DIFFRACTION100
3.3857-3.45930.27441570.22163429X-RAY DIFFRACTION100
3.4593-3.53970.27341740.20723357X-RAY DIFFRACTION100
3.5397-3.62820.25391670.20173374X-RAY DIFFRACTION100
3.6282-3.72620.2311930.19833331X-RAY DIFFRACTION100
3.7262-3.83580.28241790.19643400X-RAY DIFFRACTION100
3.8358-3.95950.25651770.19273399X-RAY DIFFRACTION100
3.9595-4.10090.2361930.19553354X-RAY DIFFRACTION100
4.1009-4.26490.25831610.18633400X-RAY DIFFRACTION100
4.2649-4.45870.22331780.1753380X-RAY DIFFRACTION100
4.4587-4.69350.17641640.15293408X-RAY DIFFRACTION100
4.6935-4.9870.17991920.1653372X-RAY DIFFRACTION100
4.987-5.37130.22081820.18113407X-RAY DIFFRACTION100
5.3713-5.91030.23331720.21743433X-RAY DIFFRACTION100
5.9103-6.7620.26861760.21623378X-RAY DIFFRACTION100
6.762-8.5060.27412200.21553384X-RAY DIFFRACTION100
8.506-40.13360.20761940.20373377X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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